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Yorodumi- PDB-4txn: Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma manso... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4txn | ||||||
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Title | Crystal structure of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with 5-fluorouracil | ||||||
Components | Uridine phosphorylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Uridine phosphorylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information uridine catabolic process / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schistosoma mansoni (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Marinho, A. / Torini, J. / Romanello, L. / Cassago, A. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. | ||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: Biochimie / Year: 2016 Title: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function. Authors: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4txn.cif.gz | 464.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4txn.ent.gz | 379.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4txn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4txn_validation.pdf.gz | 470 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4txn_full_validation.pdf.gz | 479.2 KB | Display | |
Data in XML | 4txn_validation.xml.gz | 56 KB | Display | |
Data in CIF | 4txn_validation.cif.gz | 81.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4txhC 4txjSC 4txlC 4txmC 5cyfC 5cygC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 32649.598 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schistosoma mansoni (invertebrata) / Gene: Smp_082430 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G4VGI0, uridine phosphorylase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-URF / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 200mM ammonium sulphate, 100mM Bis-tris pH 5.5, 20-25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 31, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. obs: 80105 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge F obs: 0.177 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 11.61 / Num. measured all: 306780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4TXJ Resolution: 2→29.016 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 18.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.25 Å2 / Biso mean: 22.385 Å2 / Biso min: 7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→29.016 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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