PDB-7bxh: MavC-Lpg2149 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bxh

タイトル

MavC-Lpg2149 complex

要素

Lpg2149
MavC

キーワード

TRANSFERASE / ubiquitination / deubiquitination / MavC / MvcA / Lpg2149 / UBE2N

機能・相同性

: / MvcA insertion domain / Uncharacterized protein / MvcA insertion domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Gao, P. / Wang, Y.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Insights into catalysis and regulation of non-canonical ubiquitination and deubiquitination by bacterial deamidase effectors.
著者: Wang, Y. / Zhan, Q. / Wang, X. / Li, P. / Liu, S. / Gao, G. / Gao, P.

履歴

登録	2020年4月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bxh.cif.gz	205.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bxh.ent.gz	163.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bxh_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bxh_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
XML形式データ	7bxh_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	7bxh_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bxfC 7bxgC 5dpoS 5tscS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o28-2 6xqo-d 5nfj-d 6o2a-2 6o28-1 6o2a-1 6o25-1 6tx1-d 5ojo-d 1men-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lpg2149

B: MavC

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.651, 62.817, 138.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lpg2149 分子量: 12365.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTL2
#2: タンパク質	MavC 分子量: 43999.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTL4
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, 10% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14489 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.76 Å / R_merge(I) obs: 0.524 / Num. unique obs: 14489

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TSC,5DPO

5tsc

5dpo

解像度: 2.7→37.182 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2573	741	5.11 %
R_work	0.2053	13748	-
obs	0.2079	14489	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.93 Å² / B_iso mean: 42.5983 Å² / B_iso min: 11.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→37.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3859	0	0	49	3908
B_iso mean	-	-	-	30.7	-
残基数	-	-	-	-	478

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7-2.9084	0.3171	140	0.2572	2627	96
2.9084-3.2009	0.3396	142	0.25	2711	100
3.2009-3.6638	0.2675	175	0.2167	2717	100
3.6638-4.6146	0.2239	134	0.1793	2784	100
4.6146-37.18	0.2174	150	0.1857	2909	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7692	-1.3414	1.0779	3.6772	-0.9064	0.4488	0.0934	0.1666	-0.228	-0.1265	-0.0126	-0.0291	0.1947	-0.1231	0.0024	0.2451	0.0069	0.0141	0.2324	-0.0897	0.3799	16.8009	-19.6751	-22.076
2	2.1863	-0.9996	-0.0353	2.1047	0.3313	0.9909	0.0428	0.2178	0.1828	-0.247	0.1385	-0.3	-0.1383	0.0575	-0.108	0.2786	-0.0264	0.0386	0.2915	-0.0992	0.2316	13.8429	2.8031	-26.639
3	3.4374	0.0282	-1.507	2.4135	-0.1487	3.9368	-0.0293	-0.2182	-0.1735	0.0842	-0.1531	-0.0017	-0.1624	0.099	0.1039	0.1926	-0.0505	-0.0155	0.1278	0.0027	0.247	5.0634	14.8051	8.3662
4	2.1938	-0.1538	-0.3234	3.6517	1.1571	2.6431	-0.0874	0.3355	0.0488	-0.1111	-0.0024	0.1691	-0.0946	-0.1313	-0.002	0.1979	0.0775	-0.0166	0.3447	-0.025	0.1923	1.6549	2.1761	-26.1389
5	1.6675	-1.292	0.3336	3.2421	0.0032	1.196	0.1364	0.1698	-0.23	-0.3786	0.0532	-0.2789	0.0208	0.0495	-0.0875	0.2133	-0.0297	0.0134	0.2787	-0.0665	0.2577	16.7373	-13.7507	-26.2505
6	2.8394	0.5283	0.2573	2.9579	-0.7895	4.3195	0.037	-0.2501	-0.2459	0.431	-0.1856	-0.4462	-0.1621	-0.2653	-0.0655	0.3473	-0.0501	-0.0542	0.2861	-0.0397	0.4142	27.7584	-8.4841	-8.798
7	6.614	-0.4179	-0.1491	4.2032	0.0779	2.6598	-0.1103	-1.1848	-0.6331	1.0936	-0.0493	-2.1341	0.2327	1.1933	0.3189	0.6464	0.1333	-0.2023	0.7953	0.0905	1.1643	40.6859	-12.0613	-3.1409
8	4.4892	3.5269	-2.7075	3.2253	-0.8539	5.0728	-0.285	1.041	-1.0877	-0.0477	0.147	-1.0442	0.7604	0.2909	0.1661	0.345	0.0435	-0.1828	0.4618	-0.1584	0.6384	35.8892	-17.7451	-10.3343
9	3.2557	-0.223	0.758	5.3238	0.9177	4.8712	-0.0359	0.3677	0.2482	0.2181	0.2986	-0.3645	-0.561	0.2473	-0.2927	0.2876	-0.0321	-0.0564	0.4501	-0.0017	0.4781	32.9518	-7.3011	-12.5738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 7 through 63 )	B	7 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 64 through 127 )	B	64 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 128 through 222 )	B	128 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 223 through 315 )	B	223 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 316 through 382 )	B	316 - 382
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 11 through 54 )	A	11 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 55 through 69 )	A	55 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 70 through 82 )	A	70 - 82
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 83 through 112 )	A	83 - 112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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