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- PDB-7bwp: Crystal complex of endo-deglycosylated PcHNL5 with (R)-mandelonitrile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bwp
タイトルCrystal complex of endo-deglycosylated PcHNL5 with (R)-mandelonitrile
要素PREDICTED: (R)-mandelonitrile lyase
キーワードLYASE / Complex / endo-deglycosylated
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Flavin amine oxidase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal ...: / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Flavin amine oxidase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / (R)-mandelonitrile lyase / (R)-mandelonitrile lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Prunus dulcis (アーモンド)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Zheng, Y.C. / Li, F.L. / Yu, H.L. / Xu, J.H.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Tuning of a Hydroxynitrile Lyase to Accept Rigid Pharmaco Aldehydes.
著者: Zheng, Y.C. / Li, F.L. / Lin, Z.M. / Lin, G.Q. / Hong, R. / Yu, H.L. / Xu, J.H.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_detector
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_detector.detector

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PREDICTED: (R)-mandelonitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,63411
ポリマ－59,1871
非ポリマー2,44710
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.544, 91.095, 130.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 A

#1: タンパク質 PREDICTED: (R)-mandelonitrile lyase


分子量: 59186.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Prunus dulcis (アーモンド) / 遺伝子: ALMOND_2B028509 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A5E4GBK6, UniProt: O24243*PLUS
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 452分子

#2: 化合物 ChemComp-MXN / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / (R)-mandelonitrile / (R)-マンデロニトリル


分子量: 133.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: tris-bicine, 100 mM, pH 8.25; CaCl2, 60 mM; MgCl2, 60 mM; PEG 500MME, 24%, v/v; PEG 20000, 12%, w/v
PH範囲: 8.25 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 55236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 17.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 34.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 16.6 / Num. unique obs: 2751 / CC1/2: 0.978

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JBY

6jby


解像度: 1.802→46.305 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 2813 5.1 %
Rwork0.1599 --
obs0.1617 55103 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.49 Å2 / Biso mean: 19.2832 Å2 / Biso min: 7.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.802→46.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3971 0 159 448 4578
Biso mean--24.25 29.09 -
残基数----516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8635796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006743
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3062427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8024-1.83350.23081500.2252897
1.8335-1.86680.24361570.18122529100
1.8668-1.90270.18421330.16992593100
1.9027-1.94160.22021090.17042606100
1.9416-1.98380.18921570.1612569100
1.9838-2.02990.22091520.16592564100
2.0299-2.08070.21291390.17032606100
2.0807-2.13690.2161320.16582587100
2.1369-2.19980.19481230.16792587100
2.1998-2.27080.20591410.1652622100
2.2708-2.3520.21131570.16242579100
2.352-2.44610.19871570.15992597100
2.4461-2.55750.20771460.1612594100
2.5575-2.69230.21661240.16072635100
2.6923-2.86090.20331360.1692623100
2.8609-3.08180.2351310.16832644100
3.0818-3.39180.18261330.15412660100
3.3918-3.88240.18011430.14472673100
3.8824-4.89060.16161400.1291268299
4.8906-100.18031530.1765281299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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