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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bh0 | ||||||
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タイトル | Mutant L39Y of recombinant beta-lactoglobulin in complex with endogenous ligand | ||||||
![]() | Beta-lactoglobulin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta-lactoglobulin / lipocalin / mutation | ||||||
機能・相同性 | ![]() retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loch, J.I. / Siuda, M.K. / Lewinski, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Interactions of new lactoglobulin variants with tetracaine: crystallographic studies of ligand binding to lactoglobulin mutants possessing single substitution in the binding pocket. 著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Siuda, M. / Wrobel, P. / Lewinski, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18283.031 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DAO / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl pH 7.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→13.74 Å / Num. obs: 11001 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 29177 / Scaling rejects: 29 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BSY 解像度: 2.1→13.661 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 13.511 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.239 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→13.661 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.2489 Å / Origin y: 4.9936 Å / Origin z: 32.9951 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |