PDB-7bzz: Crystal structure of the SRCR domain of mouse SCARA5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bzz

タイトル

Crystal structure of the SRCR domain of mouse SCARA5

要素

Scavenger receptor class A member 5

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / SCARA5 / SRCR / SR class A / scavenger receptor / ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin receptor activity / iron ion transmembrane transport / protein homotrimerization / endocytosis / endocytic vesicle membrane / cellular response to heat / intracellular iron ion homeostasis / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Yu, B. / He, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Interactions of ferritin with scavenger receptor class A members.
著者: Yu, B. / Cheng, C. / Wu, Y. / Guo, L. / Kong, D. / Zhang, Z. / Wang, Y. / Zheng, E. / Liu, Y. / He, Y.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bzz.cif.gz	128.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bzz.ent.gz	100.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bzz_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bzz_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7bzz_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	7bzz_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/7bzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/7bzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c00C 6j02S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eyz-3 4j9a-8 4fd9-1 1by2-d 4hbm-7 2f09-d 4pky-3 5vwi-3 3nfl-4 5eyz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Scavenger receptor class A member 5

D: Scavenger receptor class A member 5

ヘテロ分子

26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Scavenger receptor class A member 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Scavenger receptor class A member 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.795, 39.795, 132.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 12...
2	1	(chain D and (resid 1 through 108 or (resid 109...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 12...	A	1 - 11
1	2	1	(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 12...	A	12
1	3	1	(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 12...	A	384 - 492
1	4	1	(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 12...	A	384 - 492
1	5	1	(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 12...	A	384 - 492
1	6	1	(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 12...	A	384 - 492
2	1	1	(chain D and (resid 1 through 108 or (resid 109...	D	1 - 108
2	2	1	(chain D and (resid 1 through 108 or (resid 109...	D	109
2	3	1	(chain D and (resid 1 through 108 or (resid 109...	D	384 - 492
2	4	1	(chain D and (resid 1 through 108 or (resid 109...	D	384 - 492
2	5	1	(chain D and (resid 1 through 108 or (resid 109...	D	384 - 492
2	6	1	(chain D and (resid 1 through 108 or (resid 109...	D	384 - 492

#1: タンパク質

Scavenger receptor class A member 5

分子量: 12836.312 Da / 分子数: 2 / 断片: SRCR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Scara5 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8K299

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION

分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M ammonium sulfate (pH 6.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 8067 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 26.22
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.326 / Num. unique obs: 1040

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6J02

6j02

解像度: 2.501→27.145 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 28.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	803	9.99 %
R_work	0.1977	-	-
obs	0.2024	8038	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.89 Å² / B_iso mean: 52.1607 Å² / B_iso min: 27.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.501→27.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1702	0	37	38	1777
B_iso mean	-	-	70.04	50.83	-
残基数	-	-	-	-	218

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	862	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.166
1	2	D	862	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.166

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.501-2.657	0.2793	133	0.2301	1227	99
2.657-2.862	0.2815	129	0.2041	1186	100
2.862-3.1496	0.2849	138	0.2181	1191	100
3.1496-3.6045	0.2323	132	0.1963	1232	100
3.6045-4.5378	0.2201	130	0.1748	1203	100
4.5378-27.145	0.234	141	0.2021	1196	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.1253 Å / Origin y: 7.0865 Å / Origin z: -17.8753 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2637 Å²	-0.0911 Å²	-0.0188 Å²	-	0.3786 Å²	-0.0112 Å²	-	-	0.2657 Å²
L	1.0511 °²	0.0912 °²	-1.2195 °²	-	0.8545 °²	-0.7179 °²	-	-	3.8641 °²
S	-0.1369 Å °	-0.2401 Å °	-0.0961 Å °	-0.191 Å °	0.1223 Å °	-0.0417 Å °	0.0791 Å °	0.0472 Å °	0.032 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	384 - 492
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	584
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4 - 12
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	384 - 492
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	584
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 44

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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