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- PDB-7bu8: Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bu8
タイトルCryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5
要素
  • Genome polyprotein
  • SIgN-3C Fab heavy chain
  • SIgN-3C Fab light chain
  • Zika virus M protein
キーワードVIRUS / Zika virus / antibody / neutralization
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus envelope glycoprotein M-like / Monooxygenase - #260 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Photosystem II protein D1 ...Flavivirus envelope glycoprotein M-like / Monooxygenase - #260 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Photosystem II protein D1 / Monooxygenase / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem q(B) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhang, S. / Chew, S.V. / Lim, X.N. / Ng, T.S. / Kostyuchenko, V.A. / Lok, S.M.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: A Human Antibody Neutralizes Different Flaviviruses by Using Different Mechanisms.
著者: Shuijun Zhang / Thomas Loy / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Shyn-Yun Valerie Chew / Ter Yong Tan / Meihui Xu / Victor A Kostyuchenko / Farhana Tukijan / Jian Shi / Katja Fink / Shee-Mei Lok /
要旨: Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs ...Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs crosslink E protein dimers at extracellular pH 8.0 condition and also when further incubated at acidic endosomal conditions (pH 8.0-6.5). We observe Fab binding to DENV (pH 8.0-5.0) prevents virus fusion, and the number of bound Fabs increase (from 120 to 180). For ZIKV, although there are already 180 copies of Fab at pH 8.0, virus structural changes at pH 5.0 are not inhibited. The immunoglobulin G (IgG):DENV structure at pH 8.0 shows both Fab arms bind to epitopes around the 2-fold vertex. On ZIKV, an additional Fab around the 5-fold vertex at pH 8.0 suggests one IgG arm would engage with an epitope, although the other may bind to other viruses, causing aggregation. For DENV2 at pH 5.0, a similar scenario would occur, suggesting DENV2:IgG complex would aggregate in the endosome. Hence, a single antibody employs different neutralization mechanisms against different flaviviruses.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30192
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30192
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Zika virus M protein
B: Genome polyprotein
E: Zika virus M protein
F: Zika virus M protein
G: SIgN-3C Fab heavy chain
I: SIgN-3C Fab light chain
H: SIgN-3C Fab heavy chain
L: SIgN-3C Fab light chain
J: SIgN-3C Fab heavy chain
K: SIgN-3C Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,33015
ポリマ－267,66612
非ポリマー6643
水00
1
A: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Zika virus M protein
B: Genome polyprotein
E: Zika virus M protein
F: Zika virus M protein
G: SIgN-3C Fab heavy chain
I: SIgN-3C Fab light chain
H: SIgN-3C Fab heavy chain
L: SIgN-3C Fab light chain
J: SIgN-3C Fab heavy chain
K: SIgN-3C Fab light chain
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,099,784900
ポリマ－16,059,967720
非ポリマー39,817180
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Zika virus M protein
B: Genome polyprotein
E: Zika virus M protein
F: Zika virus M protein
G: SIgN-3C Fab heavy chain
I: SIgN-3C Fab light chain
H: SIgN-3C Fab heavy chain
L: SIgN-3C Fab light chain
J: SIgN-3C Fab heavy chain
K: SIgN-3C Fab light chain
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.34 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,341,64975
ポリマ－1,338,33160
非ポリマー3,31815
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Zika virus M protein
B: Genome polyprotein
E: Zika virus M protein
F: Zika virus M protein
G: SIgN-3C Fab heavy chain
I: SIgN-3C Fab light chain
H: SIgN-3C Fab heavy chain
L: SIgN-3C Fab light chain
J: SIgN-3C Fab heavy chain
K: SIgN-3C Fab light chain
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.61 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,609,97890
ポリマ－1,605,99772
非ポリマー3,98218
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 54444.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
参照: UniProt: A0A024B7W1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Zika virus M protein


分子量: 8496.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 / 参照: UniProt: A0A024B7W1*PLUS
#3: 抗体 SIgN-3C Fab heavy chain


分子量: 14448.958 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 SIgN-3C Fab light chain


分子量: 11832.145 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of Zika virus with SIgN-3C FabCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Zika virusCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3SIgN-3C FabCOMPLEX#3-#41NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)2043570
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293-6E
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16300 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00819238
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.39126107
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.75411300
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.072925
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0093320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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