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- PDB-7btc: Crystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7btc
タイトルCrystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GDP
要素GTP-binding protein Rheb
キーワードSIGNALING PROTEIN / mTORC1 / small GTPase / Rheb
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type B pancreatic cell development / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Macroautophagy / protein kinase activator activity / oligodendrocyte differentiation ...regulation of type B pancreatic cell development / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Macroautophagy / protein kinase activator activity / oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of TOR signaling / endomembrane system / regulation of macroautophagy / cellular response to nutrient levels / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Metabolic Genes / spliceosomal complex / GDP binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / postsynaptic density / regulation of cell cycle / lysosomal membrane / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein Rheb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Zhang, C. / Zhang, T. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870722 中国
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the functions of dominantly active Y35N and inactive D60K Rheb mutants in mTORC1 signaling.
著者: Zhang, C. / Liu, Y. / Zhang, Y. / Wang, X. / Zhang, T. / Ding, J.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein Rheb
B: GTP-binding protein Rheb
C: GTP-binding protein Rheb
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1728
ポリマ－80,4004
非ポリマー1,7734
水4,486249
1
A: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5432
ポリマ－20,1001
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8350 Å2
手法PISA
2
B: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5432
ポリマ－20,1001
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA
3
C: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5432
ポリマ－20,1001
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
4
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5432
ポリマ－20,1001
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.426, 78.656, 117.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
GTP-binding protein Rheb / Ras homolog enriched in brain


分子量: 20099.895 Da / 分子数: 4 / 断片: GTPase domain / 変異: Y35N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHEB, RHEB2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15382
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 0.10% n-Octyl-beta-D-glucoside: 0.1 M Sodium citrate tribasic, pH 5.5: 22% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 41416 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 34.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.67 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 524442
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.149.70.57219980.9020.1820.6020.44997.7
2.14-2.1810.70.52820320.930.1630.5540.45499.5
2.18-2.2211.60.47920290.9580.1430.5010.463100
2.22-2.26120.44420400.9670.1320.4640.469100
2.26-2.3111.90.39720550.9760.1190.4140.478100
2.31-2.3713.20.35820450.980.1010.3720.479100
2.37-2.4213.70.33120440.9840.0920.3430.501100
2.42-2.4913.70.2820410.9860.0780.2910.504100
2.49-2.5613.50.23920420.9880.0670.2480.539100
2.56-2.6513.30.2220600.9830.0620.2290.536100
2.65-2.7412.80.20120490.9910.0580.2090.557100
2.74-2.8512.40.1720650.9930.050.1780.582100
2.85-2.9813.70.14720690.9930.0410.1530.646100
2.98-3.1413.60.12720920.9950.0350.1310.703100
3.14-3.3313.50.1120700.9960.0310.1140.803100
3.33-3.5912.70.09320820.9970.0270.0970.901100
3.59-3.9513.10.08420810.9970.0240.0881.03100
3.95-4.5213.50.07821120.9980.0220.0811.139100
4.52-5.712.30.07221410.9980.0210.0761.034100
5.7-5012.20.06622690.9990.020.0690.945100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTQ

1xtq


解像度: 2.101→39.328 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1991 4.82 %1
Rwork0.1866 39274 --
obs0.1888 41265 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.74 Å2 / Biso mean: 45.5736 Å2 / Biso min: 16.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→39.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5216 0 112 249 5577
Biso mean--36.28 43.14 -
残基数----662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9827325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9563242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.101-2.15350.28151380.2306271998
