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- PDB-7c2f: Crystal Structure of the Thorarchaeota ProGel/rabbit actin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c2f
タイトルCrystal Structure of the Thorarchaeota ProGel/rabbit actin complex
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • Gelsolin-like domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / actin regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. ...Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / LATRUNCULIN B / Gelsolin-like domain-containing protein / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-83 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Akil, C.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2020
タイトル: Insights into the evolution of regulated actin dynamics via characterization of primitive gelsolin/cofilin proteins from Asgard archaea
著者: Akil, C. / Tran, L.T. / Orhant-Prioux, M. / Baskaran, Y. / Manser, E. / Blanchoin, L. / Robinson, R.C.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Gelsolin-like domain-containing protein
C: Actin, alpha skeletal muscle
D: Gelsolin-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,89010
ポリマ-105,0364
非ポリマー1,8546
10,215567
1
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Gelsolin-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4455
ポリマ-52,5182
非ポリマー9273
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Actin, alpha skeletal muscle
D: Gelsolin-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4455
ポリマ-52,5182
非ポリマー9273
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.427, 108.626, 167.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...
21(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...
12(chain B and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))
22(chain D and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A5 - 32
121(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A34 - 41
131(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A51 - 59
141(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A5 - 374
151(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A5 - 374
161(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A5 - 374
171(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A298 - 374
181(chain A and (resid 5 through 32 or resid 34...A1376 - 1379
211(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C5 - 32
221(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C34 - 59
231(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C5 - 374
241(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C5 - 374
251(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C142 - 2
261(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C298 - 374
271(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C1 - 374
281(chain C and (resid 5 through 32 or resid 34...C1376 - 1379
112(chain B and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))B1 - 49
122(chain B and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))B51 - 53
132(chain B and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))B55 - 88
212(chain D and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))D1 - 49
222(chain D and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))D51 - 53
232(chain D and (resid 1 through 49 or resid 51 through 53 or resid 55 through 88))D55 - 88

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 41875.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質 Gelsolin-like domain-containing protein


分子量: 10642.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Skeletal muscle
由来: (組換発現) Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-83 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A135VMT5

-
非ポリマー , 4種, 573分子

#3: 化合物 ChemComp-LAB / LATRUNCULIN B


分子量: 395.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C20H29NO5S
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0 0.2 M magnesium chloride hexahydrate 20% w/v polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→91.14 Å / Num. obs: 68445 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 2.03→2.08 Å

冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
6.60.7942830.8930.3270.85693
5.70.0467670.9990.0210.05198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBT
解像度: 2.03→48.59 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 3407 5 %RANDOM
Rwork0.199 64785 --
obs0.2006 68192 99.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 236.79 Å2 / Biso mean: 55.0174 Å2 / Biso min: 14.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7064 0 184 567 7815
Biso mean--28.44 43.1 -
残基数----899
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A3432X-RAY DIFFRACTION5.92TORSIONAL
12C3432X-RAY DIFFRACTION5.92TORSIONAL
21B825X-RAY DIFFRACTION5.92TORSIONAL
22D825X-RAY DIFFRACTION5.92TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.03-2.060.29611220.28032429255189
2.06-2.090.31251230.270826402763100
2.09-2.120.29291800.25426882868100
2.12-2.160.2491400.249426382778100
2.16-2.190.26971260.244627052831100
2.19-2.230.2531530.243826622815100
2.23-2.280.29771560.239426482804100
2.28-2.320.24481290.230826882817100
2.32-2.370.24721290.221627082837100
2.37-2.430.24791580.22426542812100
2.43-2.490.26531400.211526852825100
2.49-2.560.23621340.210626922826100
2.56-2.630.24081300.207527252855100
2.63-2.720.25081300.207727122842100
2.72-2.810.21841580.209926912849100
2.81-2.930.27761310.209627272858100
2.93-3.060.21531560.19926912847100
3.06-3.220.22241490.196727292878100
3.22-3.420.2141320.193127392871100
3.42-3.690.21551640.191227072871100
3.69-4.060.22231430.169227532896100
4.06-4.640.18961360.15262762289899
4.64-5.850.21341470.165728072954100
5.85-48.590.21891410.19672905304698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33220.28110.26093.5440.46331.8585-0.00480.0778-0.1617-0.43750.1083-0.42830.12030.2552-0.04640.1963-0.02990.05660.2462-0.00190.226646.621718.0561.6129
21.5666-0.37171.00331.1316-0.38632.3706-0.1525-0.120.05960.04040.0945-0.0352-0.12780.04630.06110.0944-0.0299-0.00020.2480.00230.2850.535435.172980.6943
31.01030.00780.20812.62980.0121.0293-0.07830.03570.0858-0.3870.06230.247-0.1186-0.0970.0310.1886-0.0226-0.07410.26560.02360.251235.985438.629165.6765
42.87990.80240.32850.22540.09880.6025-0.06481.09960.4678-1.32940.236-0.0813-1.07290.2455-0.18231.2286-0.1474-0.02590.73210.0050.409640.929618.415342.8871
53.46190.8194-0.33741.07681.52922.97530.2292-0.2585-0.46840.5825-0.24790.01420.8515-0.29570.00591.0642-0.3876-0.05971.2125-0.1480.682811.993434.698247.7875
60.055-0.07290.0020.0954-0.0030.0007-0.147-0.43330.44630.0105-0.0070.2794-0.3459-0.16940.1730.7243-0.05370.02131.5109-0.03931.32826.183142.321651.4739
71.3244-0.26380.14963.4148-0.89873.5055-0.0502-1.20860.2610.2792-0.15620.6438-0.5168-1.34030.22720.5478-0.007-0.12651.1532-0.07020.503214.924243.284250.3701
80.7783-0.1187-0.55750.29440.45750.91450.2813-1.0126-0.29910.19810.06270.00420.3255-0.318-0.32880.4946-0.1219-0.14080.93160.00490.434219.335839.806755.0639
91.8915-0.59180.96842.0944-1.24973.29040.5313-0.4451-0.6422-0.05110.01540.27160.9092-0.7611-0.51010.6585-0.119-0.09420.52460.0690.442322.097932.779648.0556
101.1405-0.2910.02610.988-0.10062.53460.1499-0.58640.32440.4784-0.21620.0129-0.4015-0.09270.10540.5060.041-0.12580.6784-0.13110.407422.073345.939749.0414
111.1442-1.50150.74252.3587-0.8531.97010.1261-0.03910.1877-0.01090.15930.7199-0.423-0.71-0.28050.82630.3712-0.27720.9299-0.34151.01413.901451.853653.7354
123.4083-0.6333-0.22492.8575-0.03142.76770.1258-0.0261-0.59250.2618-0.05250.38940.6886-0.2756-0.08590.639-0.04160.06740.25220.0120.36799.214413.839418.1032
131.26390.20450.30931.87220.73682.1688-0.1316-0.1187-0.04630.35540.03630.0060.3230.00740.08660.29470.04520.02750.1736-0.00790.193815.514532.330216.1985
142.0858-0.2411-0.22280.4856-0.87531.79330.23880.3771-0.52180.0562-0.2981-0.05720.29090.43310.03161.08760.213-0.12481.36350.06130.703746.875435.19236.1154
151.5609-0.2392-0.64611.2540.47532.21250.2860.36980.1297-0.26560.0089-0.0038-0.1649-0.1493-0.26510.85730.0257-0.07851.87620.16961.292452.413242.714332.0055
161.80790.7210.24632.23910.52534.51650.50151.4320.1052-0.4751-0.382-0.4805-0.87081.151-0.06450.79850.0313-0.00371.38280.14950.553944.116143.592333.3844
174.11610.1395-0.69042.08590.62823.82850.26631.2109-0.7389-0.2134-0.3471-0.23450.74131.10320.0650.73240.2439-0.10190.95240.00550.596138.037635.802731.2021
182.8735-0.2119-0.5972.18260.18422.3545-0.18750.1541-0.28660.0163-0.2421-0.0755-0.56420.43410.44250.5466-0.1209-0.08910.48350.05320.333337.671742.037446.1071
190.4351-0.2248-0.37811.79690.06854.0772-0.2290.79350.6642-0.2834-0.085-0.6754-1.12361.10910.27540.8897-0.1846-0.05461.08620.35560.572540.054148.924529.7111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 165 )A5 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 166 through 273 )A166 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 354 )A274 - 354
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 355 through 374 )A355 - 374
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 14 )B1 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 15 through 22 )B15 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 37 )B23 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 38 through 48 )B38 - 48
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 49 through 65 )B49 - 65
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 80 )B66 - 80
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 81 through 88 )B81 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 5 through 97 )C5 - 97
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 98 through 374 )C98 - 374
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 14 )D1 - 14
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 15 through 22 )D15 - 22
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 23 through 37 )D23 - 37
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 38 through 61 )D38 - 61
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 62 through 69 )D62 - 69
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 70 through 88 )D70 - 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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