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- PDB-7c3f: Crystal structure of ferredoxin: thioredoxin reductase and thiore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3f
タイトルCrystal structure of ferredoxin: thioredoxin reductase and thioredoxin m2 complex
要素
  • (Ferredoxin-thioredoxin reductase ...) x 2
  • Thioredoxin M2, chloroplastic
キーワードELECTRON TRANSPORT / FTR / Trx m2
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / positive regulation of catalytic activity / thylakoid / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein-disulfide reductase activity / photosynthesis ...ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / positive regulation of catalytic activity / thylakoid / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein-disulfide reductase activity / photosynthesis / chloroplast / enzyme activator activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / Thioredoxin / Electron transport accessory-like domain superfamily ...Ferredoxin Thioredoxin Reductase / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / Thioredoxin / Electron transport accessory-like domain superfamily / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-thioredoxin reductase subunit A2, chloroplastic / Thioredoxin M2, chloroplastic / Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3986 Å
データ登録者Kurisu, G. / Juniar, L. / Tanaka, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06560 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for thioredoxin isoform-based fine-tuning of ferredoxin-thioredoxin reductase activity.
著者: Juniar, L. / Tanaka, H. / Yoshida, K. / Hisabori, T. / Kurisu, G.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
B: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
C: Thioredoxin M2, chloroplastic
D: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
E: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
F: Thioredoxin M2, chloroplastic
G: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
H: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
I: Thioredoxin M2, chloroplastic
J: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
K: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
L: Thioredoxin M2, chloroplastic
M: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
N: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
O: Thioredoxin M2, chloroplastic
P: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
Q: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
R: Thioredoxin M2, chloroplastic
S: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
T: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
U: Thioredoxin M2, chloroplastic
W: Thioredoxin M2, chloroplastic
V: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,85540
ポリマ－292,16423
非ポリマー2,69117
水9,548530
1
A: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
B: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
C: Thioredoxin M2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4916
ポリマ－38,0933
非ポリマー3983
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
E: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
F: Thioredoxin M2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4916
ポリマ－38,0933
非ポリマー3983
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
H: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
I: Thioredoxin M2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4685
ポリマ－38,0933
非ポリマー3752
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
K: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
L: Thioredoxin M2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4916
ポリマ－38,0933
非ポリマー3983
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
N: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
O: Thioredoxin M2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4916
ポリマ－38,0933
非ポリマー3983
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
P: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
Q: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
R: Thioredoxin M2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4685
ポリマ－38,0933
非ポリマー3752
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
S: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
T: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
U: Thioredoxin M2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4454
ポリマ－38,0933
非ポリマー3521
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
W: Thioredoxin M2, chloroplastic
V: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5102
ポリマ－25,5102
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.262, 137.209, 192.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))
21(chain D and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))
31(chain G and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))
41(chain J and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))
51(chain M and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))
61(chain P and (resid 3 through 115 or resid 399))
71(chain S and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))
12(chain B and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))
22(chain E and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))
32(chain H and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))
42(chain K and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))
52(chain N and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))
62(chain Q and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))
72chain T
13(chain C and (resid 16 through 68 or resid 70...
23(chain F and (resid 16 through 68 or resid 70...
33(chain I and (resid 16 through 68 or resid 70...
43(chain L and (resid 16 through 68 or resid 70...
53(chain O and (resid 16 through 68 or resid 70...
63(chain R and (resid 16 through 68 or resid 70...
73(chain U and (resid 16 through 68 or resid 70...
83chain W

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))A3 - 98
121(chain A and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))A100 - 115
131(chain A and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))A399
211(chain D and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))D3 - 98
221(chain D and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))D100 - 115
231(chain D and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))D399
311(chain G and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))G3 - 98
321(chain G and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))G100 - 115
331(chain G and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))G399
411(chain J and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))J3 - 98
421(chain J and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))J100 - 115
431(chain J and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))J399
511(chain M and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))M3 - 98
521(chain M and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))M100 - 115
531(chain M and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))M399
611(chain P and (resid 3 through 115 or resid 399))P0
711(chain S and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))S3 - 98
721(chain S and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))S100 - 115
731(chain S and (resid 3 through 98 or resid 100 through 115 or resid 399))S399
112(chain B and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))B24 - 107
122(chain B and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))B109 - 111
212(chain E and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))E24 - 107
222(chain E and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))E109 - 111
312(chain H and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))H24 - 107
322(chain H and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))H109 - 111
412(chain K and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))K24 - 107
422(chain K and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))K109 - 111
512(chain N and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))N24 - 107
522(chain N and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))N109 - 111
612(chain Q and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))Q24 - 107
622(chain Q and (resid 24 through 107 or resid 109 through 111))Q109 - 111
712chain TT24 - 111
113(chain C and (resid 16 through 68 or resid 70...C16 - 68
123(chain C and (resid 16 through 68 or resid 70...C70 - 84
133(chain C and (resid 16 through 68 or resid 70...C87 - 113
143(chain C and (resid 16 through 68 or resid 70...C115 - 116
153(chain C and (resid 16 through 68 or resid 70...C118
213(chain F and (resid 16 through 68 or resid 70...F16 - 68
223(chain F and (resid 16 through 68 or resid 70...F70 - 84
233(chain F and (resid 16 through 68 or resid 70...F87 - 113
243(chain F and (resid 16 through 68 or resid 70...F115 - 116
253(chain F and (resid 16 through 68 or resid 70...F118
313(chain I and (resid 16 through 68 or resid 70...I16 - 68
323(chain I and (resid 16 through 68 or resid 70...I70 - 84
333(chain I and (resid 16 through 68 or resid 70...I87 - 113
343(chain I and (resid 16 through 68 or resid 70...I115 - 116
353(chain I and (resid 16 through 68 or resid 70...I118
413(chain L and (resid 16 through 68 or resid 70...L16 - 68
423(chain L and (resid 16 through 68 or resid 70...L70 - 84
433(chain L and (resid 16 through 68 or resid 70...L87 - 113
443(chain L and (resid 16 through 68 or resid 70...L115 - 116
453(chain L and (resid 16 through 68 or resid 70...L118
513(chain O and (resid 16 through 68 or resid 70...O16 - 68
523(chain O and (resid 16 through 68 or resid 70...O70 - 84
533(chain O and (resid 16 through 68 or resid 70...O87 - 113
543(chain O and (resid 16 through 68 or resid 70...O115 - 116
553(chain O and (resid 16 through 68 or resid 70...O118
613(chain R and (resid 16 through 68 or resid 70...R16 - 68
623(chain R and (resid 16 through 68 or resid 70...R70 - 84
633(chain R and (resid 16 through 68 or resid 70...R87 - 113
643(chain R and (resid 16 through 68 or resid 70...R115 - 116
653(chain R and (resid 16 through 68 or resid 70...R118
713(chain U and (resid 16 through 68 or resid 70...U16 - 68
723(chain U and (resid 16 through 68 or resid 70...U70 - 84
733(chain U and (resid 16 through 68 or resid 70...U87 - 113
743(chain U and (resid 16 through 68 or resid 70...U115 - 116
753(chain U and (resid 16 through 68 or resid 70...U118
813chain WW10 - 112

