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- PDB-7bj1: Crystal structure of SMYD3 with diperodon S enantiomer bound to a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bj1
タイトルCrystal structure of SMYD3 with diperodon S enantiomer bound to allosteric site
要素Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
キーワードONCOPROTEIN / Methyltransferase / complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines ...histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines / nucleosome assembly / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / methylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain ...Histone-lysine N-methyltransferase Smyd3 / SMYD3, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Diperodon (S-enantiomer) / S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Talibov, V.O. / Cederfelt, D. / Dobritzsch, D. / Danielson, U.H.
資金援助 スウェーデン, イタリア, 2件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilD0571301 スウェーデン
Italian Association for Cancer Research19172 イタリア
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Discovery of an Allosteric Ligand Binding Site in SMYD3 Lysine Methyltransferase
著者: Talibov, V.O. / Fabini, E. / FitzGerald, E.A. / Tedesco, D. / Cederfeldt, D. / Talu, M.J. / Rachman, M.M. / Mihalic, F. / Manoni, E. / Naldi, M. / Sanese, P. / Forte, G. / Barril, X. / ...著者: Talibov, V.O. / Fabini, E. / FitzGerald, E.A. / Tedesco, D. / Cederfeldt, D. / Talu, M.J. / Rachman, M.M. / Mihalic, F. / Manoni, E. / Naldi, M. / Sanese, P. / Forte, G. / Barril, X. / Simone, C. / Bartolini, M. / Dobritzsch, D. / Danielson, U.H.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.22021年3月17日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / Item: _pdbx_database_PDB_obs_spr.id
置き換え2021年3月21日ID: 6Z2R
改定 1.32021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,75510
ポリマ－49,4601
非ポリマー1,2949
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.909, 66.050, 107.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3 / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1


分子量: 49460.402 Da / 分子数: 1 / 変異: K13N, K140R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H7B4, [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 532分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-QKT / Diperodon (S-enantiomer)


分子量: 397.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: Protein: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM (S)-diperodon, 10% DMSO, pH 8.0; reservoir: 100 mM Tris, 50 mM magnesium acetate, 11% PEG3350, pH 8.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→56.24 Å / Num. obs: 56743 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.528 / Num. unique obs: 5473 / CC1/2: 0.466 / Rpim(I) all: 0.765 / Rrim(I) all: 1.714 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSb. 20180126データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CCL

5ccl


解像度: 1.61→44.78 Å / SU ML: 0.2463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3432
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 2730 4.82 %
Rwork0.1715 53911 -
obs0.1734 56641 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3408 0 79 523 4010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00833591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13974841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0665530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4818514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.61-1.640.45991510.39192750X-RAY DIFFRACTION98.98
1.64-1.670.33911390.33722788X-RAY DIFFRACTION99.76
1.67-1.70.33911310.28812824X-RAY DIFFRACTION99.83
1.7-1.740.25561370.24992793X-RAY DIFFRACTION99.83
1.74-1.780.29811460.23642792X-RAY DIFFRACTION99.8
1.78-1.830.25061570.22662806X-RAY DIFFRACTION99.87
1.83-1.880.23721300.22422818X-RAY DIFFRACTION99.86
1.88-1.930.23981490.21132798X-RAY DIFFRACTION99.97
1.93-1.990.24761660.19182820X-RAY DIFFRACTION99.9
1.99-2.070.21441120.18262841X-RAY DIFFRACTION99.86
2.07-2.150.22651450.17392809X-RAY DIFFRACTION99.76
2.15-2.250.2281420.16552848X-RAY DIFFRACTION99.83
2.25-2.360.21361460.16822833X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.510.21271390.17112837X-RAY DIFFRACTION99.9
2.51-2.710.20321520.17452843X-RAY DIFFRACTION99.97
2.71-2.980.22731350.16192880X-RAY DIFFRACTION99.97
2.98-3.410.20021560.15832879X-RAY DIFFRACTION99.87
3.41-4.290.16631610.13462891X-RAY DIFFRACTION99.64
4.3-44.780.17451360.14933061X-RAY DIFFRACTION99.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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