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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bjn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of atypical Tm1 (Tm1-I/C), residues 270-334 | ||||||
要素 | SD21996p | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / coiled-coil / mRNA transport / interaction with Khc / Drosophila oocyte | ||||||
機能・相同性 | Tropomyosin / Tropomyosin / SD21996p 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Dimitrova-Paternoga, L. / Jagtap, P.K.A. / Ephrussi, A. / Hennig, J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2021 タイトル: Molecular basis of mRNA transport by a kinesin-1-atypical tropomyosin complex. 著者: Dimitrova-Paternoga, L. / Jagtap, P.K.A. / Cyrklaff, A. / Lapouge, K. / Sehr, P. / Perez, K. / Heber, S. / Low, C. / Hennig, J. / Ephrussi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bjn.cif.gz | 33.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bjn.ent.gz | 21.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bjn_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bjn_full_validation.pdf.gz | 434.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bjn_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bjn_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bjn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7649.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Tm1, 10, 1305, 2299, BcDNA:GH09289, BcDNA:LD37158, BcDNA:SD21996, chr3R:11122272..11122408, cTM, cTm, cTmII, Dm Tm1, Dm TmH33, Dm TmH34, Dmel\CG4898, DmTm1, l(3)02299, l(3)S130510, l(3) ...遺伝子: Tm1, 10, 1305, 2299, BcDNA:GH09289, BcDNA:LD37158, BcDNA:SD21996, chr3R:11122272..11122408, cTM, cTm, cTmII, Dm Tm1, Dm TmH33, Dm TmH34, Dmel\CG4898, DmTm1, l(3)02299, l(3)S130510, l(3)s2958, mTmII, PmI, region 3, TM, Tm, TM1, tm1, TmH, TmH-33, TmH-34, TmH33, TmH34, TMII, TmII, tmII, Tmr33, Tmr34, TnH, TnH-33, TnH-34, tropomyosin, CG4898, Dmel_CG4898 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IG84 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M NH4Ac pH 4.6, 15% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→63.94 Å / Num. obs: 9264 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.227 % / Biso Wilson estimate: 50.978 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 10.45 / Num. measured all: 48426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: poly Ala helix 解像度: 2.3→63.94 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 33.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 150.1 Å2 / Biso mean: 78.4922 Å2 / Biso min: 33.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→63.94 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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