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- PDB-7c3a: Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3a
タイトルFerredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase
要素Ferredoxin reductase component of carbazole
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rieske non-heme iron oxygenase / NAD(P)H:ferredoxin oxidoreductase / ferredoxin / electron transfer / carbazole
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IODIDE ION / NICKEL (II) ION / Ferredoxin reductase component of carbazole
類似検索 - 構成要素
生物種Janthinobacterium sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ashikawa, Y. / Fujimoto, Z. / Nojiri, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17380052 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the ferredoxin reductase component of carbazole 1,9a-dioxygenase from Janthinobacterium sp. J3.
著者: Ashikawa, Y. / Fujimoto, Z. / Inoue, K. / Yamane, H. / Nojiri, H.
履歴
登録2020年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin reductase component of carbazole
B: Ferredoxin reductase component of carbazole
C: Ferredoxin reductase component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,32823
ポリマ－110,6503
非ポリマー3,67820
水1,38777
1
A: Ferredoxin reductase component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,29910
ポリマ－36,8831
非ポリマー1,4169
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
2
B: Ferredoxin reductase component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9165
ポリマ－36,8831
非ポリマー1,0324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
3
C: Ferredoxin reductase component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1138
ポリマ－36,8831
非ポリマー1,2307
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.692, 158.692, 81.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1003-

IOD

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Ferredoxin reductase component of carbazole


分子量: 36883.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. (strain J3) (バクテリア)
株: J3 / 遺伝子: carAd / プラスミド: pEJ3NAd / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84II0

-
非ポリマー , 6種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.16 mM calcium acetate or magnesium acetate, 8-12%(w/v) PEG 8000, 0.2 M sodium iodide, 0.08 M MES
PH範囲: 6.5-6.7

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.97945
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A31.73974
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年11月29日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年6月16日
ADSC QUANTUM 2103CCD2006年2月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3MADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979451
31.739741
反射解像度: 2.6→44.1 Å / Num. obs: 32288 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3208 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→35.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 34.2 / SU ML: 0.442 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2915 1636 5.1 %RANDOM
Rwork0.2488 ---
obs0.2509 30616 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.83 Å2 / Biso mean: 90.208 Å2 / Biso min: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7580 0 185 77 7842
Biso mean--62.75 56.45 -
残基数----982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.99210817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06317325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8765977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09723.061330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.746151264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8131558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021795
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 128 -
Rwork0.341 2220 -
all-2348 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34572.40111.12635.9828-0.13458.75110.19340.0483-0.19890.17820.01610.08370.51110.2053-0.20950.63190.05460.02670.5038-0.12560.150312.727-69.381-1.05
29.8744-1.78441.838910.0387-0.89356.1119-0.27160.56521.4561-0.105-0.0818-1.0991-0.07270.46720.35330.6507-0.0360.04070.5576-0.04440.325820.108-48.6659.169
312.48130.7248-1.91435.7578-1.9117.0619-0.2974-1.1831-0.2070.946-0.2249-0.95940.13430.53040.52231.24730.2424-0.01120.93570.03030.186416.213-58.50328.677
43.5005-2.05540.04957.1068-1.15174.0863-0.09830.2001-0.485-0.0072-0.06830.04350.0327-0.41590.16660.5552-0.0778-0.22680.644-0.10040.40436.261-44.488-22.007
57.55712.50761.98.15970.89474.12880.2911-0.1922-0.61320.6436-0.1103-0.9640.54210.3111-0.18080.61810.005-0.29380.6838-0.08130.695226.565-31.383-18.36
63.0913-0.5443-0.15014.24220.94313.84220.0482-0.00380.61980.0850.0702-0.2821-0.38460.4516-0.11830.7604-0.054-0.14490.8543-0.06070.947514.549-12.332-19.578
715.12250.78-1.9663.23970.11935-0.01370.97250.1552-0.67720.36360.33730.2475-0.1205-0.34990.7948-0.0692-0.16330.6365-0.06330.090731.836-65.582-27.472
89.63723.25911.02298.23080.1015.44630.0413-0.3090.87520.33680.090.4102-0.0003-0.0731-0.13130.4866-0.0143-0.00260.5437-0.0140.090845.798-57.789-10.021
98.99351.1224-0.31098.98111.11642.4043-0.24230.7345-0.3372-0.70180.403-0.9378-0.17910.078-0.16070.635-0.07490.2130.8064-0.09950.292464.234-59.786-22.329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3A197 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4B-3 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5B97 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6B197 - 328
7X-RAY DIFFRACTION7C-4 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8C97 - 196
9X-RAY DIFFRACTION9C197 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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