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- PDB-5dmr: Crystal Structure of C-terminal domain of mouse eRF1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmr
タイトルCrystal Structure of C-terminal domain of mouse eRF1 in complex with RNase H domain of RT of Moloney Murine Leukemia Virus
要素
  • Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
キーワードHYDROLASE/TRANSLATION / eRF1 / RT / complex / HYDROLASE-TRANSLATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Termination / Protein hydroxylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / retroviral 3' processing activity / translation termination factor activity / translation release factor complex / host cell late endosome membrane / regulation of translational termination / translation release factor activity ...Eukaryotic Translation Termination / Protein hydroxylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / retroviral 3' processing activity / translation termination factor activity / translation release factor complex / host cell late endosome membrane / regulation of translational termination / translation release factor activity / DNA catabolic process / sequence-specific mRNA binding / peptidyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / translational termination / cytosolic ribosome / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 ...Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / 50S ribosomal protein L30e-like / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tang, X. / Song, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of suppression of host translation termination by Moloney Murine Leukemia Virus
著者: Tang, X. / Zhu, Y. / Baker, S.L. / Bowler, M.W. / Chen, B.J. / Chen, C. / Hogg, J.R. / Goff, S.P. / Song, H.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
B: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5442
ポリマ－37,5442
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.630, 63.862, 60.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H p80 / RT


分子量: 18766.250 Da / 分子数: 1 / 断片: RNase H domain, UNP residues 1159-1330 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (isolate Shinnick) (ウイルス)
株: isolate Shinnick / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03355, ribonuclease H
#2: タンパク質 Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 / eRF1


分子量: 18777.975 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal residues 276-437 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Etf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BWY3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 18 % ammonium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→60 Å / Num. obs: 8469 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HB5 and 1DT9

2hb5

1dt9


解像度: 2.8→59.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 16.158 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28032 431 5.1 %RANDOM
Rwork0.20693 ---
obs0.2107 8037 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→59.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 0 0 4 2045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.9672794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98634636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2835254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72924.62493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.45515374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3721511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4637.1811034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4647.1771033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.16610.7421282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.16310.7461283
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8977.871039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8947.8721040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.40611.5241512
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.44456.2292232
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.44356.2242231
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.508 21 -
Rwork0.251 614 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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