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- PDB-7bvj: UDP-N-acetylglucosamine 3-dehydrogenase GnnA from Acidithiobacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bvj
タイトルUDP-N-acetylglucosamine 3-dehydrogenase GnnA from Acidithiobacillus ferrooxidans (P21)
要素Oxidoreductase, NAD-binding
キーワードOXIDOREDUCTASE / GnnA / UDP-GlcNAc / lipopolysaccharide / UDP-N-acetylglucosamine 3-dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 3-dehydrogenase / lipid A biosynthetic process / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F8U / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / UDP-N-acetylglucosamine 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wangkanont, K.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Chulalongkorn University Ratchadapisek Sompoch Endowment FundCU_GR_60_22_23_10 タイ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Biochemical and Structural Investigation of GnnA in the Lipopolysaccharide Biosynthesis Pathway of Acidithiobacillus ferrooxidans .
著者: Manissorn, J. / Sitthiyotha, T. / Montalban, J.R.E. / Chunsrivirot, S. / Thongnuek, P. / Wangkanont, K.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, NAD-binding
B: Oxidoreductase, NAD-binding
C: Oxidoreductase, NAD-binding
D: Oxidoreductase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,5589
ポリマ－140,6544
非ポリマー2,9045
水14,376798
1
A: Oxidoreductase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0773
ポリマ－35,1631
非ポリマー9142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
2
B: Oxidoreductase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8272
ポリマ－35,1631
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
3
C: Oxidoreductase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8272
ポリマ－35,1631
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
4
D: Oxidoreductase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8272
ポリマ－35,1631
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.809, 80.057, 107.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Oxidoreductase, NAD-binding


分子量: 35163.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (strain ATCC 23270 / DSM 14882 / CIP 104768 / NCIMB 8455) (バクテリア)
株: ATCC 23270 / DSM 14882 / CIP 104768 / NCIMB 8455 / 遺伝子: AFE_1457 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: B7JA34
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-F8U / (2R,3R)-2,3-bis(oxidanyl)butane-1,4-disulfonic acid


分子量: 250.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O8S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 % / Mosaicity: 0.29 °
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode / pH: 5.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, 200 mM NaCl, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→19.8 Å / Num. obs: 66811 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.315 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 499713 / Scaling rejects: 1804
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.7 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.21.1062992444770.2290.4751.2082.2100
10.08-19.80.22839645930.9630.0950.2488.686.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.15 Å19.8 Å
Translation2.15 Å19.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.17.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4koa, 4h3v, 4fb5, 5yab, 4hkt, 3ezy

4koa

4h3v

4fb5

5yab

4hkt

3ezy


解像度: 2.15→19.8 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 3270 4.9 %
Rwork0.2158 --
obs0.2186 66725 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.15 Å2 / Biso mean: 30.5095 Å2 / Biso min: 9.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9373 0 122 798 10293
Biso mean--30.13 35.35 -
残基数----1219
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.15-2.230.32853090.257563266635
2.23-2.320.33033070.246163046611
2.32-2.420.32623310.231963416672
2.42-2.550.29533170.226463206637
2.55-2.710.26892910.241963656656
2.71-2.920.32213290.243663146643
2.92-3.210.2993320.228463416673
3.21-3.670.27073460.214463436689
3.67-4.610.21783720.180463506722
4.61-19.80.24733360.196964516787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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