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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bmv | ||||||
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タイトル | p62PH in cesium chloride (0.25 M CsCl in protein buffer and cryo protectant) | ||||||
![]() | RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit-like protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Cesium / Phasing / Pleckstrin homology domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription by RNA polymerase I / nucleotide-excision repair / transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koelmel, W. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cesium based phasing of macromolecules: a general easy to use approach for solving the phase problem. 著者: Koelmel, W. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 980.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 980.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15184.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0001260 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.6 M potassium chloride, 15 % (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.7712 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→42.27 Å / Num. obs: 12135 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 23.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 21.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.18 Å2 / Biso mean: 43.584 Å2 / Biso min: 24.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→42.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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