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万見
- PDB-7c12: beta1 domain-swapped structure of monothiol cGrx1(C16S) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c12
タイトルbeta1 domain-swapped structure of monothiol cGrx1(C16S)
要素Glutaredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / glutaredoxin-1 / Grx1 / domain-swapping
機能・相同性: / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / cell redox homeostasis / Thioredoxin-like superfamily / electron transfer activity / Glutaredoxin
機能・相同性情報
生物種Alkaliphilus oremlandii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Lee, K. / Hwang, K.Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A44A1022589 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A2C2005670 韓国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Monothiol and dithiol glutaredoxin-1 from clostridium oremlandii: identification of domain-swapped structures by NMR, X-ray crystallography and HDX mass spectrometry.
著者: Lee, K. / Yeo, K.J. / Choi, S.H. / Lee, E.H. / Kim, B.K. / Kim, S. / Cheong, H.-K. / Lee, W.-K. / Kim, H.-Y. / Hwang, E. / Woo, J.R. / Lee, S.-J. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2020年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin
B: Glutaredoxin
C: Glutaredoxin
D: Glutaredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6804
ポリマ－38,6804
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.547, 67.547, 72.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質
Glutaredoxin


分子量: 9669.997 Da / 分子数: 4 / 変異: U13C, C16S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkaliphilus oremlandii (strain OhILAs) (バクテリア)
株: OhILAs / 遺伝子: Clos_2129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8MIN3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 20% PEG 400, 8% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9065 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 51.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 2.502 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 62576
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.8540.4734480.1280.2570.5421.73698.9
2.85-2.94.30.4674290.1590.2470.5311.71799.3
2.9-2.964.60.4344670.3320.220.4891.7698.1
2.96-3.024.60.4074510.2910.2050.4581.81699.3
3.02-3.084.70.3634490.5040.180.4071.65399.1
3.08-3.155.10.344480.7150.160.3781.79399.6
3.15-3.235.70.2914450.840.130.321.83699.1
3.23-3.3260.2754750.8410.1190.3011.87599.4
3.32-3.426.40.2284650.9420.0940.2481.933100
3.42-3.5370.1724440.9770.0680.1862.05100
3.53-3.657.40.1494640.980.0560.162.264100
3.65-3.87.90.144490.9860.0510.1492.65399.1
3.8-3.977.70.1074580.9930.0390.1142.49899.6
3.97-4.188.50.0924410.9960.0320.0972.69499.8
4.18-4.448.90.0814570.9960.0270.0852.75599.8
4.44-4.798.70.0654580.9980.0220.0682.94199.6
4.79-5.279.10.0634450.9980.0210.0662.70499.8
5.27-6.0390.0694560.9980.0240.0732.97100
6.03-7.599.10.0664690.9990.0220.073.41699.8
7.59-509.20.0494470.9980.0170.0523.59398.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C10

7c10


解像度: 2.803→33.773 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.15 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2789 895 9.88 %
Rwork0.2249 8160 -
obs0.23 9055 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.65 Å2 / Biso mean: 51.8392 Å2 / Biso min: 15.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.803→33.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2312 0 0 0 2312
残基数----292
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.803-2.97830.34461470.2894134599
2.9783-3.20810.32021580.2623138399
3.2081-3.53070.31611420.2441350100
3.5307-4.04080.26931600.22261338100
4.0408-5.08820.26931470.1931371100
5.0882-33.7730.23721410.21221373100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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