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- PDB-4txn: Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma manso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4txn
タイトルCrystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with 5-fluorouracil
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Uridine phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyuridine phosphorylase activity / uridine catabolic process / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase, eukaryotic / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-FLUOROURACIL / Uridine phosphorylase A
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Marinho, A. / Torini, J. / Romanello, L. / Cassago, A. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/14223-9 ブラジル
引用ジャーナル: Biochimie / : 2016
タイトル: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function.
著者: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D.
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年5月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,50312
ポリマ-130,5984
非ポリマー9058
23,2571291
1
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7516
ポリマ-65,2992
非ポリマー4524
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
2
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7516
ポリマ-65,2992
非ポリマー4524
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.643, 107.488, 115.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 32649.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Smp_082430 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4VGI0, uridine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL / 5-FU


分子量: 130.077 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C4H3FN2O2 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1291 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200mM ammonium sulphate, 100mM Bis-tris pH 5.5, 20-25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 80105 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge F obs: 0.177 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 11.61 / Num. measured all: 306780
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.120.6840.5392.414445412909121900.6394.4
2.12-2.260.4510.3643.714592412171120790.42499.2
2.26-2.440.3260.2695.074360411368112940.31299.3
2.44-2.680.2340.1936.994082710508104500.22499.4
2.68-2.990.1530.12910.2337214952894960.1599.7
2.99-3.440.0820.07616.8232981845584250.08899.6
3.44-4.20.0470.04726.2727791720671650.05499.4
4.2-5.880.0340.03631.121618567756370.04299.3
5.880.0230.02736.6612367343133690.03198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TXJ
解像度: 2→29.016 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 4005 5 %Random selection
Rwork0.1715 76074 --
obs0.1732 80079 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.25 Å2 / Biso mean: 22.385 Å2 / Biso min: 7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8648 0 56 1291 9995
Biso mean--15.3 33.16 -
残基数----1153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86512048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6033084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02150.27081070.23512017X-RAY DIFFRACTION78
2.0215-2.04610.24411350.21032568X-RAY DIFFRACTION99
2.0461-2.0720.24931380.20742625X-RAY DIFFRACTION99
2.072-2.09930.24821370.19822598X-RAY DIFFRACTION99
2.0993-2.1280.20631370.19372616X-RAY DIFFRACTION99
2.128-2.15840.24741370.19332594X-RAY DIFFRACTION99
2.1584-2.19060.25681370.18062607X-RAY DIFFRACTION99
2.1906-2.22480.22571390.17742640X-RAY DIFFRACTION99
2.2248-2.26130.22011360.17852591X-RAY DIFFRACTION99
2.2613-2.30030.23591380.17472615X-RAY DIFFRACTION99
2.3003-2.34210.23331390.17142645X-RAY DIFFRACTION99
2.3421-2.38710.2261390.16912637X-RAY DIFFRACTION99
2.3871-2.43580.21251370.16512603X-RAY DIFFRACTION99
2.4358-2.48870.21361370.17192611X-RAY DIFFRACTION99
2.4887-2.54660.21011390.16372629X-RAY DIFFRACTION99
2.5466-2.61020.21251380.17732626X-RAY DIFFRACTION100
2.6102-2.68080.2331400.17582665X-RAY DIFFRACTION99
2.6808-2.75960.21711390.17332632X-RAY DIFFRACTION99
2.7596-2.84860.22461380.1812632X-RAY DIFFRACTION100
2.8486-2.95030.21331410.17212660X-RAY DIFFRACTION100
2.9503-3.06830.19461400.16872660X-RAY DIFFRACTION100
3.0683-3.20780.20291380.1672640X-RAY DIFFRACTION99
3.2078-3.37670.19491400.16782651X-RAY DIFFRACTION100
3.3767-3.58790.17491420.15572691X-RAY DIFFRACTION100
3.5879-3.86430.19461410.14942677X-RAY DIFFRACTION100
3.8643-4.25210.18521400.14672669X-RAY DIFFRACTION99
4.2521-4.86490.15081420.14282697X-RAY DIFFRACTION99
4.8649-6.11980.22721440.17682727X-RAY DIFFRACTION99
6.1198-29.01910.19951500.19332851X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.119-0.35190.36141.4922-0.74021.57850.02250.0432-0.113-0.22490.12250.19780.2099-0.1618-0.11560.1799-0.0332-0.02110.163-0.00470.1617-35.61220.3958-14.7125
22.22820.09240.68411.58980.38852.40880.1083-0.2096-0.1494-0.10740.08760.47760.1516-0.4462-0.14320.1923-0.0416-0.07090.19140.03030.244-43.10823.7128-12.0002
30.6296-0.1417-0.1951.2616-0.33650.93410.01770.01710.0373-0.23350.00810.0180.06980.0891-0.04580.1998-0.00910.010.1508-0.00590.1138-26.409612.6404-17.0934
41.54030.51190.53861.95440.43663.4685-0.1790.34750.107-0.33290.16710.2334-0.1903-0.0542-0.05420.2706-0.036-0.0020.18520.04090.1619-33.339722.7985-29.7015
50.93360.0869-0.12491.57760.11722.80430.0634-0.06550.14770.05370.0337-0.1223-0.60030.4284-0.08590.2834-0.0560.02680.1891-0.02340.1873-22.705932.7351-8.2574
