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万見
- PDB-4lde: Structure of beta2 adrenoceptor bound to BI167107 and an engineer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lde
タイトルStructure of beta2 adrenoceptor bound to BI167107 and an engineered nanobody
要素
  • Camelid Antibody Fragment
  • Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE / G protein coupled receptor / MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / endosome to lysosome transport / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / brown fat cell differentiation / intercellular bridge / viral release from host cell by cytolysis / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / mitotic spindle / lysozyme / lysozyme activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / early endosome / lysosome / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of MAPK cascade / endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / ciliary basal body / defense response to bacterium / cilium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate / Chem-P0G / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Ring, A.M. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Enos, M.D. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
著者: Ring, A.M. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Enos, M.D. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
B: Camelid Antibody Fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1145
ポリマ－66,4202
非ポリマー6943
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.670, 66.480, 303.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor / Endolysin / Lysis protein / Muramidase / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 53471.039 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 29-348 with a deletion of residues 235-263
変異: C918T, C962A, M1096T, M1098T, N1157E, C1265A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ADRB2, E, ADRB2R, B2AR / プラスミド: pVL1392 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00720, UniProt: P07550, lysozyme
#2: 抗体 Camelid Antibody Fragment


分子量: 12949.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Engineered fragment / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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非ポリマー , 4種, 87分子

#3: 化合物 ChemComp-P0G / 8-[(1R)-2-{[1,1-dimethyl-2-(2-methylphenyl)ethyl]amino}-1-hydroxyethyl]-5-hydroxy-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one


分子量: 370.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N2O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-1WV / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate


分子量: 300.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.2-6.7, 40-100 mM ammonium phosphate dibasic, 18-24% PEG400, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→38.4 Å / Num. obs: 25028 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1953 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1241)精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P0G

3p0g


解像度: 2.79→38.4 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2559 1255 5.01 %RANDOM
Rwork0.2269 ---
obs0.2284 25028 95.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 43 84 4614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7256298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2191624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003783
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.89740.41261130.3682125X-RAY DIFFRACTION79
2.8974-3.02920.30741300.31582483X-RAY DIFFRACTION93
3.0292-3.18880.30851410.28532680X-RAY DIFFRACTION98
3.1888-3.38850.27781420.26222669X-RAY DIFFRACTION98
3.3885-3.64990.29461420.23982701X-RAY DIFFRACTION99
3.6499-4.01690.23961430.20522720X-RAY DIFFRACTION99
4.0169-4.59730.22231470.18442745X-RAY DIFFRACTION99
4.5973-5.7890.22661440.20692740X-RAY DIFFRACTION98
5.789-38.42380.23341530.20712910X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.58454.17140.98585.16560.56882.21860.10560.1973-0.14770.36080.05590.05380.16060.1057-0.13940.40180.0312-0.00440.2411-0.01440.4333-16.0036-29.6026-77.6145
22.43860.36460.04471.5743-1.03393.82380.0209-0.35380.02080.0289-0.03620.0340.0471-0.21270.00050.35170.0010.02240.4847-0.05560.2475-4.2045-13.9949-39.3775
31.441-0.3224-1.6451.88551.39265.59090.0075-0.29030.01550.1620.11930.13630.0896-0.3307-0.12110.3812-0.0304-0.06211.1486-0.01060.4178-1.2821-17.45031.8354
48.6225-1.28-3.48381.6358-0.31366.5781-0.2924-0.4328-0.28520.5865-0.2638-0.24670.28260.27130.56670.51710.0187-0.11210.9639-0.06580.44098.1521-15.9804-0.2069
52.3539-1.0458-1.35072.11110.48464.8988-0.3274-0.43140.24690.41230.1307-0.12480.0759-0.21010.20640.42090.0224-0.09481.0532-0.07690.4754-2.041-15.7061.1698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 858 through 1023 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1024 through 1342 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 52 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 53 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 77 through 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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