2.1535-2.21170.26741350.2162775100
2.2117-2.27680.26671350.20912762100
2.2768-2.35030.30291460.19652761100
2.3503-2.43420.25351460.2042783100
2.4342-2.53170.25771560.19612785100
2.5317-2.64690.29231060.2032807100
2.6469-2.78640.27531180.21172824100
2.7864-2.96090.27261610.20912780100
2.9609-3.18950.26371770.2042779100
3.1895-3.51020.2481380.18262834100
3.5102-4.01770.19391570.16112821100
4.0177-5.06020.1661480.15472882100
5.0602-39.3280.23971300.1911296298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1303-0.6789-0.99166.8035-0.85566.32120.2980.4087-0.1568-0.2391-0.22010.3886-0.3878-0.32-0.07830.20590.04-0.06830.3517-0.00110.2317-4.509-57.926-1.738
22.10084.1192.11986.22710.13822.4939-0.82370.39180.7846-1.371-0.16920.4387-1.2627-0.73911.01361.0490.1726-0.21690.93440.09960.5302-13.27-55.7276.864
32.8631-6.10747.16346.903-7.70352.48360.21860.0108-0.2232-0.7737-0.0905-0.08920.4015-0.4384-0.08380.36270.0982-0.00750.4887-0.04610.31432.771-62.587-1.488
47.4554-2.51-0.01283.8736-1.14435.45310.10650.1726-0.029-0.15160.02430.7856-0.8236-1.6112-0.11660.52250.25160.0310.76820.00960.3514-8.351-46.526-9.101
56.41391.43640.95915.95340.06467.2757-0.1706-0.14910.79260.08680.0091-0.0549-1.45630.03250.06030.60640.0506-0.01260.3615-0.02390.2746-14.062-56.823-11.444
62.17428.8744-7.95298.8058-7.33596.41870.9328-1.01320.38951.4156-0.8004-0.1019-1.51430.2932-0.18290.69090.1291-0.02570.5196-0.10790.3991-13.555-55.893-20.201
75.16630.2788-0.62529.5131-4.85786.631-0.1550.161-0.0969-0.0577-0.1108-0.5074-0.2560.54970.27560.2188-0.0177-0.05030.4124-0.05480.2215-6.213-63.488-10.265
85.509-3.05212.64846.6448-1.05973.5922-0.0696-0.1241-0.04010.31450.2173-0.5130.0346-0.1247-0.17850.2197-0.0475-0.02140.1828-0.06380.2005-36.579-52.06-28.241
95.03464.20663.45337.12862.87297.07030.1132-1.18110.67230.7127-0.32570.8604-0.8478-1.6590.21960.51230.14820.03160.7837-0.04790.4302-38.134-44.008-36.844
107.8786-1.09040.79037.50255.40527.7287-0.286-0.4927-0.31160.5258-0.12290.1587-0.3006-0.33940.27070.3247-0.017-0.09580.27370.05710.2711-31.905-58.554-30.855
116.6465-8.0294-5.57442.23712.06152.2433-0.1286-0.61930.07630.33970.1002-0.060.08020.2115-0.15270.3289-0.0481-0.01610.3046-0.05540.3706-31.945-61.807-26.661
127.5302-0.7674-2.65033.841.61356.64470.08530.22552.23880.1559-0.196-0.7876-1.2274-0.141-0.03160.8807-0.0075-0.18490.3853-0.00650.7343-52.452-48.113-23.996
137.4725-2.4532-2.82883.8062-0.18994.02490.093-0.79521.3756-0.061-0.0673-0.7346-0.6110.49650.02890.3765-0.03030.03580.21-0.01630.3704-42.588-51.267-22.12
142.17144.0542-6.51923.3082-2.4216.13690.06590.21411.7155-0.05050.2240.465-0.665-0.2578-0.31220.43120.0486-0.01660.19990.01440.325-48.056-46.06-16.528
157.58698.2262-4.8478.665-4.72493.7033-0.6657-0.2237-0.1167-0.8910.2507-0.37520.56350.12850.15630.3373-0.0096-0.02750.25570.05190.2519-40.294-54.01-15.648
164.4409-3.01473.07412.1537-2.36632.0673-0.0915-0.4297-0.459-0.00190.07220.46380.4049-1.03450.1250.359-0.03320.00360.44860.05770.3178-33.027-33.313-21.239
179.69578.3615-4.82617.5006-4.89822.1105-0.06990.5161-0.2634-0.341-0.0003-0.1007-0.0351-0.13070.11120.33540.0151-0.04720.27350.04210.2312-36.936-42.89-9.686
181.84133.007-1.74596.5825-6.08836.9632-0.31310.0901-0.1738-0.56940.2992-0.11750.7244-0.60820.11870.301-0.0396-0.05980.19240.04450.2725-31.458-44.413-19.829
196.55112.3242-5.04852.5343-4.33759.7906-0.29190.235-0.7986-0.9018-0.0698-0.5420.644-0.07260.33330.3546-0.01250.02530.1667-0.02610.326-29.461-54.597-20.002
204.0962.3721-0.72024.6487-0.60393.55280.1889-0.0916-0.33450.0557-0.1136-0.26910.42870.0834-0.08960.26630.0509-0.0350.1815-0.00360.184.3807-50.0536-30.8243
212.131.15880.30542.4842-0.15586.8282-0.2346-0.63570.13730.96480.0793-0.2538-0.13020.55670.17360.47130.0331-0.09250.2647-0.0360.37715.2074-41.2974-21.9911
222.95432.41211.73496.15982.22463.16750.4008-0.3367-0.83230.841-0.135-0.47990.9599-0.0901-0.21190.46260.05540.06480.3040.04430.37391.0209-58.1102-30.677
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245.5008-7.1466-1.37362.08993.89779.75750.3354-0.0880.3047-0.71020.215-0.7718-0.17931.0688-0.41740.2421-0.04020.10730.32360.00180.351815.1937-40.6655-41.818
258.6074-7.2674-3.26099.43971.66774.0283-0.10650.4526-0.5160.2794-0.0075-0.50951.07740.9268-0.0190.47930.1536-0.01520.4711-0.12320.422810.3593-51.7761-43.2653
263.12790.2273-2.40952.3890.00946.36550.06650.22520.0056-0.1122-0.06020.1957-0.0419-0.25480.00560.1480.0187-0.05430.18860.01750.1843-0.0891-42.8603-40.9255
