PDB-7c1e: Crystal structure of Kluyveromyces polyspora ADH (KpADH) mutant (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c1e

タイトル

Crystal structure of Kluyveromyces polyspora ADH (KpADH) mutant (Y127W)

要素

Epimerase domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase(KpADH-Y127W) / NADPH

機能・相同性

: / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Vanderwaltozyma polyspora (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Wu, Y.F. / Zhou, J.Y. / Liu, Y.F. / Xu, G.C. / Ni, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21776112	中国
National Key R&D Program of China	2018YFA0901700	中国
Natural Science Foundation of Jiangsu Province	BK20171135	中国

引用

ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2021
タイトル: Engineering an Alcohol Dehydrogenase from Kluyveromyces polyspora for Efficient Synthesis of Ibrutinib Intermediate
著者: Wu, Y.F. / Zhou, J.Y. / Ni, J. / Zhu, C. / Sun, Z. / Xu, G.C. / Ni, Y.

履歴

登録	2020年5月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c1e.cif.gz	285.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c1e.ent.gz	231 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c1e_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c1e_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7c1e_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	7c1e_validation.cif.gz	53.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/7c1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z2xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yw4-d 5ywn-d 4pvd-2 6lai-d 5z2x-2 5zed-1 5ywi-d 3s4x-d 5r5l-d 2qj3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Epimerase domain-containing protein

B: Epimerase domain-containing protein

ヘテロ分子

79.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Epimerase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Epimerase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.686, 102.686, 134.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Epimerase domain-containing protein / Alcohol dehydrogenase 分子量: 38972.180 Da / 分子数: 2 / 変異: Y127W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora (strain ATCC 22028 / DSM 70294) (菌類) 株: ATCC 22028 / DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_529p27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7TM80
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 31% PEG 3350, 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM NADP+

-
データ収集

回折

平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 75717 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 18.4 % / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 1396456

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	10.2	0.693	2604	0.92	0.22	0.729	0.88	64.5
1.78-1.81	11	0.592	2802	0.929	0.182	0.622	0.898	69.8
1.81-1.85	12.1	0.469	2997	0.961	0.138	0.49	0.894	74.6
1.85-1.89	12.8	0.368	3301	0.975	0.105	0.384	0.926	82.3
1.89-1.93	13.8	0.292	3581	0.984	0.081	0.304	0.955	89.3
1.93-1.97	15.2	0.223	3971	0.991	0.059	0.231	0.997	98
1.97-2.02	19	0.168	3995	0.997	0.039	0.173	1.013	99.7
2.02-2.07	21	0.143	4004	0.998	0.031	0.146	1.047	100
2.07-2.14	21	0.123	4054	0.998	0.027	0.126	1.061	100
2.14-2.2	20.7	0.11	3985	0.998	0.024	0.113	1.041	100
2.2-2.28	19.9	0.097	4073	0.998	0.022	0.1	1.042	100
2.28-2.38	19.9	0.09	4004	0.998	0.021	0.093	1.064	100
2.38-2.48	21.3	0.08	4027	0.999	0.018	0.082	1.055	100
2.48-2.61	20.9	0.073	4033	0.999	0.016	0.075	1.05	100
2.61-2.78	19.9	0.067	4061	0.999	0.015	0.069	1.012	100
2.78-2.99	20.3	0.06	4013	0.999	0.014	0.062	0.957	100
2.99-3.29	21.1	0.055	4038	0.999	0.012	0.057	0.914	100
3.29-3.77	19.8	0.05	4045	0.999	0.012	0.052	0.841	99.9
3.77-4.75	21	0.048	4026	0.999	0.011	0.05	0.761	99.5
4.75-50	19.5	0.047	4103	0.999	0.011	0.048	0.631	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z2X

5z2x

解像度: 1.75→25.67 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	3628	4.97 %
R_work	0.1528	-	-
obs	0.1543	72994	90.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.66 Å² / B_iso mean: 22.5436 Å² / B_iso min: 6.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→25.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5494	0	146	789	6429
B_iso mean	-	-	14.43	30.76	-
残基数	-	-	-	-	684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.2663	64	0.2095	1387	1451	47
1.77-1.8	0.2436	100	0.1887	1513	1613	52
1.8-1.82	0.2531	74	0.1916	1721	1795	59
1.82-1.85	0.2121	109	0.1795	1864	1973	64
1.85-1.88	0.2193	113	0.1795	2107	2220	72
1.88-1.91	0.1746	99	0.1797	2364	2463	80
1.91-1.94	0.2092	132	0.177	2689	2821	90
1.94-1.98	0.224	150	0.1668	2831	2981	97
1.98-2.02	0.2116	142	0.1625	2897	3039	99
2.02-2.06	0.2175	145	0.1632	2961	3106	100
2.06-2.1	0.2205	164	0.155	2924	3088	100
2.1-2.15	0.1711	136	0.1528	2980	3116	100
2.15-2.21	0.1742	163	0.1524	2889	3052	100
2.21-2.27	0.1925	128	0.1466	2983	3111	100
2.27-2.33	0.1779	184	0.14	2929	3113	100
2.33-2.41	0.189	161	0.1446	2941	3102	100
2.41-2.49	0.1773	184	0.1455	2888	3072	100
2.49-2.59	0.1538	156	0.1399	2948	3104	100
2.59-2.71	0.1813	147	0.1458	2946	3093	100
2.71-2.85	0.196	156	0.1496	2967	3123	100
2.85-3.03	0.1767	144	0.1542	2948	3092	100
3.03-3.27	0.1798	168	0.1563	2933	3101	100
3.27-3.59	0.1605	152	0.1495	2938	3090	100
3.59-4.11	0.1677	147	0.1375	2979	3126	100
4.11-5.17	0.1352	149	0.1318	2921	3070	99
5.18-25.67	0.2212	161	0.18	2918	3079	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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