PDB-7but: N-terminal domain (NTD) Solution structure of aciniform spidroin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7but

タイトル

N-terminal domain (NTD) Solution structure of aciniform spidroin (AcSpN) from Nephila antipodiana.

要素

Aciniform Spidroin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / N-terminal domain / spidroin

生物種

Nephila antipodiana (クモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Fan, J.S. / Yang, D.W.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Oligomerization of N-Terminal Domain of Spider Aciniform Silk Protein.
著者: Chakraborty, R. / Fan, J.S. / Lai, C.C. / Raghuvamsi, P.V. / Chee, P.X. / Anand, G.S. / Yang, D.

履歴

登録	2020年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7but.cif.gz	817.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7but.ent.gz	693.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7but.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7but_validation.pdf.gz	537 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7but_full_validation.pdf.gz	722.2 KB	表示
XML形式データ	7but_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	7but_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7but ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7but	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jhg-d 4jhh-d 2zyc-d 1p3r-2 7jjc-3 3r42-d 6kxt-d 4gy9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36341N-terminal domain (NTD) Solution structure of aciniform spidroin (AcSpN) from Nephila antipodiana.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aciniform Spidroin

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Aciniform Spidroin 分子量: 15318.378 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nephila antipodiana (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NTD, 95% H2O/5% D2O / Label: CN_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: NTD / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 500 mM / Ionic strength err: 1 / Label: con_1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.53	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
X-PLOR NIH	2.53	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
Sparky		Goddard	peak picking
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)