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- PDB-7c1y: Pseudouridine and ADP bound structure of Pseudouridine kinase (PU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c1y
タイトルPseudouridine and ADP bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Arabidopsis thaliana
要素PfkB-like carbohydrate kinase family protein
キーワードRNA / Pseudouridine / kinase / psedouridine kinase / PUKI
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudouridine kinase / kinase activity / peroxisome / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-FJF / Pseudouridine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.0834261145 Å
データ登録者Kim, S.H. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ01325801 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the substrate specificity and catalytic features of pseudouridine kinase from Arabidopsis thaliana.
著者: Kim, S.H. / Witte, C.P. / Rhee, S.
履歴
登録2020年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.selection_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PfkB-like carbohydrate kinase family protein
B: PfkB-like carbohydrate kinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1118
ポリマ－80,7222
非ポリマー1,3896
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.328, 48.857, 91.788
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 107.515, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPHEPHEchain 'A' and segid ' 'AA1 - 2031 - 203
12LEULEULEULEUchain 'A' and segid ' 'AA210 - 255210 - 255
13ARGARGPROPROchain 'A' and segid ' 'AA270 - 277270 - 277
14SERSERMETMETchain 'A' and segid ' 'AA290 - 372290 - 372
21METMETPHEPHEchain 'B' and segid 'B000'BB1 - 2031 - 203
22LEULEULEULEUchain 'B' and segid 'B000'BB210 - 255210 - 255
23ARGARGPROPROchain 'B' and segid 'B000'BB270 - 277270 - 277
24SERSERMETMETchain 'B' and segid 'B000'BB290 - 372290 - 372

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要素

#1: タンパク質 PfkB-like carbohydrate kinase family protein


分子量: 40360.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g49350, F13F21.22, F13F21_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94AT3
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FJF / 5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione / プソイドウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M tri sodium citrate, 22%PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 39942 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 43.1404012689 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Num. unique obs: 1069 / CC1/2: 0.524

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.0834261145→30.6196596486 Å / SU ML: 0.294057737643 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33647786203 / 位相誤差: 27.5267897635
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235049518704 2000 5.01190327027 %
Rwork0.19047965698 37905 -
obs0.192776411402 39905 98.4749401574 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.6595262309 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0834261145→30.6196596486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5207 0 90 83 5380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008307969942955388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.234196144347329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494882358451898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00545791083753912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.98501553161949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13550.3726660737121230.3105017465842331X-RAY DIFFRACTION84.9134948097
2.1355-2.19320.3236394112751410.2766338730422686X-RAY DIFFRACTION99.9293036409
2.1932-2.25780.3114786206491450.2557996981352743X-RAY DIFFRACTION99.9307958478
2.2578-2.33060.3269263775761440.2407144124412720X-RAY DIFFRACTION99.965095986
2.3306-2.41390.2817538770161440.2374822086422718X-RAY DIFFRACTION99.8604326588
2.4139-2.51050.29211626961440.2258798267782738X-RAY DIFFRACTION99.9653139091
2.5105-2.62470.2776008344271450.2092752040692735X-RAY DIFFRACTION99.8266897747
2.6247-2.7630.2581974139641430.2108189550242722X-RAY DIFFRACTION99.9302406697
2.763-2.93590.3117663460311440.2078412423212740X-RAY DIFFRACTION99.8960859023
2.9359-3.16240.2645583245131450.2038857158292739X-RAY DIFFRACTION99.7923875433
3.1624-3.48030.2339935153651470.1864677971862772X-RAY DIFFRACTION99.7948717949
3.4803-3.98290.1940730252661440.1729095410812739X-RAY DIFFRACTION99.8614478698
3.9829-5.01450.1880936327221460.1510570985092782X-RAY DIFFRACTION99.5918367347
5.0145-30.610.2141783406851450.1798813749832740X-RAY DIFFRACTION95.5931080186
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.5684859715 Å / Origin y: -7.15134218936 Å / Origin z: 57.345600383 Å
111213212223313233
T0.240152782223 Å20.0361896096652 Å2-0.00627825507392 Å2-0.29135985056 Å20.0618686015936 Å2--0.356111450031 Å2
L0.711683364099 °2-0.0489280633594 °2-0.714402504443 °2-0.91784066782 °20.469484203465 °2--2.26629336633 °2
S-0.0963826808772 Å °-0.0708472923425 Å °-0.0854861587216 Å °0.179547944555 Å °0.00857961704474 Å °0.0369138258746 Å °-0.0246343053824 Å °-0.110147060841 Å °0.0903816113421 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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