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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c2p | ||||||
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タイトル | Structure of Egk Peptide | ||||||
![]() | Plant defensing Egk | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Plant Defensin | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | El Sahili, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Modulation of Lymphocyte Potassium Channel KV1.3 by Membrane-Penetrating, Joint-Targeting Immunomodulatory Plant Defensin. 著者: Ong, S.T. / Bajaj, S. / Tanner, M.R. / Chang, S.C. / Krishnarjuna, B. / Ng, X.R. / Morales, R.A.V. / Chen, M.W. / Luo, D. / Patel, D. / Yasmin, S. / Ng, J.J.H. / Zhuang, Z. / Nguyen, H.M. / ...著者: Ong, S.T. / Bajaj, S. / Tanner, M.R. / Chang, S.C. / Krishnarjuna, B. / Ng, X.R. / Morales, R.A.V. / Chen, M.W. / Luo, D. / Patel, D. / Yasmin, S. / Ng, J.J.H. / Zhuang, Z. / Nguyen, H.M. / El Sahili, A. / Lescar, J. / Patil, R. / Charman, S.A. / Robins, E.G. / Goggi, J.L. / Tan, P.W. / Sadasivam, P. / Ramasamy, B. / Hartimath, S.V. / Dhawan, V. / Bednenko, J. / Colussi, P. / Wulff, H. / Pennington, M.W. / Kuyucak, S. / Norton, R.S. / Beeton, C. / Chandy, K.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5351.280 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium tartrate dibasic dehydrate, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000034 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→65 Å / Num. obs: 9535 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.902 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 3.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.22 Å / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.67 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4UJ0 解像度: 2.1→35.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.312 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.06 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.13 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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