PDB-4txj: Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma manso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4txj

タイトル

Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with thymidine

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Uridine phosphorylase thymidine

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process / nucleotide catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.662 Å

データ登録者

Torini, J. / Marinho, A. / Romanello, L. / Cassago, A. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2016
タイトル: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function.
著者: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2014年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4txj.cif.gz	468.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4txj.ent.gz	382.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4txj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4txhC 4txlC 4txmC 4txnC 5cyfC 5cygC 3eueS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4txl-1 6une-d 4y23-d 3nbq-1 6daa-d 3nbq-2 4txn-2 7lal-1 2xhg-d 4zf6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.820, 108.080, 116.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase 分子量: 32649.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_082430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4VGI0, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジンタイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1075 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200mM Ammonium suphate, 100mM Bis-Tris pH5.5, 20-25% Peg3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9611 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9611 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.66→79.09 Å / Num. obs: 141838 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	Rejects	% possible all
1.66-1.7	4.5	0.593	2.1	1	0	100
7.43-79.09	4.1	0.074		1	0	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
GDA		データ収集
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EUE

3eue

解像度: 1.662→79.09 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2109	7110	5.02 %	Random selection
R_work	0.1859	134639	-	-
obs	0.1871	141749	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.92 Å² / B_iso mean: 14.026 Å² / B_iso min: 3.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.662→79.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8966	0	88	1075	10129
B_iso mean	-	-	13.45	27.23	-
残基数	-	-	-	-	1158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	12563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.27	1452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.171	3357

