PDB-7bxo: Crystal structure of the toxin-antitoxin with AMP-PNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bxo

タイトル

Crystal structure of the toxin-antitoxin with AMP-PNP

要素

Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
Toxin-antitoxin system toxin HepN family

キーワード

TOXIN / a novel Toxin-Antitoxin system

機能・相同性

機能・相同性情報

protein adenylyltransferase / toxin-antitoxin complex / RNA nuclease activity / nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Ouyang, S.Y. / Zhen, X.K.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Novel polyadenylylation-dependent neutralization mechanism of the HEPN/MNT toxin/antitoxin system.
著者: Yao, J. / Zhen, X. / Tang, K. / Liu, T. / Xu, X. / Chen, Z. / Guo, Y. / Liu, X. / Wood, T.K. / Ouyang, S. / Wang, X.

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bxo.cif.gz	214.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bxo.ent.gz	170.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bxo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bxo_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bxo_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7bxo_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	7bxo_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m6uC 6m6vC 6m6wC 5yepS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m6w-d 6m6u-d 4p23-d 5ks9-1 5til-2 3pnd-d 6r0e-d 3gjf-2 2nx5-4 6dfw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Toxin-antitoxin system antidote Mnt family

B: Toxin-antitoxin system toxin HepN family

C: Toxin-antitoxin system toxin HepN family

D: Toxin-antitoxin system toxin HepN family

E: Toxin-antitoxin system antidote Mnt family

F: Toxin-antitoxin system toxin HepN family

G: Toxin-antitoxin system toxin HepN family

H: Toxin-antitoxin system toxin HepN family

ヘテロ分子

124 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.510, 100.680, 132.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Toxin-antitoxin system antidote Mnt family 分子量: 15582.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_3165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH7
#2: タンパク質	Toxin-antitoxin system toxin HepN family 分子量: 15238.448 Da / 分子数: 6 / Mutation: Y104A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_3166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH6
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl , 0.2 M potassium sodium tartrate, and 12-20% (v/v) PEG 3350 PH範囲: pH 7.8-8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→100.68 Å / Num. obs: 36307 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 94.42 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.77→2.86 Å / Num. unique obs: 2668 / CC_1/2: 0.999 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YEP

5yep

解像度: 2.77→36.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 1.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.8 / SU R_free Blow DPI: 0.318 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.331

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	1856	5.12 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.217	36247	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.96 Å² / B_iso mean: 86.49 Å² / B_iso min: 38.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.239 Å²	0 Å²	-7.3059 Å²
2-	-	-3.3902 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.6292 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.77→36.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8241	0	66	14	8321
B_iso mean	-	-	89.39	66.05	-
残基数	-	-	-	-	1034

LS精密化シェル

解像度: 2.77→2.79 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3425	44	6.07 %
R_work	0.2746	681	-
all	0.2787	725	-
obs	-	-	99.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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