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289.96660.50483.32238.44197.66479.9037-0.48370.85210.0402-1.58760.4299-0.2296-0.75210.60940.08010.3912-0.12520.00430.4128-0.04320.2066-19.3201-56.3731-59.066
296.3253-7.61233.84412.1067-1.21486.7096-0.51921.59030.642-0.5209-0.63750.8399-2.07910.81430.98090.9327-0.2052-0.16870.7221-0.09580.7399-18.3097-57.8684-65.5646
307.80350.12362.881910.04862.42878.49050.0761-0.3499-0.3559-0.319-0.45561.15250.6181-1.86480.29090.6583-0.1962-0.08820.9153-0.22490.4627-32.3737-64.2391-58.9323
319.73833.0748-0.83957.45581.79252.2059-0.9228-0.35951.36950.15090.13250.6179-1.9853-1.2440.67350.95210.1216-0.25160.79780.02050.5444-27.2013-44.4518-53.5007
328.9588-4.1247-3.26954.01970.90568.3917-0.27520.21760.6061-0.1871-0.046-0.0162-1.0567-0.72440.34070.51510.0137-0.1110.2982-0.08170.2659-21.5296-48.5319-47.5113
332.2039-2.6097-5.11653.66492.70749.0246-0.62030.9997-0.68310.3393-0.15940.5730.43-1.53520.88580.4416-0.10060.03440.5994-0.12390.3216-23.1935-56.1461-47.2749
347.498-0.1875-0.99092.11191.0222.0488-0.74670.7169-0.6588-0.53820.0571-0.38140.13071.35970.42940.4308-0.09270.02960.4751-0.05590.3392-5.2469-56.8129-48.578
357.1711-1.9302-0.38574.26020.99269.5818-0.301-0.4125-0.14390.34370.08290.00280.2193-0.44320.23210.3354-0.0429-0.00020.1966-0.02650.2192-17.7868-58.7144-43.6938
362.1933-2.8312-8.343.3711.48142.2952-0.57850.38-1.24830.4987-0.2410.22411.3599-1.32530.73530.5862-0.201-0.01550.732-0.19970.4471-27.7237-65.5029-49.4645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 28 )A3 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 40 )A29 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 60 )A41 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 61 through 107 )A61 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 108 through 130 )A108 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 131 through 141 )A131 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 142 through 170 )A142 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 28 )B3 - 28
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 29 through 40 )B29 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 41 through 49 )B41 - 49
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 50 through 60 )B50 - 60
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 61 through 72 )B61 - 72
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 73 through 89 )B73 - 89
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 90 through 107 )B90 - 107
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 108 through 119 )B108 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 120 through 130 )B120 - 130
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 131 through 141 )B131 - 141
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 142 through 152 )B142 - 152
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 153 through 170 )B153 - 170
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 2 through 28 )C2 - 28
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 29 through 40 )C29 - 40
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 41 through 60 )C41 - 60
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 61 through 89 )C61 - 89
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 90 through 105 )C90 - 105
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 106 through 119 )C106 - 119
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 120 through 170 )C120 - 170
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 4 through 13 )D4 - 13
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 14 through 27 )D14 - 27
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 28 through 40 )D28 - 40
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 41 through 60 )D41 - 60
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 61 through 79 )D61 - 79
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 80 through 107 )D80 - 107
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 108 through 123 )D108 - 123
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 124 through 130 )D124 - 130
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 131 through 152 )D131 - 152
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 153 through 171 )D153 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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