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.662-1.6806	0.3053	241	0.2404	4487	4728	100
1.6806-1.7004	0.2382	230	0.223	4423	4653	100
1.7004-1.7211	0.2406	239	0.2211	4448	4687	100
1.7211-1.7429	0.2659	202	0.2208	4506	4708	100
1.7429-1.7658	0.2328	227	0.2145	4452	4679	100
1.7658-1.79	0.2394	254	0.2067	4411	4665	100
1.79-1.8156	0.2428	227	0.1955	4465	4692	100
1.8156-1.8427	0.2453	267	0.1975	4431	4698	100
1.8427-1.8715	0.2228	261	0.1939	4441	4702	100
1.8715-1.9022	0.238	247	0.1876	4421	4668	100
1.9022-1.935	0.214	225	0.1845	4481	4706	100
1.935-1.9702	0.2106	245	0.1798	4435	4680	100
1.9702-2.0081	0.2003	241	0.1775	4481	4722	100
2.0081-2.049	0.2338	221	0.1843	4447	4668	100
2.049-2.0936	0.2067	225	0.1762	4499	4724	100
2.0936-2.1423	0.2199	217	0.1741	4457	4674	100
2.1423-2.1959	0.1828	231	0.1675	4492	4723	100
2.1959-2.2553	0.1954	240	0.1676	4483	4723	100
2.2553-2.3216	0.1979	219	0.1761	4487	4706	100
2.3216-2.3966	0.2019	266	0.1812	4481	4747	100
2.3966-2.4822	0.185	225	0.1743	4487	4712	100
2.4822-2.5816	0.2224	222	0.1791	4515	4737	100
2.5816-2.6991	0.2023	236	0.1862	4492	4728	100
2.6991-2.8414	0.214	233	0.1871	4514	4747	100
2.8414-3.0195	0.2075	250	0.1847	4472	4722	100
3.0195-3.2526	0.2025	238	0.1851	4526	4764	100
3.2526-3.5799	0.2114	232	0.1788	4520	4752	99
3.5799-4.0979	0.1975	229	0.1755	4566	4795	99
4.0979-5.1628	0.1866	276	0.1766	4564	4840	99
5.1628-79.1846	0.2256	244	0.2107	4755	4999	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5632	0.7576	-0.2788	1.0025	-0.41	1.3182	-0.011	0.2292	0.0568	-0.1192	0.0247	0.2046	-0.0436	-0.244	-0.0314	0.1014	0.0241	-0.0206	0.0993	-0.0301	0.1107	-36.9586	23.066	-18.0013
2	0.6893	0.0924	0.043	1.1448	-0.0782	0.6448	-0.0289	0.1079	-0.0374	-0.0789	0.0325	-0.0069	0.0037	0.0094	0.0008	0.0687	0.009	-0.0063	0.0783	-0.0211	0.0617	-21.512	19.1626	-15.2533
3	0.5301	-0.1179	-0.0677	0.6551	-0.2318	0.9904	-0.0097	-0.016	-0.06	-0.0287	-0.0127	-0.0962	0.0742	0.1166	0.0214	0.064	0.0162	-0.0001	0.0897	-0.0187	0.1058	-11.2329	14.7373	-9.5666
4	1.989	-0.1106	-0.2111	0.8676	0.2152	1.4592	-0.0479	-0.149	0.1267	0.065	0.0338	-0.0757	-0.0365	0.0986	-0.0131	0.0956	-0.0024	-0.0275	0.0576	-0.0143	0.0905	-21.3729	20.8344	14.3061
5	0.8435	0.1541	0.0408	0.5827	0.0621	0.7314	-0.0129	-0.0515	-0.0442	0.0578	-0.0277	0.0396	0.0559	-0.0799	0.0396	0.0717	-0.0019	0.0122	0.0621	-0.0074	0.09	-36.3284	9.5285	6.5854
6	4.0886	-2.7441	-0.5689	6.3588	1.8169	2.1632	-0.0431	0.2663	-0.3494	0.1071	0.087	0.2335	0.4879	0.011	-0.0161	0.2887	-0.0426	-0.0796	0.173	0.0006	0.159	14.6205	-35.0736	-0.7837
7	0.531	0.4435	-0.4288	1.6804	-0.1888	1.0002	0.1195	0.0991	-0.0901	-0.1426	0.0389	0.3869	0.2469	-0.3834	-0.1137	0.1527	-0.0314	-0.0755	0.1863	0.005	0.2049	5.755	-20.01	-11.6585
8	1.7606	0.4006	1.6543	1.7925	0.9954	2.8293	0.0165	-0.1194	-0.0134	-0.0586	-0.0011	0.2754	0.0096	-0.3154	0.029	0.1053	-0.0242	-0.0494	0.1189	0.0064	0.1222	8.5219	-18.9268	-5.8651
9	0.8288	0.3706	0.0683	1.4003	-0.2809	0.7774	0.0285	0.0446	-0.0933	-0.1668	0.0576	0.0042	0.125	0.0598	-0.0865	0.1114	0.0181	-0.0138	0.1166	-0.0307	0.0892	20.8328	-16.8663	-9.1786
10	0.4703	0.2481	-0.4792	1.7732	-0.9553	1.2321	0.0606	-0.0161	-0.082	0.0058	-0.1301	-0.2735	0.2127	0.3223	0.0438	0.1344	0.0705	-0.0309	0.2367	-0.0429	0.1559	33.7631	-20.8992	-2.3951
11	1.9762	0.6055	0.7194	2.3756	1.0058	4.6034	-0.0613	0.3674	0.0541	-0.4662	0.1316	0.0369	-0.331	0.0009	-0.0873	0.162	-0.0164	0.0174	0.1978	-0.0118	0.0974	23.6985	-6.6199	-20.9345
12	0.7698	0.212	0.3341	0.7463	0.4519	1.0624	0.0417	0.0764	-0.0186	-0.0242	0.0303	-0.109	0.015	0.1802	-0.0726	0.0887	-0.0054	0.0018	0.1179	-0.0162	0.085	28.536	-4.9928	-2.7565
13	0.6446	0.4699	0.1382	1.9313	0.7189	1.9131	-0.0048	0.1771	0.0536	-0.3778	-0.0812	0.2056	-0.0504	-0.1627	0.0982	0.1297	0.0256	-0.0412	0.1698	-0.0108	0.1244	11.4798	-7.7891	-17.9107
14	0.6219	0.5011	-0.51	1.4334	-0.6179	1.3439	0.0583	-0.0482	0.1275	0.2378	0.1229	0.2606	-0.1647	-0.1448	-0.1377	0.1268	0.0409	0.0312	0.1225	0.0141	0.1356	10.6104	-0.415	15.2042
15	0.8457	0.0231	-0.0843	1.2189	-0.408	1.0954	0.0503	-0.0476	-0.0183	0.1635	0.0278	0.0075	-0.0409	0.0371	-0.0693	0.1149	-0.0009	-0.0124	0.0861	-0.0089	0.0729	20.0779	-11.6116	16.1838
16	0.8343	-0.2427	0.0188	1.0984	0.1712	1.2598	0.0112	-0.0828	-0.1296	0.0964	0.0569	0.1195	0.1517	-0.036	-0.0631	0.1444	0.0021	-0.0235	0.1109	0.0316	0.1184	16.5107	-23.9691	19.2023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 47 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 179 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 296 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 6 through 83 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 84 through 296 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 7 through 24 )	C
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 25 through 71 )	C
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 72 through 94 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 95 through 142 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 143 through 166 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 167 through 193 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 194 through 268 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 269 through 296 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 7 through 71 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 72 through 166 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 167 through 296 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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