PDB-7c26: Glycosidase Wild Type at pH4.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c26

タイトル

Glycosidase Wild Type at pH4.5

要素

Isomaltose glucohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

isomaltose glucohydrolase / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Tagami, T. / Kikuchi, A. / Okuyama, M. / Kimura, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase.
著者: Tagami, T. / Chen, M. / Furunaga, Y. / Kikuchi, A. / Sadahiro, J. / Lang, W. / Okuyama, M. / Tanaka, Y. / Iwasaki, T. / Yao, M. / Kimura, A.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c26.cif.gz	97.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c26.ent.gz	68.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c26_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c26_full_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示
XML形式データ	7c26_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	7c26_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z3aSC 5z3bC 5z3cC 5z3dC 5z3eC 5z3fC 7c24C 7c25C 7c27C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z3c-d 2jep-1 5z3d-d 7c27-d 6f2b-3 2jep-2 7c24-d 5z3b-d 4acz-2 5z3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (4) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isomaltose glucohydrolase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.345, 105.345, 90.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-677- HOH
2	1	A-678- HOH

#1: タンパク質	Isomaltose glucohydrolase 分子量: 44044.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア) 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_1896 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: D2PPM8, isomaltose glucohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammonium citrate (pH 7.0), 8% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.16 Å / Num. obs: 41276 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 25.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.082 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 0.286
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 26.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.023 / Num. unique obs: 6071 / CC_1/2: 0.906 / R_rim(I) all: 1.617 / R_sym value: 1.586 / % possible all: 80.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z3A

5z3a

解像度: 1.803→47.156 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.572 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	2053	4.974 %
R_work	0.1758	-	-
all	0.177	-	-
obs	-	41275	87.078 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.334 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.334 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.667 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→47.156 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2857	0	39	222	3118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.678	1.619	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.53	1.577	6121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.022	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.246	20.18	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.196	15	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.031	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.276	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.64	3.078	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.632	3.075	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.29	4.598	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.29	4.601	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.384	3.389	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.355	3.383	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.632	4.983	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.631	4.985	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.638	36.572	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.615	36.366	3533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.803-1.85	0.31	162	0.242	3237	X-RAY DIFFRACTION	98.5217
1.85-1.901	0.373	134	0.284	2537	X-RAY DIFFRACTION	79.5888
1.901-1.956	0.29	11	0.348	146	X-RAY DIFFRACTION	4.7998
1.956-2.016	0.254	159	0.233	2990	X-RAY DIFFRACTION	98.9008
2.016-2.082	0.263	152	0.213	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.4446
2.082-2.155	0.252	144	0.202	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.5347
2.155-2.236	0.276	118	0.228	2267	X-RAY DIFFRACTION	82.5259
2.236-2.328	0.266	62	0.237	1136	X-RAY DIFFRACTION	43.1556
2.328-2.431	0.206	132	0.189	2516	X-RAY DIFFRACTION	98.7691
2.431-2.55	0.234	124	0.172	2410	X-RAY DIFFRACTION	99.2947
2.55-2.687	0.181	121	0.158	2317	X-RAY DIFFRACTION	99.2671
2.687-2.85	0.212	114	0.16	2192	X-RAY DIFFRACTION	99.3966
2.85-3.047	0.179	108	0.165	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.5402
3.047-3.291	0.231	104	0.173	1944	X-RAY DIFFRACTION	99.4658
3.291-3.604	0.233	94	0.187	1785	X-RAY DIFFRACTION	99.576
3.604-4.029	0.179	86	0.173	1639	X-RAY DIFFRACTION	99.8842
4.029-4.651	0.144	78	0.133	1453	X-RAY DIFFRACTION	99.9347
4.651-5.692	0.188	65	0.153	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
5.692-8.034	0.149	53	0.145	1000	X-RAY DIFFRACTION	100
8.034-47.156	0.196	32	0.182	599	X-RAY DIFFRACTION	98.2866

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)