+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qj3 | ||||||
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Title | Mycobacterium tuberculosis FabD | ||||||
Components | Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / malonyl-CoA / fatty acid synthase / mycolic acids | ||||||
Function / homology | Function and homology information fatty acid synthase complex / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Ghadbane, H. / Brown, A.K. / Kremer, L. / Besra, G.S. / Futterer, K. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2007 Title: Structure of Mycobacterium tuberculosis mtFabD, a malonyl-CoA:acyl carrier protein transacylase (MCAT). Authors: Ghadbane, H. / Brown, A.K. / Kremer, L. / Besra, G.S. / Futterer, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qj3.cif.gz | 118.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qj3.ent.gz | 97.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qj3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2qj3_validation.pdf.gz | 439.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2qj3_full_validation.pdf.gz | 448.3 KB | Display | |
Data in XML | 2qj3_validation.xml.gz | 23.2 KB | Display | |
Data in CIF | 2qj3_validation.cif.gz | 32.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/2qj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/2qj3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32986.449 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37Rv / Gene: fabD / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) References: UniProt: P63458, UniProt: P9WNG5*PLUS, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.92 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: 10-12% PEG MME 2000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0-8.5, 5-10 mM NiCl2. , VAPOR DIFFUSION |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.992,1.486 | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2006 / Details: cylindrical mirror | |||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3→48 Å / Num. all: 18818 / Num. obs: 18818 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.2 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 3→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 33.315 / SU ML: 0.304 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.414 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.722 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.415 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.082 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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