PDB-7bwu: Restructuring hemagglutinin-neuraminidase (HN) of Newcastle disea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bwu

タイトル

Restructuring hemagglutinin-neuraminidase (HN) of Newcastle disease virus produced from Oryza sativa

要素

Hemagglutinin-neuraminidase

キーワード

VIRAL PROTEIN / hemagglutinin-neuraminidase / Plant-produced / Restructuring tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / exo-alpha-sialidase / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Avian avulavirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Ma, F.S. / Zhang, G.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Restructuring a dimer antigen in transgenic rice system for high efficient B cell activation: Development of a super effective vaccine against Newcastle Disease Virus
著者: Ma, F.S. / Zhang, E.Q. / Xu, Q.R. / Guo, J.Q. / Zhang, G.P.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bwu.cif.gz	716 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bwu.ent.gz	588.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7bwu_validation.pdf.gz	499.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bwu_full_validation.pdf.gz	511.8 KB	表示
XML形式データ	7bwu_validation.xml.gz	72.8 KB	表示
CIF形式データ	7bwu_validation.cif.gz	105.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t1eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n1y-1 3rnf-1 3n1x-1 5dq9-d 1t0s-1 5hrm-d 4jfa-d 5w0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Hemagglutinin-neuraminidase

D: Hemagglutinin-neuraminidase

A: Hemagglutinin-neuraminidase

C: Hemagglutinin-neuraminidase

ヘテロ分子

234 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, Comparing crystal structure with the structure envelop obtained by SAXS, the results show that the structure obtained by SAXS can be well matched with the crystal structure of HN tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.880, 142.070, 191.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Hemagglutinin-neuraminidase

分子量: 58130.156 Da / 分子数: 4 / 変異: M443T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Authos linked two HN domains in the expression but the link is missing in the coordinate and they don't know which two molecules should be linked together.
由来: (組換発現)

Avian avulavirus 1 (ウイルス) / 遺伝子: HN / 発現宿主:

Oryza sativa (イネ) / 参照: UniProt: I7EFR1

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% Tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→41.53 Å / Num. obs: 188493 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.87→1.93 Å / Num. unique obs: 18656 / CC_1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		data processing
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T1E

3t1e

解像度: 1.87→39.863 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	9289	4.93 %
R_work	0.1668	-	-
obs	0.1682	188462	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.96 Å² / B_iso mean: 38.5067 Å² / B_iso min: 18.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→39.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13727	0	84	1131	14942
B_iso mean	-	-	57.55	44.39	-
残基数	-	-	-	-	1779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.919	19305
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.165	8417

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.87-1.8913	0.3206	300	0.2744	5914
1.8913-1.9135	0.3088	307	0.2596	5958
1.9135-1.9368	0.3002	301	0.2496	5872
1.9368-1.9614	0.2875	333	0.2419	5863
1.9614-1.9872	0.2724	325	0.2316	5947
1.9872-2.0144	0.2699	305	0.2136	5891
2.0144-2.0432	0.2408	289	0.2084	5930
2.0432-2.0737	0.2542	281	0.202	5951
2.0737-2.1061	0.2231	292	0.1939	5951
2.1061-2.1406	0.2246	319	0.1904	5930
2.1406-2.1775	0.2246	311	0.1827	5923
2.1775-2.2171	0.2354	310	0.1875	5937
2.2171-2.2597	0.2195	317	0.1795	5933
2.2597-2.3058	0.2156	296	0.1788	5901
2.3058-2.356	0.2107	316	0.1729	5956
2.356-2.4108	0.214	343	0.1772	5925
2.4108-2.4711	0.2072	295	0.176	5979
2.4711-2.5379	0.2235	305	0.1745	5944
2.5379-2.6125	0.2158	347	0.1759	5921
2.6125-2.6968	0.2098	323	0.1707	5947
2.6968-2.7932	0.1937	302	0.1656	6005
2.7932-2.905	0.2017	328	0.1661	5945
2.905-3.0372	0.2099	290	0.1632	5964
3.0372-3.1972	0.2156	302	0.1598	5993
3.1972-3.3974	0.1704	291	0.1525	6047
3.3974-3.6596	0.1575	297	0.1444	6055
3.6596-4.0276	0.15	283	0.1424	6057
4.0276-4.6096	0.1507	311	0.1324	6077
4.6096-5.8048	0.1662	343	0.1424	6106
5.8048-10	0.1881	327	0.1835	6351

