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万見
- PDB-7bye: Toxin-antitoxin complex from klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bye
タイトルToxin-antitoxin complex from klebsiella pneumoniae
要素
  • Antitoxin MazE
  • Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Antitoxin MazE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kang, S.M.
資金援助1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toxin-antitoxin complex from klebsiella pneumoniae
著者: Kang, S.M.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin MazE
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Antitoxin MazE
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4998
ポリマ－55,3096
非ポリマー1902
水1,964109
1
A: Antitoxin MazE
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7494
ポリマ－27,6543
非ポリマー951
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
2
D: Antitoxin MazE
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7494
ポリマ－27,6543
非ポリマー951
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.558, 45.501, 69.952
Angle α, β, γ (deg.)102.060, 93.600, 116.360
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antitoxin MazE


分子量: 3607.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: mazE, SAMEA3531848_05753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C3QI06
#2: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 12023.712 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain ATCC 700721 / MGH 78578) (肺炎桿菌)
遺伝子: KPN_pKPN7p10264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6TJ73
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17681 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 909 / Rpim(I) all: 0.111

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 908 -
Rwork0.1982 --
obs-17676 89.08 %
原子変位パラメータBiso mean: 25.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 10 111 3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00743592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18364884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.06282171
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å /
反射数%反射
obs909 91.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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