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- PDB-7bvh: Crystal structure of arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 complex fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bvh
タイトルCrystal structure of arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 complex from Mycobacterium smegmatis complexed with di-arabinose
要素
  • Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC
  • Meromycolate extension acyl carrier protein
キーワードTRANSFERASE / cell wall synthesis / arabinosyltransferase / drug target
機能・相同性
機能・相同性情報


indolylacetylinositol arabinosyltransferase / indolylacetylinositol arabinosyltransferase activity / arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / lipid A biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / acyl binding / acyl carrier activity / cell wall organization / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Arabinofuranosyltransferase, central domain / Arabinofuranosyltransferase, domain 1 / Arabinosyltransferase, C-terminal / Arabinosyltransferas, concanavalin like domain / Arabinosyltransferase, C-terminal, subdomain 2 / Mycobacterial cell wall arabinan synthesis protein / EmbC C-terminal domain / Arabinosyltransferase concanavalin like domain / Acyl carrier protein (ACP) ...: / Arabinofuranosyltransferase, central domain / Arabinofuranosyltransferase, domain 1 / Arabinosyltransferase, C-terminal / Arabinosyltransferas, concanavalin like domain / Arabinosyltransferase, C-terminal, subdomain 2 / Mycobacterial cell wall arabinan synthesis protein / EmbC C-terminal domain / Arabinosyltransferase concanavalin like domain / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-maltose / alpha-D-arabinofuranose / PHOSPHATE ION / Meromycolate extension acyl carrier protein / Probable arabinosyltransferase A / Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhao, Y. / Zhang, L. / Wu, L.J. / Wang, Q. / Li, J. / Besra, G.S. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 英国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFC0840300 中国
National Science Foundation (NSF, China)81520108019 中国
Chinese Academy of SciencesXDB29020000 中国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S000542/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structures of cell wall arabinosyltransferases with the anti-tuberculosis drug ethambutol.
著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Lijie Wu / Ruogu Gao / Qi Zhang / Yinan Wang / Chengyao Wu / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Wei Zhao / Ling Qin / Xiuna Yang ...著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Lijie Wu / Ruogu Gao / Qi Zhang / Yinan Wang / Chengyao Wu / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Wei Zhao / Ling Qin / Xiuna Yang / Manfu Wang / Yan Zhu / Bing Zhang / Lijun Bi / Xian'en Zhang / Haitao Yang / Luke W Guddat / Wenqing Xu / Quan Wang / Jun Li / Gurdyal S Besra / Zihe Rao /
要旨: The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo- ...The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo-electron microscopy and x-ray crystal structures of mycobacterial EmbA-EmbB and EmbC-EmbC complexes in the presence of their glycosyl donor and acceptor substrates and with ethambutol. These structures show how the donor and acceptor substrates bind in the active site and how ethambutol inhibits arabinosyltransferases by binding to the same site as both substrates in EmbB and EmbC. Most drug-resistant mutations are located near the ethambutol binding site. Collectively, our work provides a structural basis for understanding the biochemical function and inhibition of arabinosyltransferases and the development of new anti-tuberculosis agents.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC
B: Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC
C: Meromycolate extension acyl carrier protein
D: Meromycolate extension acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,97520
ポリマ－261,4874
非ポリマー3,48916
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.080, 176.330, 207.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC / arabinosyltransferase EmbC


分子量: 119999.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: embC, MSMEI_6219
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7FMU5, UniProt: A0R612*PLUS, indolylacetylinositol arabinosyltransferase
#2: タンパク質 Meromycolate extension acyl carrier protein / ACP


分子量: 10743.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R0B3

-
糖 , 3種, 12分子

#3: 多糖 alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DArafa1-5DArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a122h-1a_1-4]/1-1/a5-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Araf]{[(5+1)][a-D-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-BXY / alpha-D-arabinofuranose / α-D-アラビノフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DArafaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM HEPES (pH 6.8~7.5), 100mM NaCl, 5-10% (v/v) polyethylene glycol 4000, 20-30% (v/v) polyethylene glycol 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→134.458 Å / Num. all: 67591 / Num. obs: 67591 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.9 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 1 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 1344351
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.4819.95.1760.119454197751.1845.3115.1760.7100
3.48-3.6920.22.7980.318620092400.6362.872.7981.3100
3.69-3.94211.3960.518187186790.3121.4311.3962.8100
3.94-4.2620.60.6371.216707681070.1440.6530.6375.9100
4.26-4.6719.80.3122.314871875090.0720.320.31210.8100
4.67-5.2220.10.1724.113688367950.0390.1770.17216.9100
5.22-6.0320.40.1434.912249260180.0320.1470.14320.4100
6.03-7.3818.40.0976.69446451370.0230.10.09728.7100
7.38-10.4418.30.057107372840360.0140.0590.05741.499.9
10.44-49.60316.70.0446774913837822950.0120.0460.0443837898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→49.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.788 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 5.608 / SU Rfree Blow DPI: 0.427
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3362 4.98 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.234 67568 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 230.27 Å2 / Biso mean: 78.18 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3329 Å20 Å20 Å2
2---1.4806 Å20 Å2
3----3.8522 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17088 0 228 0 17316
Biso mean--83.9 --
残基数----2238
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5692SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2916HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17782HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2410SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21559SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17782HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg24382HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.3
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 235 4.75 %
Rwork0.2566 4717 -
all0.2566 4952 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4264-0.44911.17452.4583-0.28431.91750.20080.9916-0.0092-0.80450.12950.24520.36460.2335-0.3303-0.34550.2425-0.2152-0.4095-0.3039-0.2994119.168199.13943.9775
22.96490.1334-0.80921.19940.42921.20690.0228-0.9739-0.55520.7130.56220.7931-0.3537-0.6812-0.585-0.4208-0.0182-0.3038-0.213-0.3005-0.4071106.724201.94685.2817
36.4121-3.1197-2.35513.6029-1.22170.16980.00820.1259-0.0781-0.0367-0.0451-0.146-0.11940.25640.0369-0.26370.2033-0.06070.3223-0.10760.0749173.21191.42757.8744
46.2280.2883.52073.2544-1.99514.6896-0.0824-0.1632-0.08330.0881-0.1913-0.09860.110.07060.2736-0.29030.0097-0.23330.3367-0.0696-0.0609158.691192.413104.74
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A10 - 1075
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B10 - 1075
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 86
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D3 - 86

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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