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万見
- PDB-7bju: Crystal structure of the ligand-binding domains of the heterodime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bju
タイトルCrystal structure of the ligand-binding domains of the heterodimer EcR/USP bound to the synthetic agonist BYI08346
要素
  • Ecdysone Receptor
  • Ultraspiracle Protein
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / Ligand-Binding Domain / Ecdysone receptor / dibenzoylhydrazine
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor ...Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-834 / Chem-EPH / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Protein ultraspiracle homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Browning, C. / McEwen, A.G. / Billas, I.M.L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: J Pestic Sci / 年: 2021
タイトル: Nonsteroidal ecdysone receptor agonists use a water channel for binding to the ecdysone receptor complex EcR/USP.
著者: Browning, C. / McEwen, A.G. / Mori, K. / Yokoi, T. / Moras, D. / Nakagawa, Y. / Billas, I.M.L.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ultraspiracle Protein
D: Ecdysone Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0588
ポリマ－60,2722
非ポリマー1,7876
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.875, 147.875, 59.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Ultraspiracle Protein


分子量: 29951.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-Binding Domain / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 遺伝子: B5V51_5554 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A4K9Z3
#2: タンパク質 Ecdysone Receptor


分子量: 30319.781 Da / 分子数: 1 / Mutation: W303Y, A316S, L456S, C483S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-Binding Domain / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 94分子

#3: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-834 / N-[2-(2-chlorophenyl)-4-methyl-5-(1-methylethyl)-1H-imidazol-1-yl]-5-methyl-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-6-carboxamide / N-(2-(2-chlorophenyl)-5-isopropyl-4-methyl-1H-imidazol-1-yl)-5-methyl-2,3-dihyrobenzo[b][1,4]dioxine-6-carboxamide


分子量: 425.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24ClN3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 1000, 10% PEG 8000, 0.3M MgCl2, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→48.4 Å / Num. obs: 17798 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.952 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 1738 / % possible all: 99.94

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIXdev 3951精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R20

1r20


解像度: 2.85→48.4 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 939 5.28 %
Rwork0.1827 16855 -
obs0.1849 17794 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 211.91 Å2 / Biso mean: 63.7195 Å2 / Biso min: 24.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 122 88 4020
Biso mean--67.63 52.23 -
残基数----479
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.85-30.2831520.228623472499
3-3.190.26331490.219123582507
3.19-3.430.28741460.199923622508
3.43-3.780.20471480.179723802528
3.78-4.330.2011200.151924362556
4.33-5.450.20591030.168924602563
5.45-48.40.22861210.190925122633
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.086-2.67181.46513.389-1.86841.0278-0.1013-0.8762-0.28111.06220.68040.75180.31430.15540.22480.4770.02560.07460.5772-0.06190.3256-9.533560.862650.375
21.023-0.836-0.10451.87641.31521.680.1431-0.3581.0401-0.566-0.08550.5795-0.6935-0.22471.2740.3923-0.1327-0.27680.54960.00040.6789-26.578860.848427.4841
31.8828-0.2156-0.22231.1106-0.98920.61110.008-0.262-0.08020.08730.00730.29210.1036-0.18780.00010.2429-0.0105-0.01310.3811-0.04050.3591-17.298259.81133.6789
42.6032-0.41282.14131.6670.69562.4041-0.4155-0.5163-0.4969-0.684-0.55960.67860.5511-0.3251-0.14490.60260.00240.16830.4018-0.0150.858-12.424435.06430.1697
52.61470.77680.02532.0612-0.21112.55790.0155-0.2013-0.39320.0988-0.017-0.08940.2176-0.0704-00.23160.0121-0.01270.30810.00210.3467-5.914153.724136.3666
62.99431.26060.66111.61870.04930.7977-0.2264-0.09770.1909-0.13570.11830.3494-0.0984-0.254-0.00030.30280.0182-0.02160.3463-0.00630.3716-14.150660.651130.5876
70.89540.61-0.63762.2768-1.60236.0586-0.35770.308-0.2350.2538-0.2833-1.3657-1.571-0.1859-0.66580.4890.21260.06110.67270.0870.848624.697654.828733.1807
80.0064-0.1273-0.02972.0490.56940.1504-0.38520.921-0.7930.73261.2114-1.3206-1.0172-0.2393-0.06291.27620.08420.32731.6515-0.21050.891723.552364.36839.7233
90.7320.53390.32711.0433-0.60441.4903-0.08290.6981-0.2154-0.32390.0351-0.73410.32130.74790.12470.5208-0.0050.17320.7168-0.06870.392212.902656.878214.5818
104.44093.90820.1213.54550.84313.4854-0.4190.57861.2382-1.3908-0.01110.9655-1.8286-0.1606-1.12761.0207-0.2474-0.10210.6530.24090.311310.070375.645413.7574
110.6750.2260.43890.8419-0.96111.7589-0.02530.21270.1038-0.4677-0.12010.0911-0.14930.1715-0.00020.3627-0.012-0.00220.3495-0.05860.41658.465762.116725.0993
121.38070.18040.17770.42130.37281.17540.2609-0.8238-0.91480.7674-0.3067-0.71790.84520.2667-0.280.44710.0113-0.04520.54170.05220.653714.772551.729236.6342
131.7067-0.5-0.93540.93610.11850.502-0.46660.35450.1546-0.1733-0.1126-0.0508-0.40010.0687-0.03820.4737-0.077-0.02450.4641-0.03650.28972.158961.320923.5064
141.60761.5378-0.86451.4717-0.83060.47880.02271.3062-0.6284-1.8565-0.5555-0.0197-0.01220.6931-0.09921.17550.2038-0.00270.8963-0.10260.4954.577956.664.4779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 205 through 218 )A205 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 219 through 239 )A219 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 301 )A240 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 302 through 321 )A302 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 322 through 412 )A322 - 412
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 413 through 464 )A413 - 464
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 286 through 307 )D286 - 307
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 308 through 319 )D308 - 319
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 332 through 387 )D332 - 387
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 388 through 413 )D388 - 413
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 414 through 454 )D414 - 454
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 455 through 480 )D455 - 480
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 481 through 514 )D481 - 514
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 515 through 528 )D515 - 528

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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