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- PDB-7brn: Crystal structure of Atg40 AIM fused to Atg8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7brn
タイトルCrystal structure of Atg40 AIM fused to Atg8
要素Autophagy-related protein 40,Autophagy-related protein 8
キーワードMEMBRANE PROTEIN / autophagy / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


Cvt vesicle membrane / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / cortical endoplasmic reticulum ...Cvt vesicle membrane / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / cortical endoplasmic reticulum / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / cellular response to nitrogen starvation / protein-containing complex localization / phosphatidylethanolamine binding / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / reticulophagy / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / regulation of macroautophagy / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondrial membrane / autophagy / protein tag activity / protein-macromolecule adaptor activity / membrane => GO:0016020 / membrane fusion / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-EPINEPHRINE / Autophagy-related protein 8 / Autophagy-related protein 40
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.231 Å
データ登録者Yamasaki, A. / Noda, N.N.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K18339 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05707 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR13M7 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Super-assembly of ER-phagy receptor Atg40 induces local ER remodeling at contacts with forming autophagosomal membranes.
著者: Mochida, K. / Yamasaki, A. / Matoba, K. / Kirisako, H. / Noda, N.N. / Nakatogawa, H.
履歴
登録2020年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 40,Autophagy-related protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8964
ポリマ－15,5891
非ポリマー3073
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.729, 74.729, 57.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 40,Autophagy-related protein 8


分子量: 15588.764 Da / 分子数: 1 / 変異: K26P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c
遺伝子: ATG40, YOR152C, O3536, ATG8, APG8, AUT7, CVT5, YBL078C, YBL0732
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99325, UniProt: P38182
#2: 化合物 ChemComp-ALE / L-EPINEPHRINE / ADRENALINE / エピネフリン


分子量: 183.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13NO3 / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5, 8% Ethylene glycol, 0.04% Cortisone, 0.04% Epinephrine, 0.04% Protoporphyrin disodium salt, 0.04% Pyridoxine, 0.04% Thymidine monophosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.231→42.813 Å / Num. obs: 9229 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 36.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.04754 / Rrim(I) all: 0.1486 / Net I/σ(I): 13.78
反射 シェル解像度: 2.231→2.311 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5954 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 900 / CC1/2: 0.953 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.2354 / Rrim(I) all: 0.6415 / % possible all: 97.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZPN

2zpn


解像度: 2.231→42.813 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 462 5.01 %
Rwork0.203 8767 -
obs0.2039 9229 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.18 Å2 / Biso mean: 46.5041 Å2 / Biso min: 19.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.231→42.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1076 0 46 42 1164
Biso mean--60.14 44.72 -
残基数----133
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2314-2.55430.31591500.2632285699
2.5543-3.2180.23571530.22062900100
3.218-42.8130.19321590.18263011100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.64620.11581.8223.5438-1.36896.50150.0826-0.6527-0.0585-0.24230.3002-0.0095-0.30420.1137-0.38570.3598-0.01880.03350.40930.02180.2261-34.1568-22.873411.8344
27.11670.6651-1.85588.63094.51693.0325-0.0036-0.29360.2905-0.9809-0.5014-0.8139-0.59911.62430.39640.61930.0398-0.00870.82310.11160.6539-19.0548-28.636611.9045
35.5404-2.78314.39974.0763-3.89195.3879-0.07020.513-0.0875-0.0487-0.1527-0.23570.09830.69990.18280.31380.03530.02840.3971-0.06390.2467-26.6427-22.4084-11.5748
44.4761-0.38324.41183.77891.10624.9172-0.62370.13170.33280.14890.0136-0.1636-0.90470.28560.62330.4149-0.0557-0.02710.30580.01380.2554-29.8847-12.3824-8.1708
54.1872-0.4253-1.05345.77382.161.1673-0.1511-0.3020.0020.0190.086-0.3108-0.39570.12390.13260.3924-0.0624-0.0140.33950.00740.2537-29.0313-13.04050.6664
63.88680.64-0.74453.4449-1.81976.21450.1121-0.30470.40010.7312-0.1391-0.045-0.76130.59290.03690.7671-0.1039-0.07140.3258-0.0270.3673-26.6397-5.59384.0189
76.67720.53212.40522.60212.91764.0143-0.00090.03820.3801-0.2948-0.1961-0.3417-0.80730.94940.12690.4554-0.13460.0560.57170.03150.3183-21.2898-9.9994-11.7507
83.8036-1.77351.32612.4912-0.51490.54740.1206-1.18340.10060.9967-0.0348-0.4959-0.60890.9943-0.21330.7202-0.1374-0.15010.7084-0.05320.3002-21.4996-12.70425.5804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 11 )A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 19 )A12 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 20 through 42 )A20 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 53 )A43 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 54 through 74 )A54 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 75 through 108 )A75 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 109 through 122 )A109 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 123 through 133 )A123 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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