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万見
- PDB-7bvd: Anthranilate synthase component I (TrpE)[Mycolicibacterium smegmatis] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bvd
タイトルAnthranilate synthase component I (TrpE)[Mycolicibacterium smegmatis]
要素Anthranilate synthase component 1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Tryptophan biosynthesis pathway / Anthranilate synthasecomponent I / Mycolicibacterium smegmatis / MsTrpE
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate synthase / anthranilate synthase activity / tryptophan biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthranilate synthase component I, PabB-like / Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / PYRUVIC ACID / Anthranilate synthase component 1 / Anthranilate synthase component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, Y. / Che, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structure of subunit I of the anthranilate synthase complex of Mycolicibacterium smegmatis
著者: Chen, Y. / Jia, H. / Liu, R. / Che, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate synthase component 1
B: Anthranilate synthase component 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,51812
ポリマ－112,7442
非ポリマー77410
水15,457858
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area37940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.822, 66.076, 80.718
Angle α, β, γ (deg.)81.880, 72.730, 70.880
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Anthranilate synthase component 1


分子量: 56372.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: trpE, ERS451418_03206 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D6I7M8, UniProt: A0QX93*PLUS, anthranilate synthase

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非ポリマー , 5種, 868分子

#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Magnesium formate dihydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 121727 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.05 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5900 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.244 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXversion 1.17.1-3660精密化
HKL-3000v720データ削減
HKL-3000v720データスケーリング
PHENIXversion 1.17.1-3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CWA

5cwa


解像度: 1.7→38.49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1998 -
Rwork0.164 --
obs-121671 96.87 %
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7527 0 51 858 8436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00937709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.034410491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.15912794
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 --
Rwork0.2467 --
obs-11420 91.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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