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- PDB-4txj: Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma manso... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4txj | |||||||||
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Title | Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with thymidine | |||||||||
![]() | Uridine phosphorylase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Uridine phosphorylase thymidine | |||||||||
Function / homology | ![]() uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / UMP salvage / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Torini, J. / Marinho, A. / Romanello, L. / Cassago, A. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function. Authors: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 468.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 382.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 482.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 496.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 54.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 78.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4txhC ![]() 4txlC ![]() 4txmC ![]() 4txnC ![]() 5cyfC ![]() 5cygC ![]() 3eueS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32649.598 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-THM / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 200mM Ammonium suphate, 100mM Bis-Tris pH5.5, 20-25% Peg3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 11, 2011 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9611 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.66→79.09 Å / Num. obs: 141838 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 14.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 7 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3EUE Resolution: 1.662→79.09 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 48.92 Å2 / Biso mean: 14.026 Å2 / Biso min: 3.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.662→79.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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