60.7174-0.1354-0.02371.5609-0.29421.21450.08580.01170.0263-0.0606-0.06420.00750.10250.0964-0.07750.1987-0.01810.00070.155-0.00110.1367-25.744516.7782-19.6737
70.9124-0.30080.1551.13710.14191.6860.20450.16760.1884-0.0201-0.02950.1523-0.2486-0.3188-0.13480.2387-0.00670.04030.21870.02930.2069-38.267330.906-12.6563
80.85690.44160.0692.770.46471.57220.08320.3111-0.0751-0.36240.11110.21630.1182-0.1397-0.1070.2822-0.011-0.09710.24950.04830.2065-42.571112.6035-29.3715
91.28450.33570.02662.203-0.62571.3840.0799-0.05020.1079-0.0185-0.00470.2503-0.2002-0.255-0.08640.19160.05050.04190.1965-0.02210.1959-39.475123.97657.0926
100.60020.03620.16061.3621-0.03370.6702-0.0087-0.00450.08830.09950.0582-0.0384-0.14140.1347-0.07780.1653-0.01540.0190.1779-0.03180.1304-25.518518.17847.4176
111.7892-0.6726-0.87191.93741.13294.059-0.193-0.3103-0.08640.49640.1524-0.00950.3201-0.12710.1050.23360.0424-0.01510.2871-0.01690.1263-24.13986.510320.7415
120.5003-0.24-0.23491.18860.33020.97040.0844-0.05820.0112-0.0239-0.0288-0.1258-0.05320.1357-0.06220.13720.00790.00260.174-0.01890.1374-19.39295.11352.7866
131.5343-1.5031-1.02734.76442.91384.22860.0295-0.22190.01740.38760.0602-0.0665-0.0250.0251-0.01230.1883-0.02530.03120.2064-0.00330.1171-35.57627.195317.3977
143.2927-0.8969-1.60273.81161.09883.9505-0.0824-0.17570.21670.5625-0.10460.20050.1346-0.2930.15850.1529-0.0141-0.01960.1774-0.00460.2144-89.9821-17.600616.2412
150.7446-0.15370.13150.75130.00670.6061-0.0243-0.05960.03760.06830.03110.02770.0514-0.0057-0.00230.137-0.01970.00470.131-0.02520.1069-72.2891-20.21614.7601
161.8804-0.31350.41972.1825-0.97742.98840.0302-0.29690.03450.1777-0.0688-0.27660.25440.19510.00990.1902-0.0335-0.02120.2048-0.0310.175-54.2519-19.055320.8228
170.63940.0587-0.07630.8141-0.30681.16910.0371-0.01940.07660.0492-0.0547-0.0538-0.09950.12270.02570.0984-0.0119-0.00560.1352-0.01930.1322-59.8707-14.14058.961
183.47191.2315-0.83484.8229-0.96673.4582-0.11620.37120.117-0.4324-0.0652-0.4003-0.17780.5980.11910.1878-0.03370.00310.24720.0020.218-57.7847-12.3746-11.5083
191.61190.17990.57771.1409-0.18851.7152-0.10770.3487-0.1446-0.19060.0679-0.09010.03310.21620.07280.1751-0.00990.03120.1468-0.02270.1544-67.5512-19.1936-18.0527
202.29070.72320.65221.80880.5572.7809-0.00110.1119-0.35380.05440.0262-0.00670.3631-0.0177-0.08090.15280.02430.03270.1002-0.01380.1722-75.9734-26.6845-13.0984
210.7403-0.0338-0.13830.79390.3220.84110.02970.05410.0824-0.1035-0.0441-0.0228-0.0274-0.03130.02470.13590.00450.00280.11640.00330.1294-77.8071-12.039-10.5309
222.12530.01150.24950.7626-0.02040.1690.0424-0.06420.32560.1246-0.10240.0357-0.1212-0.00130.06820.20880.0046-0.00260.119-0.0140.2052-75.09092.3272-3.1406
231.3133-0.3202-0.15761.11990.02032.93850.06070.3131-0.0054-0.24550.04640.41880.2025-0.26790.02530.15250.0397-0.05660.2086-0.00660.2457-93.2883-10.2606-15.2837
240.8977-0.2746-0.28190.4151-0.54832.2833-0.1357-0.08280.0650.16670.09220.0553-0.3188-0.09770.02610.14860.0238-0.01210.161-0.03410.1956-89.3378-4.4249.4962
253.1823-0.4515-1.28430.59510.63591.3237-0.0923-0.08880.0833-0.02460.0578-0.02540.00950.06080.04160.12580.0037-0.0180.0991-0.0040.1388-80.1643-4.9081-6.6744
260.47690.1223-0.14710.5606-0.10320.8832-0.0096-0.07620.0062-0.0952-0.05040.1314-0.0012-0.10610.05510.11660.0105-0.01440.1401-0.02690.1615-89.6664-12.3125-2.223
272.224-0.3914-1.55030.9989-0.16033.791-0.03670.1978-0.0877-0.2943-0.00740.07660.1723-0.2770.04370.1747-0.0307-0.02390.1718-0.04020.1576-88.3392-21.1027-15.8109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 61 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 83 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 166 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 193 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 194 through 225 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 226 through 255 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 256 through 277 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 278 through 296 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 8 through 79 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 80 through 166 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 167 through 193 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 194 through 268 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 269 through 295 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 7 through 24 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 25 through 166 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 167 through 193 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 194 through 296 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 7 through 24 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 25 through 47 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 48 through 83 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 84 through 142 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 143 through 166 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 167 through 193 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 194 through 226 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 227 through 245 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 246 through 268 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 269 through 296 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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