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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bts | ||||||
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タイトル | Structure of human beta1 adrenergic receptor bound to epinephrine and nanobody 6B9 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / G protein coupled receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) Homo sapiens (ヒト) Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, X. / Kaindl, J. / Clark, M. / Hubner, H. / Hirata, K. / Sunahara, R. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K. / Liu, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2021 タイトル: Binding pathway determines norepinephrine selectivity for the human beta 1 AR over beta 2 AR. 著者: Xu, X. / Kaindl, J. / Clark, M.J. / Hubner, H. / Hirata, K. / Sunahara, R.K. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K. / Liu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bts.cif.gz | 141.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bts.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bts.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bts_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bts_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bts_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bts_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7bts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7bts | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52235.879 Da / 分子数: 1 / 変異: C944T,C987A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chain A 1261 Cys to Chain A 1314 LEU are truncated region. 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: e, T4Tp126, ADRB1, ADRB1R, B1AR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme |
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#2: 抗体 | 分子量: 12949.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-非ポリマー , 6種, 11分子
#3: 化合物 | ChemComp-ALE / | ||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-EPE / | #7: 化合物 | ChemComp-CLR / | #8: 化合物 | ChemComp-1WV / ( | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | THE GENEBANK ENTRY NP_000675 IS A REFERENCE SEQUENCE FOR THE RESIDUES FROM 171TH to 462TH OF CHAIN A. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 80-180 mM Sodium Sulfate, 38-42% PEG400 or PEG300, 10mM epinephrine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日 |
放射 | モノクロメーター: liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 20331 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 74.88 Å2 / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 5.59 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 897 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 58.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LDE 解像度: 3.13→19.98 Å / SU ML: 0.429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9635 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.13→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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