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- PDB-7c2p: Structure of Egk Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c2p
タイトルStructure of Egk Peptide
要素Plant defensing Egk
キーワードPROTEIN BINDING / Plant Defensin
生物種Elaeis guineensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者El Sahili, A.
引用ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2020
タイトル: Modulation of Lymphocyte Potassium Channel KV1.3 by Membrane-Penetrating, Joint-Targeting Immunomodulatory Plant Defensin.
著者: Ong, S.T. / Bajaj, S. / Tanner, M.R. / Chang, S.C. / Krishnarjuna, B. / Ng, X.R. / Morales, R.A.V. / Chen, M.W. / Luo, D. / Patel, D. / Yasmin, S. / Ng, J.J.H. / Zhuang, Z. / Nguyen, H.M. / ...著者: Ong, S.T. / Bajaj, S. / Tanner, M.R. / Chang, S.C. / Krishnarjuna, B. / Ng, X.R. / Morales, R.A.V. / Chen, M.W. / Luo, D. / Patel, D. / Yasmin, S. / Ng, J.J.H. / Zhuang, Z. / Nguyen, H.M. / El Sahili, A. / Lescar, J. / Patil, R. / Charman, S.A. / Robins, E.G. / Goggi, J.L. / Tan, P.W. / Sadasivam, P. / Ramasamy, B. / Hartimath, S.V. / Dhawan, V. / Bednenko, J. / Colussi, P. / Wulff, H. / Pennington, M.W. / Kuyucak, S. / Norton, R.S. / Beeton, C. / Chandy, K.G.
履歴
登録2020年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plant defensing Egk
B: Plant defensing Egk
C: Plant defensing Egk
D: Plant defensing Egk


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4054
ポリマ－21,4054
非ポリマー00
水43224
1
A: Plant defensing Egk


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3511
ポリマ－5,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plant defensing Egk


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3511
ポリマ－5,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Plant defensing Egk


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3511
ポリマ－5,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Plant defensing Egk


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3511
ポリマ－5,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.84, 37.92, 54.77
Angle α, β, γ (deg.)83.76, 78.35, 70.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Plant defensing Egk


分子量: 5351.280 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Elaeis guineensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium tartrate dibasic dehydrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.000034 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→65 Å / Num. obs: 9535 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.902 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 3.11
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UJ0

4uj0


解像度: 2.1→35.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.312 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2627 476 -RANDOM
Rwork0.2295 ---
obs0.2311 9514 88.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8592 Å22.9341 Å20.0943 Å2
2--1.3433 Å20.8145 Å2
3---2.5159 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1472 0 0 24 1496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081528HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.892029HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d567SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes263HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1528HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion181SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact982SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.35
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3273 21 -
Rwork0.2859 --
obs0.2882 414 82.94 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9477-0.1555-0.62626.1829-0.95190.42060.24310.1838-0.14280.1838-0.21810.1019-0.14280.1019-0.025-0.13490.0667-0.0852-0.472-0.0144-0.488931.201856.3775-8.9333
23.11281.0137-0.33686.1003-1.29161.310.13950.1425-0.22470.1425-0.2744-0.0507-0.2247-0.05070.1348-0.14480.10790.0066-0.49450.0119-0.472323.891639.3943-9.2669
35.0616-3.31912.80049.78520.0254-0.7671-0.1350.00060.25520.00060.20030.0350.25520.035-0.0653-0.20940.12150.0155-0.45980.0285-0.406225.493456.5206-36.1229
43.336-2.55520.04188.3507-0.6947-0.0683-0.2091-0.0438-0.3142-0.04380.0269-0.0608-0.3142-0.06080.1822-0.22460.1409-0.0133-0.4139-0.0644-0.414232.740238.7264-36.0847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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