PDB-7bwc: Bombyx mori GH32 beta-fructofuranosidase BmSUC1 mutant D63A in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bwc

タイトル

Bombyx mori GH32 beta-fructofuranosidase BmSUC1 mutant D63A in complex with sucrose

要素

Beta-fructofuranosidase

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / SUCROSE / BETA-PROPELLER / HORIZONTAL GENE TRANSFER

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Miyazaki, T. / Oba, N.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the substrate specificity of Bombyx mori beta-fructofuranosidase belonging to the glycoside hydrolase family 32.
著者: Miyazaki, T. / Oba, N. / Park, E.Y.

履歴

登録	2020年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bwc.cif.gz	194.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bwc.ent.gz	149.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bwc_validation.pdf.gz	843.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bwc_full_validation.pdf.gz	846.5 KB	表示
XML形式データ	7bwc_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	7bwc_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bwbC 1uypS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bwb-d 5l0v-d 4tsr-d 6ymn-1 1uyp-1 4udq-2 4p53-d 2vak-12 4udr-1 1nkq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-fructofuranosidase

ヘテロ分子

56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.522, 118.459, 101.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-638- HOH

#1: タンパク質

Beta-fructofuranosidase

分子量: 56023.266 Da / 分子数: 1 / 変異: D63A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence is registered GenBank with an accession code of BCD57653
由来: (組換発現)

Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: BmSuc1, Suc1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6F8Z6Y2*PLUS, beta-fructofuranosidase

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 13% PEG 3350, 40 mM citric acid, 60 mM Bis-Tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 42574 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / R_merge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6137

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UYP

1uyp

解像度: 1.95→41.975 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 11.908 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	2032	4.971 %
R_work	0.2159	-	-
all	0.217	-	-
obs	-	40878	95.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.133 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.174 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.959 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3774	0	23	144	3941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.653	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.149	1.58	7963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.424	5	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.837	23.045	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.509	15	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.103	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.085	3.662	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.085	3.662	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.784	5.49	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.784	5.49	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.123	3.8	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.123	3.8	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.826	5.659	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.826	5.66	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.689	41.569	4363
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.637	41.399	4333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.321	138	0.318	2761	X-RAY DIFFRACTION	93.2454
2.001-2.055	0.314	151	0.335	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.9009
2.055-2.115	0.362	133	0.317	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.9328
2.115-2.18	0.349	126	0.294	2625	X-RAY DIFFRACTION	96.3235
2.18-2.251	0.6	113	0.584	2126	X-RAY DIFFRACTION	80.5975
2.251-2.33	0.37	96	0.388	1913	X-RAY DIFFRACTION	74.9627
2.33-2.418	0.274	138	0.235	2441	X-RAY DIFFRACTION	98.888
2.418-2.517	0.293	121	0.213	2369	X-RAY DIFFRACTION	99.6399
2.517-2.629	0.277	120	0.215	2299	X-RAY DIFFRACTION	99.7937
2.629-2.757	0.256	125	0.222	2171	X-RAY DIFFRACTION	99.437
2.757-2.906	0.232	103	0.216	2075	X-RAY DIFFRACTION	99.4067
2.906-3.082	0.261	102	0.208	1965	X-RAY DIFFRACTION	99.375
3.082-3.294	0.21	103	0.209	1846	X-RAY DIFFRACTION	99.3374
3.294-3.557	0.22	90	0.203	1712	X-RAY DIFFRACTION	98.0414
3.557-3.896	0.253	90	0.206	1594	X-RAY DIFFRACTION	98.8843
3.896-4.354	0.187	79	0.152	1445	X-RAY DIFFRACTION	99.1542
4.354-5.025	0.165	74	0.122	1291	X-RAY DIFFRACTION	99.635
5.025-6.148	0.182	59	0.147	1099	X-RAY DIFFRACTION	99.8276
6.148-8.665	0.178	46	0.159	888	X-RAY DIFFRACTION	100
8.665-41.975	0.214	25	0.18	512	X-RAY DIFFRACTION	97.8142

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 23.012 Å / Origin y: 18.847 Å / Origin z: 12.442 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1453 Å²	-0.11 Å²	0.0837 Å²	-	0.1024 Å²	-0.0806 Å²	-	-	0.1756 Å²
L	0.6603 °²	0.0119 °²	-0.9505 °²	-	0.7404 °²	0.0131 °²	-	-	1.3946 °²
S	0.1563 Å °	-0.1958 Å °	0.1672 Å °	-0.1148 Å °	0.126 Å °	0.0057 Å °	-0.214 Å °	0.2841 Å °	-0.2824 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	25 - 488
2	X-RAY DIFFRACTION	1		B	1 - 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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