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- PDB-7bu7: Structure of human beta1 adrenergic receptor bound to BI-167107 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bu7
タイトルStructure of human beta1 adrenergic receptor bound to BI-167107 and nanobody 6B9
要素
  • Endolysin,Endolysin,Beta-1 adrenergic receptor chimera
  • camelid antibody fragment
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein coupled receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate / CHOLESTEROL / Chem-P0G / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Camelidae mixed library (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xu, X. / Kaindl, J. / Clark, M. / Hubner, H. / Hirata, K. / Sunahara, R. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K. / Liu, X.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2021
タイトル: Binding pathway determines norepinephrine selectivity for the human beta 1 AR over beta 2 AR.
著者: Xu, X. / Kaindl, J. / Clark, M.J. / Hubner, H. / Hirata, K. / Sunahara, R.K. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K. / Liu, X.
履歴
登録2020年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin,Endolysin,Beta-1 adrenergic receptor chimera
B: camelid antibody fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,50816
ポリマ－71,6462
非ポリマー2,86214
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area28060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)377.980, 66.220, 47.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.883, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Endolysin,Endolysin,Beta-1 adrenergic receptor chimera / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 57625.109 Da / 分子数: 1 / 変異: C944T,C987A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: e, T4Tp126, ADRB1, ADRB1R, B1AR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 抗体 camelid antibody fragment


分子量: 14020.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae mixed library (哺乳類)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 8種, 37分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#6: 化合物 ChemComp-1WV / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate


分子量: 300.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-P0G / 8-[(1R)-2-{[1,1-dimethyl-2-(2-methylphenyl)ethyl]amino}-1-hydroxyethyl]-5-hydroxy-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one


分子量: 370.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細THE GENEBANK ENTRY NP_000675 IS A REFERENCE SEQUENCE FOR THE RESIDUES FROM 171TH to 462TH OF CHAIN A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM HEPES, pH 7.5, 100-175mM (NH4)2SO4, 38-43% PEG400, 0.15M-0.2M Glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35466 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.64 % / Biso Wilson estimate: 65.99 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 4.66
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3325 / CC1/2: 0.451 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4lde

4lde


解像度: 2.6→19.98 Å / SU ML: 0.3931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5599
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1994 5.66 %
Rwork0.2435 33265 -
obs0.245 35259 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4463 0 181 25 4669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01654738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19086435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2077734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.786666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.33461200.30622097X-RAY DIFFRACTION83.88
2.67-2.740.36471380.32672097X-RAY DIFFRACTION88.1
2.74-2.820.36091300.32972291X-RAY DIFFRACTION90.91
2.82-2.910.35551420.31742255X-RAY DIFFRACTION93.78
2.91-3.010.3161390.30822383X-RAY DIFFRACTION96.52
3.01-3.130.32181420.28692406X-RAY DIFFRACTION98.91
3.13-3.270.30251420.28552427X-RAY DIFFRACTION99.38
3.27-3.450.2941530.26172450X-RAY DIFFRACTION99.54
3.45-3.660.25311510.24552444X-RAY DIFFRACTION99.85
3.66-3.940.28651530.2252451X-RAY DIFFRACTION99.73
3.94-4.330.22711440.22182482X-RAY DIFFRACTION99.92
4.33-4.950.26251470.22422438X-RAY DIFFRACTION99.58
4.95-6.20.28611440.252498X-RAY DIFFRACTION99.55
6.21-19.980.21471490.20072546X-RAY DIFFRACTION99.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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