[日本語] English
万見
- PDB-7boa: A hexameric de novo coiled-coil assembly: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe). -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7boa
タイトルA hexameric de novo coiled-coil assembly: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe).
要素CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
キーワードDE NOVO PROTEIN / Coiled coil / synthetic peptide / homomeric assembly / tyrosine-tyrosine interactions
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Martin, F.J.O. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)340764European Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2021
タイトル: How Coiled-Coil Assemblies Accommodate Multiple Aromatic Residues.
著者: Rhys, G.G. / Dawson, W.M. / Beesley, J.L. / Martin, F.J.O. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2021年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
B: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
C: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
D: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
E: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
F: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
G: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
H: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8878
ポリマ－28,8878
非ポリマー00
水5,459303
1
A: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
B: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
C: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
D: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4434
ポリマ－14,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
F: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
G: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)
H: CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4434
ポリマ－14,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.707, 75.608, 88.123
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21H
12B
22H
13C
23H
14D
24H
15E
25H
16F
26H
17G
27H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 30 / Label seq-ID: 3 - 31

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21HH
12BB
22HH
13CC
23HH
14DD
24HH
15EE
25HH
16FF
26HH
17GG
27HH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Type2-(YaFd)4-W19(BrPhe)


分子量: 3610.858 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: After 1:1 dilution with the peptide solution, the resulting conditions were 0.1 M Ammonium sulphate, 0.05 M Sodium acetate and 5% w/v PEG 2000 monomethyl ether.

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91991 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→75.57 Å / Num. obs: 33544 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 22.97 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible allCC star
7.38-75.5711.10.04821.545710.0150.0599.9
1.65-1.6913.61.9681.124420.7920.5482.041000.952

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
xia20.5.898-g5f4e2fb3-dials-1.14データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALS1.14.9-g0c59d74b8-releaseデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→57.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 6.393 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1710 5.1 %RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.2224 31729 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.75 Å2 / Biso mean: 34.793 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2--2.27 Å20 Å2
3----3.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→57.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 0 303 2335
Biso mean---43.15 -
残基数----250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0181887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.6792858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg11.5141.5934374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.4255232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04223.583127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04815336
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02559
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A27150.17
12H27150.17
21B28270.12
22H28270.12
31C27280.15
32H27280.15
41D29190.09
42H29190.09
51E28900.11
52H28900.11
61F28370.12
62H28370.12
71G28210.12
72H28210.12
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 142 -
Rwork0.381 2270 -
all-2412 -
obs--99.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06410.20342.18921.20850.284912.9355-0.03710.02370.0667-0.0476-0.04080.0772-0.3167-0.61940.07790.0360.03290.0020.0528-0.00780.031215.44513.67565.713
21.7630.08841.63532.21320.708311.93240.06520.049-0.0919-0.21010.00230.18330.4272-0.6648-0.06750.0539-0.0366-0.01840.0601-0.0180.083914.8422.13463.082
31.5108-0.50070.74312.5836-0.702614.5864-0.02910.0284-0.0756-0.0673-0.0317-0.04640.56930.55510.06080.04460.0311-0.01170.03130.01150.086824.4941.92464.844
42.661-0.68812.5661.9632-0.468913.38640.02850.18010.0014-0.1949-0.0552-0.1361-0.38420.6220.02670.0475-0.01720.0160.03230.00460.035624.30713.38161.995
52.22880.28191.32794.2808-1.503314.945-0.37870.07930.3530.20520.0859-0.1772-0.66990.66070.29280.0882-0.0255-0.07260.03620.00240.09335.084-6.16765.059
62.27910.20352.50053.3071-3.364417.2322-0.22550.1592-0.01760.01340.2345-0.19580.41510.3879-0.0090.070.018-0.00720.0473-0.01470.04935.102-15.23562.174
71.7918-0.41830.49472.12411.359513.4305-0.1967-0.1889-0.06590.19130.04870.11860.4854-0.48790.14790.05220.00130.02670.04050.00220.0595-6.16-15.39565.695
82.49640.55051.95713.19892.111416.2655-0.3604-0.09890.25390.09880.12710.2413-0.7024-0.52340.23330.08720.0497-0.03820.0404-0.01610.1015-6.573-6.20763.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る