PDB-6qvi: Crystal structure of competence-associated pilin ComZ from Thermu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qvi

タイトル

Crystal structure of competence-associated pilin ComZ from Thermus thermophilus

要素

ComZ

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / competence pilin / DNA receptor / beta-solenoid domain / pseudopilin-like domain

機能・相同性

membrane / ComZ

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Karuppiah, V. / Derrick, J.P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Structure and Properties of a Natural Competence-Associated Pilin Suggest a Unique Pilus Tip-Associated DNA Receptor.
著者: Salleh, M.Z. / Karuppiah, V. / Snee, M. / Thistlethwaite, A. / Levy, C.W. / Knight, D. / Derrick, J.P.

履歴

登録	2019年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年8月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qvi.cif.gz	592.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qvi.ent.gz	495.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qvi_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qvi_full_validation.pdf.gz	508.1 KB	表示
XML形式データ	6qvi_validation.xml.gz	55.4 KB	表示
CIF形式データ	6qvi_validation.cif.gz	76 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qvfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ho9-1 6cvs-d 5do9-6 1n4l-d 66 3p20-d 1jva-1 5ho9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ComZ

B: ComZ

C: ComZ

172 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ComZ

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, ComZ is monomeric by gel filtration
57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ComZ

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: ComZ

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.860, 121.860, 212.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	ComZ 分子量: 57485.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア) 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: comZ, TT_C0857 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72JC1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5 and 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→58.79 Å / Num. obs: 49699 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 73.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.72→2.79 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
AutoSol	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.72→58.79 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	2514	5.07 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.209	49626	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→58.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11505	0	0	15	11520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	11845
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.551	16081
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.408	7012
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2136

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7201-2.7724	0.4357	134	0.3615	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7724-2.829	0.3816	137	0.3359	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-2.8905	0.3723	143	0.3012	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8905-2.9577	0.3411	132	0.2848	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9577-3.0317	0.343	130	0.2643	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0317-3.1136	0.3322	155	0.2594	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1136-3.2053	0.3235	146	0.2424	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2053-3.3087	0.316	143	0.2361	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3087-3.427	0.2953	108	0.2284	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.427-3.5641	0.2675	147	0.2183	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5641-3.7263	0.2901	111	0.2082	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7263-3.9228	0.2654	147	0.2081	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9228-4.1685	0.2667	153	0.1856	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1685-4.4902	0.2643	153	0.1765	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4902-4.9419	0.2207	155	0.1468	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9419-5.6565	0.2242	154	0.1752	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6565-7.1246	0.2694	151	0.2163	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1246-58.7989	0.2352	115	0.2011	2840	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6301	1.1101	2.3539	2.1906	0.7096	3.1802	0.0382	0.4189	-0.044	0.2405	0.003	0.0874	1.0104	0.2966	-0.0041	0.8527	0.1169	0.0721	0.2628	-0.0112	0.4169	39.5948	31.4745	120.3695
2	6.3841	0.3175	-2.2167	2.0827	0.9541	2.4168	-0.4295	0.5978	-0.8206	0.2978	-0.0488	0.0719	0.4448	-0.3045	0.3928	0.4392	-0.1006	0.119	0.7489	-0.0576	0.472	43.1005	30.5556	77.5772
3	0.403	0.5214	0.9486	1.4025	2.3168	3.1604	-0.3436	0.265	-0.0049	0.0297	-0.2803	0.1703	0.4542	-0.3259	0.7315	0.4464	0.0032	0.0205	0.6081	0.0794	0.4773	42.7151	33.7461	101.9074
4	2.3017	0.8787	-0.3687	2.6773	-0.6685	5.7146	0.1974	-0.1373	-0.21	0.1633	-0.2126	0.6771	0.0254	-0.6289	-0.0618	0.4125	-0.1802	-0.048	0.5451	-0.0334	0.7023	48.9361	14.113	-6.8009
5	2.292	0.9021	0.6032	3.9064	1.0066	1.9602	-0.1939	-0.03	-0.4618	-0.0196	0.1115	0.1898	0.643	-0.7109	0.1093	0.895	-0.472	0.1957	1.2183	-0.0765	0.6442	52.6437	16.9047	34.5779
6	0.7017	0.0094	-1.7987	0.4014	-1.0943	5.4373	-0.1352	-0.258	-0.4423	0.4105	-0.3059	0.1798	0.7079	-0.4237	0.3301	0.8596	-0.4283	0.1226	0.866	0.0663	0.8488	53.2439	13.2389	20.1975
7	1.4747	-0.6571	-0.3738	0.3173	-0.423	2.3878	0.4432	-0.1423	-0.087	0.2539	-0.0045	0.3841	-0.4788	0.0182	-0.2962	1.3181	-0.3055	0.2041	0.5179	-0.0563	0.7311	-3.0213	22.1317	98.0803
8	2.2323	0.6619	-0.1595	7.2017	-0.0101	3.9238	0.007	-0.1803	0.434	-0.4435	-0.2965	0.6565	0.2351	0.4125	0.332	0.6416	0.3194	-0.236	0.7601	-0.2765	0.7952	-3.0599	20.0061	56.5566
9	1.2549	0.2409	2.4531	0.4837	-1.1343	5.7543	0.1856	-0.189	0.2097	0.5415	-0.7305	0.2277	-0.1061	-0.2386	0.4568	1.1693	-0.0977	0.099	0.7679	-0.2739	0.648	-0.4997	19.1031	81.1191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 128 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 129 THROUGH 488 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 489 THROUGH 528 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 140 THROUGH 476 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 477 THROUGH 526 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 140 THROUGH 489 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 490 THROUGH 527 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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