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- PDB-7bot: Human SIRT2 in complex with myristoyl thiourea inhibitor, No.23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bot
タイトルHuman SIRT2 in complex with myristoyl thiourea inhibitor, No.23
要素
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
  • myristoyl thiourea inhibitor, No.23
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / NAD-dependent deacetylase / deacylase / inhibitor complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / peptidyl-lysine deacetylation ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / peptidyl-lysine deacetylation / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / regulation of phosphorylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / chromatin silencing complex / meiotic spindle / protein lysine deacetylase activity / response to redox state / regulation of myelination / positive regulation of DNA binding / histone deacetylase activity / histone acetyltransferase binding / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of cell division / NAD+ binding / glial cell projection / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / lipid catabolic process / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / centriole / negative regulation of autophagy / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / negative regulation of protein catabolic process / autophagy / spindle / histone deacetylase binding / mitotic spindle / heterochromatin formation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelin sheath / chromosome / growth cone / midbody / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to hypoxia / perikaryon / microtubule / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / innate immune response / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
myristoyl thiourea inhibitor, No. 23 / N-dodecylmethanethioamide / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kudo, N. / Olsen, C.A. / Minoru, Y.
資金援助 日本, デンマーク, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05640 日本
LundbeckfondenR289-2018-2074 デンマーク
The Carlsberg Foundation2013-01-0333, CF15-011, and CF18-0442 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNF17OC002946 デンマーク
European Research Council (ERC)ERC-CoG-725172 デンマーク
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Mechanism-based inhibitors of SIRT2: structure-activity relationship, X-ray structures, target engagement, regulation of alpha-tubulin acetylation and inhibition of breast cancer cell migration.
著者: Nielsen, A.L. / Rajabi, N. / Kudo, N. / Lundo, K. / Moreno-Yruela, C. / Baek, M. / Fontenas, M. / Lucidi, A. / Madsen, A.S. / Yoshida, M. / Olsen, C.A.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
B: myristoyl thiourea inhibitor, No.23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0184
ポリマ－33,7232
非ポリマー2952
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: enzyme assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.830, 65.494, 114.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 33201.223 Da / 分子数: 1 / 断片: residues52-356, lacking292-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXJ6, protein acetyllysine N-acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド myristoyl thiourea inhibitor, No.23


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 521.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The whole inhibitor comprises the peptide and the linked ligand F4R.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: myristoyl thiourea inhibitor, No. 23
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-F4R / N-dodecylmethanethioamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 229.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H27NS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: myristoyl thiourea inhibitor, No. 23
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15M Potassium bromide, 30% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→20 Å / Num. obs: 40773 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.54→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.953 / Num. unique obs: 39028 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y6L

4y6l


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.068 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3196 1527 5 %RANDOM
Rwork0.2508 ---
obs0.2541 29045 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.97 Å2 / Biso mean: 52.484 Å2 / Biso min: 23.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---2.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2206 0 53 106 2365
Biso mean--79.6 45.47 -
残基数----277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0122305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.6633100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7945272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69221.754114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22815406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1651515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021719
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 110 -
Rwork0.301 2087 -
all-2197 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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