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- PDB-1t0s: Structure of the Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t0s
タイトルStructure of the Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase with 4-bromophenol bound
要素
  • (toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase ...) x 2
  • touB
キーワードOXIDOREDUCTASE / diiron / 4-bromophenol / channel / 4-helix bundle / carboxylate bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YHS domain / YHS domain / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A ...YHS domain / YHS domain / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-BROMOPHENOL / : / SULFANYLACETIC ACID / HYDROXIDE ION / Toluene o-xylene monooxygenase oxygenase subunit TouA / Toluene o-xylene monooxygenase component TouB / Toluene o-xylene monooxygenase component TouE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sazinsky, M.H. / Bard, J. / Di Donato, A. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase from Pseudomonas stutzeri OX1: INSIGHT INTO THE SUBSTRATE SPECIFICITY, SUBSTRATE CHANNELING, AND ACTIVE SITE TUNING ...タイトル: Crystal Structure of the Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase from Pseudomonas stutzeri OX1: INSIGHT INTO THE SUBSTRATE SPECIFICITY, SUBSTRATE CHANNELING, AND ACTIVE SITE TUNING OF MULTICOMPONENT MONOOXYGENASES.
著者: Sazinsky, M.H. / Bard, J. / Di Donato, A. / Lippard, S.J.
履歴
登録2004年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit
B: toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit
C: touB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,41313
ポリマ－106,1543
非ポリマー1,25910
水4,810267
1
A: toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit
B: toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit
C: touB
ヘテロ分子

A: toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit
B: toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit
C: touB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,82626
ポリマ－212,3086
非ポリマー2,51820
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13890 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area30870 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)183.242, 183.242, 67.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-424-

HOH

詳細The biological homodimer is generated by the two fold axis -x, y-x, -2/3-z

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要素

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Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit


分子量: 57786.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA SUBUNIT
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: touA / プラスミド: peT22BEA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87798
#2: タンパク質 toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit


分子量: 38381.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BETA SUBUNIT
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: touE / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87802

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 touB


分子量: 9986.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GAMMA SUBUNIT
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: touB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87799

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非ポリマー , 5種, 277分子

#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#6: 化合物 ChemComp-MCR / SULFANYLACETIC ACID / MERCAPTOACETIC ACID / チオグリコ-ル酸


分子量: 92.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2S
#7: 化合物
ChemComp-BML / 4-BROMOPHENOL / 4-ブロモフェノ-ル


分子量: 173.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5BrO
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, HEPES, ammonium sulfate, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 66417 / Num. obs: 65354 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 370444.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2301 4.3 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.236 66417 --
obs0.236 53610 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1475 Å2 / ksol: 0.347831 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.72 Å20.02 Å20 Å2
2---6.72 Å20 Å2
3---13.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7344 0 56 267 7667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.314 8618 -
obs--84.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4BRPHENOL.PARAMBRPHENOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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