PDB-6jby: Crystal structure of endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase iso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jby

タイトル

Crystal structure of endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 of Prunus communis

要素

Hnl isoenzyme 5

キーワード

LYASE / Endo-deglycosylated / GMC oxidoreductases N and C superfamily / Flavoprotein / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Prunus dulcis (アーモンド)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zheng, Y.C. / Li, F.L. / Yu, H.L. / Xu, J.H.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Tuning of a Hydroxynitrile Lyase to Accept Rigid Pharmaco Aldehydes.
著者: Zheng, Y.C. / Li, F.L. / Lin, Z.M. / Lin, G.Q. / Hong, R. / Yu, H.L. / Xu, J.H.

履歴

登録	2019年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.3	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jby.cif.gz	138 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jby.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lqyC 6lr8C 7bwpC 5eb4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3red-11 3red-1 3gdn-1 3red-5 5l9z-d 3red-9 2i7v-d 4kc7-1 4tw2-2 3red-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (7) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hnl isoenzyme 5

ヘテロ分子

61.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.525, 91.307, 132.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Hnl isoenzyme 5

分子量: 59186.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Prunus dulcis (アーモンド) / 遺伝子: hnl5 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: O24243*PLUS, (R)-mandelonitrile lyase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD

分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris-bicine, calcium chloride, magnesium chloride, PEG 550MME, PEG 20000 PH範囲: 8.3-8.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 79762 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.114 / R_sym value: 0.109 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 20.74
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 8.86 / Num. unique obs: 3877 / CC_1/2: 0.973 / R_pim(I) all: 0.087 / R_rim(I) all: 0.321 / R_sym value: 0.309 / Χ²: 0.933 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12-2829-000)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EB4

5eb4

解像度: 1.6→46.37 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	4040	5.07 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.1593	79649	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4104	0	53	671	4828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	5846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.262	2455
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	675
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6002-1.619	0.211	140	0.163	2460	X-RAY DIFFRACTION	97
1.619-1.6387	0.1918	130	0.1637	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6387-1.6595	0.2038	137	0.1661	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6595-1.6813	0.233	128	0.1606	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6813-1.7043	0.187	126	0.1581	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7043-1.7287	0.2016	144	0.1588	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7287-1.7545	0.1855	133	0.159	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7545-1.7819	0.1749	127	0.1549	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7819-1.8111	0.1981	152	0.156	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8111-1.8424	0.1786	145	0.1599	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8424-1.8759	0.2048	130	0.1568	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8759-1.9119	0.1721	141	0.1587	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9119-1.951	0.1806	149	0.1599	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.951-1.9934	0.1922	126	0.1535	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9934-2.0398	0.1818	139	0.1576	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0398-2.0908	0.2009	157	0.1585	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0908-2.1473	0.1915	148	0.1567	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1473-2.2105	0.1642	144	0.1579	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2105-2.2818	0.1909	148	0.1593	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2818-2.3634	0.1893	130	0.1579	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3634-2.458	0.1924	114	0.158	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.5699	0.1958	126	0.1612	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5699-2.7053	0.1897	157	0.1689	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7053-2.8748	0.2306	153	0.1719	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8748-3.0967	0.1834	130	0.1715	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0967-3.4083	0.1891	132	0.1607	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4083-3.9013	0.152	153	0.1471	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9013-4.9143	0.1389	140	0.1275	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9143-46.3891	0.1782	161	0.1737	2818	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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