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Yorodumi- PDB-5cyf: Crystal structure of isoform 2 of uridine phosphorylase from Schi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cyf | ||||||
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Title | Crystal structure of isoform 2 of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with citrate | ||||||
Components | Putative uridine phosphorylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleotide catabolic process / nucleoside metabolic process / catalytic activity / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schistosoma mansoni (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.983 Å | ||||||
Authors | Romanello, L. / Torini, J.R. / DeMarco, R. / Pereira, H.M. | ||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: Biochimie / Year: 2016 Title: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function. Authors: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cyf.cif.gz | 351 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cyf.ent.gz | 286.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cyf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cyf_validation.pdf.gz | 463.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cyf_full_validation.pdf.gz | 468.7 KB | Display | |
Data in XML | 5cyf_validation.xml.gz | 37.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5cyf_validation.cif.gz | 54.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4txhC 4txjC 4txlC 4txmC 4txnC 5cygC 3eueS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32742.711 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schistosoma mansoni (invertebrata) / Gene: Smp_082420 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G4VGH9, uridine phosphorylase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 16% PEG4000, 20% isopropanol, 100 sodium citrate tribasic pH 5.6 PH range: 5.2-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.458 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 9, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.458 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.983→97.454 Å / Num. all: 74612 / Num. obs: 74612 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 28.23 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.107 / Rsym value: 0.095 / Net I/av σ(I): 5.652 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 338455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EUE Resolution: 1.983→31.77 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.983→31.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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