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- PDB-7bu9: Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bu9
タイトルCrystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex
要素
  • H3(K4me3-K9me2) peptide
  • Spindlin-1
キーワードGENE REGULATION / Spin/Ssty repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / meiotic cell cycle / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Wnt signaling pathway / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / spindle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / nuclear membrane / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.2 / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.502 Å
データ登録者Zhao, F. / Li, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753203, 31725014 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for histone H3 "K4me3-K9me3/2" methylation pattern readout by Spindlin1.
著者: Zhao, F. / Liu, Y. / Su, X. / Lee, J.E. / Song, Y. / Wang, D. / Ge, K. / Gao, J. / Zhang, M.Q. / Li, H.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
B: H3(K4me3-K9me2) peptide
C: Spindlin-1
D: H3(K4me3-K9me2) peptide
E: Spindlin-1
F: H3(K4me3-K9me2) peptide
G: Spindlin-1
H: H3(K4me3-K9me2) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7738
ポリマ－106,7738
非ポリマー00
水00
1
A: Spindlin-1
B: H3(K4me3-K9me2) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6932
ポリマ－26,6932
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
2
C: Spindlin-1
D: H3(K4me3-K9me2) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6932
ポリマ－26,6932
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
3
E: Spindlin-1
F: H3(K4me3-K9me2) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6932
ポリマ－26,6932
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
4
G: Spindlin-1
H: H3(K4me3-K9me2) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6932
ポリマ－26,6932
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.471, 143.783, 129.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25058.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: タンパク質・ペプチド
H3(K4me3-K9me2) peptide / Histone H3/m / Histone H3/o


分子量: 1634.923 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71DI3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.54 % / Mosaicity: 1.212 ° / Mosaicity esd: 0.013 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 3.6M sodium formate, 3% DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 18492 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.095 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 64751
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.563.60.499300.8120.3040.5780.51599.9
3.56-3.633.60.3919470.8820.2420.4610.53299.9
3.63-3.693.60.2939550.9610.180.3450.57599.8
3.69-3.773.60.3138980.9150.1920.3680.64399.9
3.77-3.853.60.3219040.9080.20.3790.62100
3.85-3.943.60.2789460.9140.1720.3280.6899.6
3.94-4.043.60.2069460.9650.1260.2420.77598.9
4.04-4.153.60.2228960.9390.1370.2620.90499.3
4.15-4.273.60.1829160.9640.1130.2151.12199.6
4.27-4.413.50.1629310.9640.1010.1911.33299.1
4.41-4.573.50.1529280.9610.0950.181.31698.5
4.57-4.753.50.1598820.9590.0990.1881.38998.5
4.75-4.973.50.1449460.9580.090.171.36198.5
4.97-5.233.40.1519090.9530.0970.1811.39498.2
5.23-5.553.20.1559150.9390.1030.1871.1997.8
5.55-5.982.90.1298810.9720.0910.1591.18993.6
5.98-6.583.50.1159210.980.0730.1371.18898.1
6.58-7.533.70.1129280.9870.0670.131.187100
7.53-9.483.60.0919450.990.0560.1071.54799.8
9.48-503.40.0689680.9960.0430.0812.60799.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NS2

2ns2


解像度: 3.502→48.074 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 875 4.74 %
Rwork0.2457 17582 -
obs0.2466 18457 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 227.84 Å2 / Biso mean: 80.3457 Å2 / Biso min: 26.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.502→48.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6911 0 0 0 6911
残基数----854
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.502-3.7210.31231400.3041294799
3.721-4.00820.29471340.26222973100
4.0082-4.41130.21361500.2349289499
4.4113-5.04910.25291480.2134293498
5.0491-6.3590.25571510.2429283197
6.359-48.0740.28291520.24613003100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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