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- PDB-4j36: Cocrystal Structure of kynurenine 3-monooxygenase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j36
タイトルCocrystal Structure of kynurenine 3-monooxygenase in complex with UPF 648 inhibitor(KMO-394UPF)
要素Kynurenine 3-monooxygenase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Monooxygenase kynurenine UPF 648 / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Tryptophan catabolism / kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process ...Tryptophan catabolism / kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process / FAD binding / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Kynurenine 3-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1HR / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Kynurenine 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Amaral, M. / Levy, C. / Heyes, D.J. / Lafite, P. / Outeiro, T.F. / Giorgini, F. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis of kynurenine 3-monooxygenase inhibition.
著者: Amaral, M. / Levy, C. / Heyes, D.J. / Lafite, P. / Outeiro, T.F. / Giorgini, F. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Data collection
改定 1.22013年5月1日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine 3-monooxygenase
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9245
ポリマ－94,0942
非ポリマー1,8303
水6,467359
1
A: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8322
ポリマ－47,0471
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0913
ポリマ－47,0471
非ポリマー1,0452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.970, 89.810, 82.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kynurenine 3-monooxygenase / Biosynthesis of nicotinic acid protein 4 / Kynurenine 3-hydroxylase


分子量: 47046.762 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-394 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BNA4, YBL098W, YBL0828 / 参照: UniProt: P38169, kynurenine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-1HR / (1S,2S)-2-(3,4-dichlorobenzoyl)cyclopropanecarboxylic acid / UPF-648


分子量: 259.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8Cl2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals were grown by mixing 200 nl of protein (buffer A) with 200 nl of a reservoir solution containing 0.1 M imidazole, pH 7.8, and 11 % w/v polyethylene glycol 8K. The UPF complex (KMO- ...詳細: Crystals were grown by mixing 200 nl of protein (buffer A) with 200 nl of a reservoir solution containing 0.1 M imidazole, pH 7.8, and 11 % w/v polyethylene glycol 8K. The UPF complex (KMO-393-UPF) was obtained as described above. However, prior to setting the trays the protein was pre-incubated with 1 mM UPF for ~30 minutes. All trays were incubated at 277 K, with crystals forming over a period of ~72 h , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→58.7 Å / Num. all: 167090 / Num. obs: 55595 / Biso Wilson estimate: 39.93 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→58.677 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 2820 5.08 %
Rwork0.1978 --
obs0.1999 55563 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.69 Å2 / Biso mean: 13.6611 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→58.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5776 0 122 359 6257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7858146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9492258
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.13-2.16670.34741440.32292624276899
2.1667-2.20620.39021400.32782596273699
2.2062-2.24860.34721260.34232654278099
2.2486-2.29450.37371290.33162625275499
2.2945-2.34440.33581280.270826422770100
2.3444-2.39890.30341400.241926192759100
2.3989-2.45890.2951410.240826382779100
2.4589-2.52540.28481380.242226712809100
2.5254-2.59970.2591460.223826402786100
2.5997-2.68360.28941470.223726312778100
2.6836-2.77950.27031730.22162597277099
2.7795-2.89080.25141610.21482612277399
2.8908-3.02240.26081120.22092638275099
3.0224-3.18170.27261460.21822656280299
3.1817-3.3810.29361340.20452618275299
3.381-3.6420.2121490.1842652280199
3.642-4.00850.21551340.16522636277099
4.0085-4.58830.16031390.13992643278299
4.5883-5.780.19051470.15682653280099
5.78-58.69890.20141460.17352698284499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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