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- PDB-7bww: Structure of the engineered metallo-Diels-Alderase DA7 W16S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bww
タイトルStructure of the engineered metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
要素metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
キーワードDE NOVO PROTEIN / De novo Diels-Alderase
機能・相同性ACETIC ACID / BENZOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Basler, S. / Mori, T. / Hilvert, D.
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2021
タイトル: Efficient Lewis acid catalysis of an abiological reaction in a de novo protein scaffold.
著者: Basler, S. / Studer, S. / Zou, Y. / Mori, T. / Ota, Y. / Camus, A. / Bunzel, H.A. / Helgeson, R.C. / Houk, K.N. / Jimenez-Oses, G. / Hilvert, D.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
B: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
C: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
D: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,36116
ポリマ－43,2244
非ポリマー1,13712
水5,711317
1
A: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2324
ポリマ－10,8061
非ポリマー4263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area5960 Å2
手法PISA
2
B: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0384
ポリマ－10,8061
非ポリマー2323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area5700 Å2
手法PISA
3
C: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0544
ポリマ－10,8061
非ポリマー2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area5610 Å2
手法PISA
4
D: metallo-Diels-Alderase DA7 W16S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0384
ポリマ－10,8061
非ポリマー2323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area5780 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.156, 79.823, 89.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
metallo-Diels-Alderase DA7 W16S


分子量: 10806.048 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 6種, 329分子

#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 180mM ammonium nitrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3350, 3% D-(+)-galactose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.39 Å / Num. obs: 61972 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 14.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 2930 / CC1/2: 0.916

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YPI

6ypi


解像度: 1.5→39.911 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 2006 3.24 %
Rwork0.1881 --
obs0.1887 61880 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.68 Å2 / Biso mean: 21.4378 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→39.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 0 64 317 3186
Biso mean--25.86 32.29 -
残基数----352
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.53750.23261220.2111415996
1.5375-1.57910.21421480.2009426799
1.5791-1.62560.23411520.1847429699
1.6256-1.6780.2221390.1901427299
1.678-1.7380.24861510.1936429599
1.738-1.80760.26551360.2016426599
1.8076-1.88990.24881450.2426598
1.8899-1.98950.23421450.1916426399
1.9895-2.11410.23141490.1882429799
2.1141-2.27740.19421400.186431499
2.2774-2.50650.17961450.1848428199
2.5065-2.86910.21551420.2016423197
2.8691-3.61440.20841460.1839432599
3.6144-39.9110.16381460.1759434498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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