PDB-4txn: Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma manso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4txn

タイトル

Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with 5-fluorouracil

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Uridine phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyuridine phosphorylase activity / uridine catabolic process / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Marinho, A. / Torini, J. / Romanello, L. / Cassago, A. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2016
タイトル: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function.
著者: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2014年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4txn.ent.gz	379.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4txn_validation.pdf.gz	470 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4txn_full_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示
XML形式データ	4txn_validation.xml.gz	56 KB	表示
CIF形式データ	4txn_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4txhC 4txjSC 4txlC 4txmC 5cyfC 5cygC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4txl-1 4txl-2 3whr-d 4txh-2 4txm-d 2xr7-d 4ott-d 3a75-2 6dab-d 2e1u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.643, 107.488, 115.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase 分子量: 32649.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_082430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4VGI0, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL / 5-FU 分子量: 130.077 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃FN₂O₂ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200mM ammonium sulphate, 100mM Bis-tris pH 5.5, 20-25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 80105 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge F obs: 0.177 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 0.928 / Net I/σ(I): 11.61 / Num. measured all: 306780

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.12		0.684	0.539	2.41	44454	12909	12190	0.63	94.4
2.12-2.26		0.451	0.364	3.71	45924	12171	12079	0.424	99.2
2.26-2.44		0.326	0.269	5.07	43604	11368	11294	0.312	99.3
2.44-2.68		0.234	0.193	6.99	40827	10508	10450	0.224	99.4
2.68-2.99		0.153	0.129	10.23	37214	9528	9496	0.15	99.7
2.99-3.44		0.082	0.076	16.82	32981	8455	8425	0.088	99.6
3.44-4.2		0.047	0.047	26.27	27791	7206	7165	0.054	99.4
4.2-5.88		0.034	0.036	31.1	21618	5677	5637	0.042	99.3
	5.88	0.023	0.027	36.66	12367	3431	3369	0.031	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TXJ

