[日本語] English
万見
- PDB-7bzg: Structure of Bacillus subtilis HxlR, wild type in complex with fo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bzg
タイトルStructure of Bacillus subtilis HxlR, wild type in complex with formaldehyde and DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
  • HTH-type transcriptional activator HxlR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional regulator / formaldehyde sensing / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix, HxlR type / HxlR-like helix-turn-helix / HxlR-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMYL GROUP / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional activator HxlR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhu, R. / Chen, P.R.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21521003 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21740001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753000 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501500 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Genetically encoded formaldehyde sensors inspired by a protein intra-helical crosslinking reaction.
著者: Zhu, R. / Zhang, G. / Jing, M. / Han, Y. / Li, J. / Zhao, J. / Li, Y. / Chen, P.R.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional activator HxlR
B: HTH-type transcriptional activator HxlR
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
E: HTH-type transcriptional activator HxlR
F: HTH-type transcriptional activator HxlR
G: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
I: HTH-type transcriptional activator HxlR
J: HTH-type transcriptional activator HxlR
K: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,81732
ポリマ－123,23912
非ポリマー1,57820
水3,207178
1
A: HTH-type transcriptional activator HxlR
B: HTH-type transcriptional activator HxlR
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,85911
ポリマ－41,0804
非ポリマー7797
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9510 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
2
E: HTH-type transcriptional activator HxlR
F: HTH-type transcriptional activator HxlR
G: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,61912
ポリマ－41,0804
非ポリマー5398
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area16430 Å2
手法PISA
3
I: HTH-type transcriptional activator HxlR
J: HTH-type transcriptional activator HxlR
K: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3399
ポリマ－41,0804
非ポリマー2595
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9320 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.086, 109.309, 160.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 12分子 ABEFIJCDGHKL

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional activator HxlR


分子量: 14405.915 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: hxlR, BSU03470 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42406
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 6133.979 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

-
非ポリマー , 6種, 198分子

#3: 化合物
ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CH2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H34O9
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 MES pH = 6.4, 50 mM MgCl2, 25% v/v PEG MME 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 42387 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2144 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HQE

4hqe


解像度: 2.9→33.409 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1997 4.71 %
Rwork0.1792 --
obs0.1812 42357 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5436 2442 95 178 8151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69911774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.6813385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051050
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.96510.33311300.27742622X-RAY DIFFRACTION90
2.9651-3.04530.30491440.26312888X-RAY DIFFRACTION100
3.0453-3.13480.28221440.23292933X-RAY DIFFRACTION100
3.1348-3.23590.25631410.21422859X-RAY DIFFRACTION100
3.2359-3.35150.25491450.18952884X-RAY DIFFRACTION100
3.3515-3.48550.22631480.16752915X-RAY DIFFRACTION100
3.4855-3.6440.23311420.17792875X-RAY DIFFRACTION100
3.644-3.83580.22581460.18262891X-RAY DIFFRACTION100
3.8358-4.07570.23061440.16762893X-RAY DIFFRACTION100
4.0757-4.38980.19941450.152922X-RAY DIFFRACTION100
4.3898-4.83040.1861390.152884X-RAY DIFFRACTION100
4.8304-5.52660.21441420.16822951X-RAY DIFFRACTION100
5.5266-6.95260.20841450.18942929X-RAY DIFFRACTION100
6.9526-33.4090.20431420.17522914X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る