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The crystal contact is not so tight packed and there is space which is enough for two molecules and they turned out to be FTR catalytic (FTRC) and Trxm2cs.

-
要素

-
Ferredoxin-thioredoxin reductase ... , 2種, 15分子 ADGJMPSVBEHKNQT

#1: タンパク質
Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic / FTR-C / Ferredoxin-thioredoxin reductase subunit B / FTR-B


分子量: 12995.734 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Cell: chloroplast / 遺伝子: FTRC / プラスミド: pETDUET1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9SJ89, ferredoxin:thioredoxin reductase
#2: タンパク質
Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic / Ferredoxin/thioredoxin reductase subunit A (Variable subunit) 2 / Putative lipoic acid synthase


分子量: 12583.467 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Cell: chloroplast
遺伝子: FTRA2, ferredoxin, At5g08410, At5g08410/F8L15_140, C24_LOCUS21561, F8L15.14
プラスミド: pETDUET1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8LBP6

-
タンパク質 , 1種, 8分子 CFILORUW

#3: タンパク質
Thioredoxin M2, chloroplastic / AtTrxm2


分子量: 12514.233 Da / 分子数: 8 / Mutation: C41S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Cell: Chloroplast / 遺伝子: TRXM2, At4g03520, F9H3.15, T5L23.1 / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9SEU8

-
非ポリマー , 3種, 547分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 100 mM NaCitrate pH 6.2 18% PEG 3,350 / PH範囲: 6.2-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3986→43.5724 Å / Num. obs: 175388 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1234 / Rpim(I) all: 0.07366 / Rrim(I) all: 0.1439 / Net I/σ(I): 8.82
反射 シェル解像度: 2.3986→2.485 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.406 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 17050 / CC1/2: 0.493 / CC star: 0.813 / Rpim(I) all: 0.83 / Rrim(I) all: 1.635 / % possible all: 96.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2puk

2puk


解像度: 2.3986→43.5724 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 8764 5 %
Rwork0.2095 166512 -
obs0.2112 175276 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.48 Å2 / Biso mean: 67.2192 Å2 / Biso min: 27.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3986→43.5724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18397 0 66 530 18993
Biso mean--46.26 55.32 -
残基数----2328
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2352X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
12D2352X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
13G2352X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
14J2352X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
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32F2229X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
33I2229X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
34L2229X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
35O2229X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
36R2229X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
37U2229X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
38W2229X-RAY DIFFRACTION11.894TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3986-2.42580.35672620.3368496989
2.4258-2.45440.36352940.33135589100
2.4544-2.48430.37012920.31285553100
2.4843-2.51580.3282930.3069555599
2.5158-2.54880.33482910.29375525100
2.5488-2.58380.33052940.30015590100
2.5838-2.62070.35922910.29595543100
2.6207-2.65980.34192910.27655529100
2.6598-2.70130.30572970.26635626100
2.7013-2.74560.30612910.2655546100
2.7456-2.7930.31072930.26175553100
2.793-2.84370.31192950.26595603100
2.8437-2.89840.28652910.25965530100
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3.0219-3.09210.27982950.22555594100
3.0921-3.16940.25222950.22285607100
3.1694-3.25510.26862930.225565100
3.2551-3.35090.27652930.23545584100
3.3509-3.4590.262930.22395550100
3.459-3.58250.25422940.2155590100
3.5825-3.72590.24592920.19695554100
3.7259-3.89540.21032930.1866556299
3.8954-4.10060.21612940.18559699
4.1006-4.35730.20712930.1704555899
4.3573-4.69340.20052920.1699554899
4.6934-5.1650.20762930.1716556799
5.165-5.91080.21082960.1847561799
5.9108-7.4410.20672950.1908561999
7.441-43.57240.1962910.1731553196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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