4txj

解像度: 2→29.016 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2065	4005	5 %	Random selection
R_work	0.1715	76074	-	-
obs	0.1732	80079	98.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.25 Å² / B_iso mean: 22.385 Å² / B_iso min: 7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→29.016 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8648	0	56	1291	9995
B_iso mean	-	-	15.3	33.16	-
残基数	-	-	-	-	1153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8889
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.865	12048
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	1408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.603	3084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0215	0.2708	107	0.2351	2017	X-RAY DIFFRACTION	78
2.0215-2.0461	0.2441	135	0.2103	2568	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0461-2.072	0.2493	138	0.2074	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.072-2.0993	0.2482	137	0.1982	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0993-2.128	0.2063	137	0.1937	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.128-2.1584	0.2474	137	0.1933	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1584-2.1906	0.2568	137	0.1806	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1906-2.2248	0.2257	139	0.1774	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2248-2.2613	0.2201	136	0.1785	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2613-2.3003	0.2359	138	0.1747	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3003-2.3421	0.2333	139	0.1714	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3421-2.3871	0.226	139	0.1691	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3871-2.4358	0.2125	137	0.1651	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4358-2.4887	0.2136	137	0.1719	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4887-2.5466	0.2101	139	0.1637	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5466-2.6102	0.2125	138	0.1773	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6102-2.6808	0.233	140	0.1758	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6808-2.7596	0.2171	139	0.1733	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7596-2.8486	0.2246	138	0.181	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8486-2.9503	0.2133	141	0.1721	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9503-3.0683	0.1946	140	0.1687	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0683-3.2078	0.2029	138	0.167	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2078-3.3767	0.1949	140	0.1678	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3767-3.5879	0.1749	142	0.1557	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5879-3.8643	0.1946	141	0.1494	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8643-4.2521	0.1852	140	0.1467	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2521-4.8649	0.1508	142	0.1428	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8649-6.1198	0.2272	144	0.1768	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1198-29.0191	0.1995	150	0.1933	2851	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.119	-0.3519	0.3614	1.4922	-0.7402	1.5785	0.0225	0.0432	-0.113	-0.2249	0.1225	0.1978	0.2099	-0.1618	-0.1156	0.1799	-0.0332	-0.0211	0.163	-0.0047	0.1617	-35.6122	0.3958	-14.7125
2	2.2282	0.0924	0.6841	1.5898	0.3885	2.4088	0.1083	-0.2096	-0.1494	-0.1074	0.0876	0.4776	0.1516	-0.4462	-0.1432	0.1923	-0.0416	-0.0709	0.1914	0.0303	0.244	-43.1082	3.7128	-12.0002
3	0.6296	-0.1417	-0.195	1.2616	-0.3365	0.9341	0.0177	0.0171	0.0373	-0.2335	0.0081	0.018	0.0698	0.0891	-0.0458	0.1998	-0.0091	0.01	0.1508	-0.0059	0.1138	-26.4096	12.6404	-17.0934
4	1.5403	0.5119	0.5386	1.9544	0.4366	3.4685	-0.179	0.3475	0.107	-0.3329	0.1671	0.2334	-0.1903	-0.0542	-0.0542	0.2706	-0.036	-0.002	0.1852	0.0409	0.1619	-33.3397	22.7985	-29.7015
5	0.9336	0.0869	-0.1249	1.5776	0.1172	2.8043	0.0634	-0.0655	0.1477	0.0537	0.0337	-0.1223	-0.6003	0.4284	-0.0859	0.2834	-0.056	0.0268	0.1891	-0.0234	0.1873	-22.7059	32.7351	-8.2574
6	0.7174	-0.1354	-0.0237	1.5609	-0.2942	1.2145	0.0858	0.0117	0.0263	-0.0606	-0.0642	0.0075	0.1025	0.0964	-0.0775	0.1987	-0.0181	0.0007	0.155	-0.0011	0.1367	-25.7445	16.7782	-19.6737
7	0.9124	-0.3008	0.155	1.1371	0.1419	1.686	0.2045	0.1676	0.1884	-0.0201	-0.0295	0.1523	-0.2486	-0.3188	-0.1348	0.2387	-0.0067	0.0403	0.2187	0.0293	0.2069	-38.2673	30.906	-12.6563
8	0.8569	0.4416	0.069	2.77	0.4647	1.5722	0.0832	0.3111	-0.0751	-0.3624	0.1111	0.2163	0.1182	-0.1397	-0.107	0.2822	-0.011	-0.0971	0.2495	0.0483	0.2065	-42.5711	12.6035	-29.3715
9	1.2845	0.3357	0.0266	2.203	-0.6257	1.384	0.0799	-0.0502	0.1079	-0.0185	-0.0047	0.2503	-0.2002	-0.255	-0.0864	0.1916	0.0505	0.0419	0.1965	-0.0221	0.1959	-39.4751	23.9765	7.0926
10	0.6002	0.0362	0.1606	1.3621	-0.0337	0.6702	-0.0087	-0.0045	0.0883	0.0995	0.0582	-0.0384	-0.1414	0.1347	-0.0778	0.1653	-0.0154	0.019	0.1779	-0.0318	0.1304	-25.5185	18.1784	7.4176
11	1.7892	-0.6726	-0.8719	1.9374	1.1329	4.059	-0.193	-0.3103	-0.0864	0.4964	0.1524	-0.0095	0.3201	-0.1271	0.105	0.2336	0.0424	-0.0151	0.2871	-0.0169	0.1263	-24.1398	6.5103	20.7415
12	0.5003	-0.24	-0.2349	1.1886	0.3302	0.9704	0.0844	-0.0582	0.0112	-0.0239	-0.0288	-0.1258	-0.0532	0.1357	-0.0622	0.1372	0.0079	0.0026	0.174	-0.0189	0.1374	-19.3929	5.1135	2.7866
13	1.5343	-1.5031	-1.0273	4.7644	2.9138	4.2286	0.0295	-0.2219	0.0174	0.3876	0.0602	-0.0665	-0.025	0.0251	-0.0123	0.1883	-0.0253	0.0312	0.2064	-0.0033	0.1171	-35.5762	7.1953	17.3977
14	3.2927	-0.8969	-1.6027	3.8116	1.0988	3.9505	-0.0824	-0.1757	0.2167	0.5625	-0.1046	0.2005	0.1346	-0.293	0.1585	0.1529	-0.0141	-0.0196	0.1774	-0.0046	0.2144	-89.9821	-17.6006	16.2412
15	0.7446	-0.1537	0.1315	0.7513	0.0067	0.6061	-0.0243	-0.0596	0.0376	0.0683	0.0311	0.0277	0.0514	-0.0057	-0.0023	0.137	-0.0197	0.0047	0.131	-0.0252	0.1069	-72.2891	-20.216	14.7601
16	1.8804	-0.3135	0.4197	2.1825	-0.9774	2.9884	0.0302	-0.2969	0.0345	0.1777	-0.0688	-0.2766	0.2544	0.1951	0.0099	0.1902	-0.0335	-0.0212	0.2048	-0.031	0.175	-54.2519	-19.0553	20.8228
17	0.6394	0.0587	-0.0763	0.8141	-0.3068	1.1691	0.0371	-0.0194	0.0766	0.0492	-0.0547	-0.0538	-0.0995	0.1227	0.0257	0.0984	-0.0119	-0.0056	0.1352	-0.0193	0.1322	-59.8707	-14.1405	8.961
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20	2.2907	0.7232	0.6522	1.8088	0.557	2.7809	-0.0011	0.1119	-0.3538	0.0544	0.0262	-0.0067	0.3631	-0.0177	-0.0809	0.1528	0.0243	0.0327	0.1002	-0.0138	0.1722	-75.9734	-26.6845	-13.0984
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25	3.1823	-0.4515	-1.2843	0.5951	0.6359	1.3237	-0.0923	-0.0888	0.0833	-0.0246	0.0578	-0.0254	0.0095	0.0608	0.0416	0.1258	0.0037	-0.018	0.0991	-0.004	0.1388	-80.1643	-4.9081	-6.6744
26	0.4769	0.1223	-0.1471	0.5606	-0.1032	0.8832	-0.0096	-0.0762	0.0062	-0.0952	-0.0504	0.1314	-0.0012	-0.1061	0.0551	0.1166	0.0105	-0.0144	0.1401	-0.0269	0.1615	-89.6664	-12.3125	-2.223
27	2.224	-0.3914	-1.5503	0.9989	-0.1603	3.791	-0.0367	0.1978	-0.0877	-0.2943	-0.0074	0.0766	0.1723	-0.277	0.0437	0.1747	-0.0307	-0.0239	0.1718	-0.0402	0.1576	-88.3392	-21.1027	-15.8109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 61 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 83 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 166 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 167 through 193 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 225 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 226 through 255 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 256 through 277 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 278 through 296 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 8 through 79 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 80 through 166 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 167 through 193 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 194 through 268 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 269 through 295 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 7 through 24 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 25 through 166 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 167 through 193 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 194 through 296 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 7 through 24 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 25 through 47 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 48 through 83 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 84 through 142 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 143 through 166 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 167 through 193 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 194 through 226 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 227 through 245 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 246 through 268 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 269 through 296 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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