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- PDB-7brt: Crystal structure of Sec62 LIR fused to GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7brt
タイトルCrystal structure of Sec62 LIR fused to GABARAP
要素Translocation protein SEC62,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / autophagy / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / cotranslational protein targeting to membrane / regulation of Rac protein signal transduction / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex ...positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / cotranslational protein targeting to membrane / regulation of Rac protein signal transduction / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / smooth endoplasmic reticulum / protein targeting / mitophagy / rough endoplasmic reticulum / sperm midpiece / autophagosome / GABA-ergic synapse / microtubule cytoskeleton organization / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / signaling receptor activity / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translocation protein Sec62 / Translocation protein Sec62 / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Translocation protein SEC62
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Yamasaki, A. / Noda, N.N.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K18339 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05707 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR13M7 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Super-assembly of ER-phagy receptor Atg40 induces local ER remodeling at contacts with forming autophagosomal membranes.
著者: Mochida, K. / Yamasaki, A. / Matoba, K. / Kirisako, H. / Noda, N.N. / Nakatogawa, H.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocation protein SEC62,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Translocation protein SEC62,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7842
ポリマ－31,7842
非ポリマー00
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15810 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.887, 42.889, 144.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...
21(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...AA1 - 21 - 2
12ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...AA4 - 414 - 41
13TYRTYRLEULEU(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...AA43 - 6243 - 62
14LYSLYSALAALA(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...AA65 - 9065 - 90
15ASPASPGLYGLY(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...AA92 - 11092 - 110
16LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...AA112 - 114112 - 114
17HISHISGLYGLY(chain A and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...AA116 - 134116 - 134
21GLYGLYPROPRO(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...BB1 - 21 - 2
22ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...BB4 - 414 - 41
23TYRTYRLEULEU(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...BB43 - 6243 - 62
24LYSLYSALAALA(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...BB65 - 9065 - 90
25ASPASPGLYGLY(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...BB92 - 11092 - 110
26LEULEUGLNGLN(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...BB112 - 114112 - 114
27HISHISGLYGLY(chain B and (resid 1:2 or resid 4:41 or resid...BB116 - 134116 - 134

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要素

#1: タンパク質 Translocation protein SEC62,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Translocation protein 1 / hTP-1 / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 15891.984 Da / 分子数: 2 / 変異: T367D,F3S,V4T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC62, GABARAP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99442, UniProt: O95166
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 1.999→41.105 Å / Num. obs: 18735 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1638 / Rpim(I) all: 0.06913 / Rrim(I) all: 0.1781 / Net I/σ(I): 9.27
反射 シェル解像度: 1.999→2.071 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 1782 / CC1/2: 0.759 / CC star: 0.929 / Rpim(I) all: 0.06913 / Rrim(I) all: 0.1781 / % possible all: 98.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2450精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIXdev_2450位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GNU

1gnu


解像度: 1.999→41.105 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 16.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1836 936 5 %
Rwork0.1656 --
obs0.1663 18735 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.52 Å2 / Biso mean: 31.0739 Å2 / Biso min: 7.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→41.105 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2172 0 0 291 2463
Biso mean---34.55 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9063013
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6941345
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1203X-RAY DIFFRACTION8.245TORSIONAL
12B1203X-RAY DIFFRACTION8.245TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0003-2.05910.25551410.24422699284094
2.0591-2.12550.25461450.22592739288495
2.1255-2.20140.24641440.21472725286995
2.2014-2.28940.22491430.21632719286295
2.2894-2.39350.21941470.21142766291395
2.3935-2.51950.2511420.19412787292995
2.5195-2.67710.18171430.17832724286795
2.6771-2.88330.18241460.17912725287195
2.8833-3.17260.16841400.15352701284195
3.1726-3.62970.14491390.12792753289295
3.6297-4.56550.14331500.10862704285494
4.5655-21.21080.18441460.1652756290295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.94740.5616-0.50443.9323-0.44485.9154-0.00290.00970.0261-0.11050.1186-0.5996-0.88430.95740.00680.5479-0.17660.02650.6465-0.0230.058414.150951.091938.5193
21.642-0.1311-1.65020.79931.86765.6704-0.2543-0.0005-0.32340.42020.313-0.07360.85120.349-0.01850.420.0576-0.02050.31230.02020.12265.300640.151420.7838
32.24242.8176-1.76423.6917-1.89312.3584-0.1827-0.5951-0.44670.4964-0.2193-0.55590.4220.5759-0.15010.3930.1844-0.09130.64860.06390.148321.147241.13117.434
42.2087-0.2685-0.33290.8387-0.07621.7848-0.188-0.2609-0.2161-0.10480.1272-0.13160.2562-0.04340.08310.327-0.01780.0060.32810.0250.104611.387943.39775.3943
50.6475-0.386-0.85773.3092-0.47711.50240.10090.5604-0.1066-0.0060.1929-0.18530.266-0.0538-0.26460.25750.01830.00120.3768-0.02090.10767.688747.8374-2.1829
61.9356-0.7958-0.04751.7949-0.45643.2055-0.004-0.1195-0.03520.09270.0117-0.00710.0975-0.1534-0.0250.2784-0.02690.02380.3329-0.04060.08024.728747.70578.3517
75.5399-0.8796-0.35278.18-6.61786.8039-0.3282-0.4860.46530.66240.3851-0.5633-0.11760.1187-0.04820.4147-0.0193-0.03410.3312-0.04510.2197-2.399867.3561-2.3042
84.48372.0572-3.19098.0439-4.96994.0944-0.3107-0.30760.08780.6699-0.0154-0.0802-0.4569-0.35280.09070.3001-0.03510.01020.4287-0.01540.1132-6.712855.08238.5688
92.3105-0.7249-0.16176.5927-0.50971.4566-0.66040.1359-0.186-0.30680.30960.95680.3396-0.2181-0.05090.35840.041-0.10540.6154-0.10110.1388-18.460561.640120.2027
102.97534.30374.44346.32426.2996.7087-0.62970.12840.3624-0.85190.31890.4846-1.1280.34090.30830.51510.0175-0.14630.4548-0.00140.2483-12.669874.95219.0151
112.59271.482-1.04323.7764-2.92813.9259-0.1450.57770.2180.37330.31540.0711-0.64420.0307-0.11280.3483-0.0071-0.02590.3208-0.01190.1147-8.666669.395728.1428
120.5733-0.28810.58592.0414-0.14210.7724-0.00390.0208-0.05850.12150.020.0871-0.2084-0.0631-0.0050.34580.0333-0.00320.36-0.00630.0878-6.427260.026432.3637
130.55950.08450.14581.29690.52820.23720.09380.26920.0693-0.5060.0580.3095-0.02540.09010.02890.34420.0651-0.03140.3755-0.0390.1018-9.607964.156321.79
140.971-0.9462-2.12621.37063.28557.9319-0.73230.12730.0845-0.49240.40840.12660.3568-0.4710.18670.3224-0.07940.00160.32560.00620.1438-9.883247.92528.2208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 9 )A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 28 )A10 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 42 )A29 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 74 )A43 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 86 )A75 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 87 through 134 )A87 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 9 )B1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 10 through 17 )B10 - 17
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 18 through 28 )B18 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 29 through 42 )B29 - 42
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 43 through 53 )B43 - 53
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 54 through 116 )B54 - 116
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 117 through 128 )B117 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 129 through 134 )B129 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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