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- PDB-7c2b: Crystal structure of ferredoxin: thioredoxin reductase and thiore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c2b
タイトルCrystal structure of ferredoxin: thioredoxin reductase and thioredoxin f2 complex
要素
  • (Ferredoxin-thioredoxin reductase ...) x 2
  • Thioredoxin F2, chloroplastic
キーワードELECTRON TRANSPORT / FTR / Trx f2
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / positive regulation of catalytic activity / chloroplast envelope / response to light intensity / plastid / chloroplast stroma / photosynthesis / cell redox homeostasis ...ferredoxin-thioredoxin reductase activity / ferredoxin:thioredoxin reductase / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / positive regulation of catalytic activity / chloroplast envelope / response to light intensity / plastid / chloroplast stroma / photosynthesis / cell redox homeostasis / enzyme activator activity / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / Electron transport accessory-like domain superfamily / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. ...Ferredoxin thioredoxin reductase, alpha chain / Ferredoxin-thioredoxin reductase, variable chain / Ferredoxin thioredoxin reductase variable alpha chain / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta subunit superfamily / Ferredoxin thioredoxin reductase catalytic beta chain / Electron transport accessory-like domain superfamily / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-thioredoxin reductase subunit A2, chloroplastic / Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic / Thioredoxin F2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7949 Å
データ登録者Kurisu, G. / Juniar, L. / Tanaka, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06560 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for thioredoxin isoform-based fine-tuning of ferredoxin-thioredoxin reductase activity.
著者: Juniar, L. / Tanaka, H. / Yoshida, K. / Hisabori, T. / Kurisu, G.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic
B: Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic
C: Thioredoxin F2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,68719
ポリマ－38,4433
非ポリマー1,24416
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.738, 83.943, 69.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Ferredoxin-thioredoxin reductase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ferredoxin-thioredoxin reductase catalytic chain, chloroplastic / FTR-C / Ferredoxin-thioredoxin reductase subunit B / FTR-B


分子量: 12995.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Cell: Chloroplast / 遺伝子: FTRC / プラスミド: pETDUET1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9SJ89, ferredoxin:thioredoxin reductase
#2: タンパク質 Ferredoxin-thioredoxin reductase variable chain, chloroplastic / Ferredoxin/thioredoxin reductase subunit A (Variable subunit) 2 / Putative lipoic acid synthase


分子量: 12583.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Cell: Chloroplast
遺伝子: FTRA2, ferredoxin, At5g08410, At5g08410/F8L15_140, C24_LOCUS21561, F8L15.14
プラスミド: pETDUET1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8LBP6

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Thioredoxin F2, chloroplastic / AtTrxf2 / Thioredoxin F1 / AtTrxf1


分子量: 12863.915 Da / 分子数: 1 / Mutation: C42S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Cell: Chloroplast / 遺伝子: At5g16400, MQK4.13 / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XFH9

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非ポリマー , 4種, 254分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM Mg Nitrate 16-20 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7949→48.7298 Å / Num. obs: 37811 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1045 / Rpim(I) all: 0.0431 / Rrim(I) all: 0.1132 / Net I/σ(I): 13.48
反射 シェル解像度: 1.7949→1.859 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.9917 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3690 / CC1/2: 0.809 / CC star: 0.946 / Rpim(I) all: 0.3983 / Rrim(I) all: 1.07 / % possible all: 98.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pu9

2pu9


解像度: 1.7949→48.7298 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 20.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 1891 4.99 %
Rwork0.1793 --
obs0.1809 37802 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.81 Å2 / Biso mean: 28.3803 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7949→48.7298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 0 65 238 2773
Biso mean--35.04 33.94 -
残基数----310
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7949-1.81850.2791390.2707252997
1.8185-1.84340.26091360.2571260699
1.8434-1.86980.25451410.2465262498
1.8698-1.89770.26341360.2426259499
1.8977-1.92730.25491400.2431261799
1.9273-1.95890.24071380.2249259199
1.9589-1.99270.29661360.2191261299
1.9927-2.0290.22471380.2192261199
2.029-2.0680.21221370.1995263799
2.068-2.11020.20971330.1851262699
2.1102-2.15610.18531390.1892260499
2.1561-2.20620.25171370.1853261399
2.2062-2.26140.25531380.1789261799
2.2614-2.32260.17441320.17552618100
2.3226-2.39090.19881360.176260399
2.3909-2.46810.21371410.18012650100
2.4681-2.55630.19991380.17792626100
2.5563-2.65860.20021370.18472643100
2.6586-2.77960.26211380.18382636100
2.7796-2.92610.2011390.18692627100
2.9261-3.10940.23311400.19032623100
3.1094-3.34950.20191420.17642605100
3.3495-3.68640.18721360.16132630100
3.6864-4.21960.17811300.14732651100
4.2196-5.31520.19661360.1458262899
5.3152-48.72980.18851400.1597260999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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