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万見
- PDB-7c1k: Crystal structure of the starter condensation domain of rhizomide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c1k
タイトルCrystal structure of the starter condensation domain of rhizomide synthetase RzmA mutant R148A
要素Non-ribosomal peptide synthetase modules
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / nonribosomal peptide synthesis / RzmA / starter condensation (Cs) domains
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain ...Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-ribosomal peptide synthetase modules
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia rhizoxinica HKI 454 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.755 Å
データ登録者Zhong, L. / Diao, X. / Zhang, N. / Li, F.W. / Zhou, H.B. / Chen, H.N. / Ren, X. / Zhang, Y. / Wu, D. / Bian, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Engineering and elucidation of the lipoinitiation process in nonribosomal peptide biosynthesis.
著者: Zhong, L. / Diao, X. / Zhang, N. / Li, F. / Zhou, H. / Chen, H. / Bai, X. / Ren, X. / Zhang, Y. / Wu, D. / Bian, X.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-ribosomal peptide synthetase modules
B: Non-ribosomal peptide synthetase modules
C: Non-ribosomal peptide synthetase modules
D: Non-ribosomal peptide synthetase modules


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,8314
ポリマ－193,8314
非ポリマー00
水5,224290
1
A: Non-ribosomal peptide synthetase modules


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4581
ポリマ－48,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area75970 Å2
3
B: Non-ribosomal peptide synthetase modules


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4581
ポリマ－48,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Non-ribosomal peptide synthetase modules


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4581
ポリマ－48,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Non-ribosomal peptide synthetase modules


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4581
ポリマ－48,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.965, 89.701, 98.345
Angle α, β, γ (deg.)113.220, 90.090, 89.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Non-ribosomal peptide synthetase modules


分子量: 48457.801 Da / 分子数: 4 / 変異: R148A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: rhizomide synthetase RzmA
由来: (組換発現) Paraburkholderia rhizoxinica HKI 454 (バクテリア)
株: HKI 454 / 遺伝子: RBRH_01504 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: E5ATN9, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
解説: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
Mosaicity: 0.688 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 / 詳細: Citric acid, BIS-TRIS propane, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.755→50 Å / Num. obs: 45676 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.853.40.36621350.8730.230.4340.76488.7
2.85-2.93.40.34723110.8840.220.4120.74794.8
2.9-2.963.70.30323320.9340.1810.3540.74297.6
2.96-3.023.80.26523490.9440.1560.3070.7796.9
3.02-3.083.80.22223400.9610.1310.2580.75897.5
3.08-3.153.80.1823450.9750.1070.210.76497.3
3.15-3.233.70.15723640.980.0930.1830.77397
3.23-3.323.70.14723070.9790.0870.1710.83596.9
3.32-3.423.70.12323290.9860.0730.1440.86596.1
3.42-3.533.70.12223270.9820.0740.1431.14796.8
3.53-3.653.70.10123090.9880.060.1180.92995.8
3.65-3.83.40.13222090.9630.0880.1592.25492.5
3.8-3.973.30.10521150.9670.0680.1251.80488.6
3.97-4.183.20.07121140.990.0450.0841.09887
4.18-4.443.60.05822970.9940.0350.0680.84196.5
4.44-4.793.80.05423510.9940.0320.0630.77797
4.79-5.273.80.05223220.9940.0310.0610.77196.3
5.27-6.033.80.05123080.9940.030.060.70995.6
6.03-7.593.60.04422330.9960.0270.0520.58892.8
7.59-503.70.03422790.9970.0210.040.44195

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C1H

7c1h


解像度: 2.755→39.121 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 109.17 / 位相誤差: 28.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 2006 4.61 %
Rwork0.2366 --
obs0.2385 43499 89.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.81 Å2 / Biso mean: 40.5279 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.755→39.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12742 0 0 290 13032
Biso mean---25.49 -
残基数----1614
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.755-2.82390.35610.3105152046
2.8239-2.90020.37041350.2981248171
2.9002-2.98550.3161400.2744299385
2.9855-3.08180.34881650.2595313892
3.0818-3.19190.29651570.258321893
3.1919-3.31960.28791560.2596322393
3.3196-3.47060.27021420.2522321992
3.4706-3.65340.29451480.2454311190
3.6534-3.8820.29941450.2821305888
3.882-4.18130.28811330.2247285082
4.1813-4.60140.23561560.2039323593
4.6014-5.26540.23931600.1924319592
5.2654-6.6270.24941400.2259314090
6.627-90.21811380.2036313590
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8267 Å / Origin y: 0.0348 Å / Origin z: 0.0879 Å
111213212223313233
T0.2636 Å2-0.0259 Å20.0256 Å2-0.2353 Å20.0522 Å2--0.1767 Å2
L0.1522 °20.0825 °20.1932 °2-0.1016 °20.3721 °2--0.4344 °2
S0.024 Å °0.0549 Å °-0.0254 Å °0.1094 Å °0.0145 Å °0.0367 Å °0.1612 Å °0.0036 Å °-0.0288 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 431
2X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 431
3X-RAY DIFFRACTION1allC7 - 431
4X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 431
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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