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9968	-0.0874	-0.0223	2.1023	0.395	1.5044	0.0577	0.2928	-0.0191	-0.4979	0.0335	-0.099	-0.2532	0.0538	-0.0205	0.3515	-0.0089	0.0601	0.3712	0.0051	0.2752	-63.2754	-28.2995	-67.2989
2	0.9657	0.2618	0.0959	1.8278	0.366	1.4022	-0.0241	0.4072	-0.182	-0.5555	0.0776	-0.2191	-0.1113	0.139	-0.0417	0.3845	0.0187	0.0748	0.4596	-0.1198	0.3056	-63.2626	-44.9725	-75.9106
3	0.7579	0.0897	-0.019	1.0814	0.3509	1.0353	0.0177	0.1243	-0.3498	-0.0626	0.0724	-0.1298	0.1239	0.1161	-0.0587	0.2123	0.0164	-0.0108	0.2771	-0.08	0.3987	-66.8212	-52.1562	-56.8872
4	0.764	0.4248	-0.0282	1.1352	-0.0422	0.7081	0.0501	-0.0533	-0.0844	0.2249	-0.0313	0.0688	0.07	-0.02	-0.0305	0.2414	-0.0004	0.02	0.2056	-0.0195	0.2356	-11.6088	-67.0075	-34.7416
5	1.4886	-0.1289	-0.3392	1.691	-0.0174	0.9869	0.0537	-0.1409	0.1779	0.2136	0.0372	0.1505	-0.109	-0.0838	-0.0707	0.2149	0.0048	0.0486	0.2247	-0.0305	0.2764	-19.8925	-58.6764	-37.474
6	0.8745	0.092	0.0498	0.7014	0.158	1.2419	0.0263	-0.3059	-0.0126	0.3751	-0.0353	0.0975	0.0288	-0.0306	0.011	0.4953	-0.0321	0.0625	0.3632	-0.0077	0.283	-13.8428	-60.2566	-14.2682
7	1.0571	0.3218	0.0905	1.0304	-0.4334	1.1305	0.0509	-0.0525	-0.0978	0.318	-0.0646	-0.2652	0.0087	0.1672	0.0283	0.2611	0.0047	-0.0214	0.22	-0.0144	0.2268	-1.9073	-64.9615	-32.287
8	1.2178	-0.3318	-0.314	1.0351	0.0045	0.8857	0.0248	0.1332	0.0593	-0.0229	0.0729	0.2866	-0.0308	-0.2283	-0.1064	0.1909	0.014	-0.0076	0.2829	0.0473	0.3353	-24.8893	-48.1501	-51.8378
9	1.2887	-0.1563	0.4703	2.3682	0.5181	0.9774	-0.0155	0.0171	-0.0411	-0.0794	0.0241	0.1655	0.0143	-0.0451	-0.0905	0.2117	-0.0007	-0.0143	0.2372	0.0163	0.2868	-19.7676	-58.2735	-49.284
10	0.8721	0.0933	-0.2237	1.7787	-0.2046	0.9812	0.0167	0.4079	0.0853	-0.5551	0.0719	0.2534	0.0979	-0.178	-0.0814	0.3678	-0.0053	-0.0907	0.4391	0.0582	0.2759	-18.6391	-51.6326	-72.45
11	0.9663	-0.0221	0.0012	0.7859	-0.2148	1.0335	0.0378	0.1073	0.4236	0.0134	0.0355	0.1083	-0.1581	-0.1023	-0.0563	0.2209	0.0167	0.0162	0.2822	0.046	0.4135	-18.7624	-39.3353	-54.2492
12	0.7286	0.3188	0.0366	1.1513	-0.2666	0.7961	0.0403	-0.0154	0.0357	0.2371	-0.0037	-0.0201	-0.1391	0.0166	-0.0353	0.2563	-0.0023	-0.0223	0.1981	0.0153	0.2443	-73.1968	-23.6382	-34.6893
13	1.5113	-0.4384	0.3809	1.5636	0.0725	0.9338	0.0517	-0.1012	-0.2089	0.2465	0.0352	-0.0605	0.0807	0.0466	-0.0875	0.233	-0.0051	-0.0525	0.2169	0.014	0.2628	-64.716	-32.1016	-36.6886
14	0.8084	-0.0193	0.1106	0.7578	-0.2083	0.8662	0.0745	-0.1076	-0.2463	0.2899	-0.1155	-0.2621	0.0398	0.1304	0.0432	0.4315	-0.018	-0.1461	0.3076	0.0215	0.374	-59.6728	-35.9268	-20.711
15	0.8494	0.0151	0.1033	1.1532	-0.1167	1.2604	0.1585	-0.299	0.0701	0.5691	-0.1005	-0.0553	-0.0341	-0.0414	-0.0307	0.5823	-0.0755	-0.0275	0.331	0.0002	0.2429	-73.9798	-27.2737	-10.4533
16	1.1445	0.3935	-0.0523	0.7601	0.1069	1.1458	0.0881	-0.111	0.0526	0.3882	-0.035	0.2147	-0.0477	-0.1796	-0.0381	0.2858	0.0039	0.043	0.2058	0.0023	0.2171	-83.864	-27.062	-29.0687
17	1.109	0.0059	0.1913	0.9218	0.1182	0.791	0.0399	0.104	-0.179	-0.0129	0.0412	-0.2843	0.0747	0.2034	-0.0663	0.2048	0.0245	-0.0096	0.2896	-0.0364	0.3833	-59.6367	-43.6764	-50.7669
18	1.136	-0.0215	-0.397	1.8776	-0.1795	1.315	0.0398	0.145	-0.0428	0.0133	-0.0064	-0.1407	-0.0562	0.049	-0.0925	0.1852	0.0083	0.0031	0.2249	-0.0181	0.2934	-63.9768	-32.7515	-48.218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 230 through 320 )	C	230 - 320
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 321 through 444 )	C	321 - 444
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 445 through 569 )	C	445 - 569
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 126 through 192 )	B	126 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 193 through 229 )	B	193 - 229
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 230 through 477 )	B	230 - 477
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 478 through 569 )	B	478 - 569
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 122 through 192 )	D	122 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 193 through 229 )	D	193 - 229
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 230 through 477 )	D	230 - 477
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 478 through 568 )	D	478 - 568
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 126 through 192 )	A	126 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 193 through 229 )	A	193 - 229
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 230 through 285 )	A	230 - 285
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 286 through 444 )	A	286 - 444
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 445 through 568 )	A	445 - 568
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 125 through 192 )	C	125 - 192
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 193 through 229 )	C	193 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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