PDB-7by3: Toxin-antitoxin complex from klebsiella pneumoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7by3

タイトル

Toxin-antitoxin complex from klebsiella pneumoniae

要素

CopG family transcriptional regulator
Ribonuclease VapC

キーワード

HYDROLASE / protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA nuclease activity / toxin activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kang, S.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toxin-antitoxin complex from klebsiella pneumoniae
著者: Kang, S.M.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7by3.cif.gz	91.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7by3.ent.gz	69.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7by3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7by3_validation.pdf.gz	469 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7by3_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	7by3_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	7by3_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7by3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7by3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7byeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3epl-2 6vpj-d 3ljb-d 6qvi-1 4ldb-2 4ay4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CopG family transcriptional regulator

B: Ribonuclease VapC

C: CopG family transcriptional regulator

D: Ribonuclease VapC

ヘテロ分子

48.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.435, 79.019, 59.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.980, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	CopG family transcriptional regulator / Putative CopG-family DNA-binding protein / Ribbon-helix-helix domain-containing protein / YiiF protein 分子量: 9799.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: yiiF, B4U21_30180, B4U25_36990, B4U61_14815, B6R99_17700, BANRA_02143, BANRA_02521, BANRA_02705, BL124_00012815, BN49_4676, C2U49_19540, C3F39_14645, C4Y50_020990, C7V41_25295, CK508_ ...遺伝子: yiiF, B4U21_30180, B4U25_36990, B4U61_14815, B6R99_17700, BANRA_02143, BANRA_02521, BANRA_02705, BL124_00012815, BN49_4676, C2U49_19540, C3F39_14645, C4Y50_020990, C7V41_25295, CK508_014375, DD581_07355, DD583_18720, DM059_31040, DM060_29565, DM062_35665, DM078_20205, EAO17_14145, EXT45_23360, F0330_15215, F1D54_19805, F3G17_14565, F3G25_25430, FAM29_17470, FAT93_13335, FCH06_017260, FXN60_10800, FXN67_21280, FZ928_20910, FZ929_16080, NCTC11679_05637, NCTC13443_00678, NCTC13635_03530, NCTC204_01866, NCTC8849_00074, NCTC9128_03825, NCTC9140_00751, NCTC9617_03579, NCTC9637_06504, SAMEA104567806_05449, SAMEA104567903_04890, SAMEA1712987_04768, SAMEA24002668_04178, SAMEA3531867_04820, SAMEA3649709_04060, SAMEA3673128_04237, SAMEA4364603_04577, SAMEA4873575_05060, SK89_02101 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W9BQC4
#2: タンパク質	Ribonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC 分子量: 14394.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: vapC, B4U21_30185, B4U61_14820, B6R99_17695, BANRA_02522, BL124_00012810, BN49_4675, C1459_03020, C2U49_19545, C3F39_14640, C4Y50_020995, C7V41_25300, CK508_014380, DD581_07360, DM060_ ...遺伝子: vapC, B4U21_30185, B4U61_14820, B6R99_17695, BANRA_02522, BL124_00012810, BN49_4675, C1459_03020, C2U49_19545, C3F39_14640, C4Y50_020995, C7V41_25300, CK508_014380, DD581_07360, DM060_29570, DM078_20200, EAO17_14150, F1D54_19800, F3G25_25425, FAT93_13340, FCH06_017265, FXN60_10805, NCTC11679_05636, NCTC13443_00679, NCTC13465_05507, NCTC1936_00156, NCTC204_01865, NCTC8849_00075, NCTC9128_03826, SAMEA104567806_05448, SAMEA1712987_04767, SAMEA24002668_04177, SAMEA3531867_04819, SAMEA3649709_04059, SAMEA3673128_04238, SK89_02102 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0W8AM92, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 31667 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.4 % / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 48.3
反射シェル	解像度: 2.04→2.08 Å / Num. unique obs: 1644 / R_pim(I) all: 0.267

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27923	1618	-
R_work	0.2443	-	-
obs	-	31665	96.63 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3010	0	5	177	3192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	3060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2204	4133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	465
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4039	1889

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.08 Å /

	反射数	%反射
obs	1644	99.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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