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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bvy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MreB 5 of Spiroplasma citri bound to AMPPNP | ||||||
![]() | Cell shape determining protein MreB | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / ATPase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pande, V. / Gayathri, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: MreB5 Is a Determinant of Rod-to-Helical Transition in the Cell-Wall-less Bacterium Spiroplasma. 著者: Harne, S. / Duret, S. / Pande, V. / Bapat, M. / Beven, L. / Gayathri, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 754.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 759 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39669.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cell wall less bacteria / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 113分子 








#2: 化合物 | ChemComp-ANP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-K / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 % / 解説: Thin Needle- like crystals in a bunch |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.15M Na-K phosphate, 16% PEG 3350, pH 7.8, 2mM AMPPNP, 2mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→49.838 Å / Num. obs: 13181 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26.47 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1461 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.54 / % possible all: 98.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7BVZ 解像度: 2.5→49.838 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 26.62
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.22 Å2 / Biso mean: 32.1149 Å2 / Biso min: 14.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→49.838 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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