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万見
- PDB-7bpl: Solution NMR structure of NF1; de novo designed protein with a no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bpl
タイトルSolution NMR structure of NF1; de novo designed protein with a novel fold
要素NF1
キーワードDE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kobayashi, N. / Sugiki, T. / Fujiwara, T. / Minami, S. / Koga, R. / Chikenji, G. / Koga, N.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06152 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05420 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101072 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H05592 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03166 日本
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Exploration of novel alpha-beta-protein folds through de novo design
著者: Minami, S. / Kobayashi, N. / Sugiki, T. / Nagashima, T. / Fujiwara, T. / Koga, R. / Chikenji, G. / Koga, N.
履歴
登録2020年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5251
ポリマ－12,5251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6870 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NF1


分子量: 12525.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY aliphatic
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY aromatic
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1121isotropic22D IPAP-HSQC
1132anisotropic22D IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NF1, 50 mM sodium chloride, 5.6 mM sodium phosphate, 1.1 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2ONF195% H2O/5% D2O
solution20.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NF1, 50 mM sodium chloride, 5.6 mM sodium phosphate, 1.1 mM potassium phosphate, 12 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O/5% D2ONF1_phage95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMNF1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
5.6 mMsodium phosphatenatural abundance1
1.1 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.2 mMNF1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
5.6 mMsodium phosphatenatural abundance2
1.1 mMpotassium phosphatenatural abundance2
12 mg/mLPf1 phagenatural abundance2
試料状態イオン強度: 57 mM / Label: NF1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III800.13391
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
NMRPipe2012Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
MAGRO2.01.29Kobayashi, N.peak picking
NMRView9Johnson, One Moon Scientificデータ解析
MAGRO2.01.14Kobayashi, N.データ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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